确实有很多都被推翻了。
很多进化关键点对应的物种被推翻了，比如说谁是最早出现的多细胞动物? 从形态学上，人们一直认为海绵动物(无中胚层，不对称，无组织分化)是最早出现的多细胞动物。但测序结果却证实，栉水母(和水母在形态上非常类似，有中胚层，辐射对称，有神经系统及肌肉系统的分化)才是最古老的多细胞生物，参见有哪些生物外形相似，但实际上分别属于不同门或不同界生物? - 雪山象的回答。
同样的情况也发生在脊索动物上。脊索动物分为三类，分别是头索动物，尾索动物和脊椎动物。代表性的尾索动物是海鞘，其成年个体非常简单，活像一只海葵，因此被分类到非常低级的位置。后来沙俄科学家 Kowalevsky 详细研究了海鞘，发现海鞘的幼虫非常复杂，而且尾部还长着脊索。于是就把这种生物归类为尾索动物。这种动物在幼虫到成虫的发育过程中丢掉了很多复杂特征，这种发育方式被称为逆变态。当然，后面又发现了很多不会进行逆变态，终身保留尾部脊索及其他复杂特征的生物，都统一归为尾索动物。Kowalevsky 还研究了其他动物的发育，发现了文昌鱼类生物拥有很多脊椎动物和尾索动物才有的特征，比如中空神经管、从头到尾的一整条脊索等。Kowalevsky 把文昌鱼及近亲成为头索动物;又把尾索动物、头索动物和脊椎动物统一归于脊索动物门。由于脊椎动物在胚胎阶段的脊索都是从头到尾的一整条脊索，和头索动物非常类似，因此，人们一直认为头索动物和脊椎动物关系较近。但通过对海鞘及文昌鱼的测序，科学家发现，尾索动物才是脊椎动物最近源的物种，而头索动物的亲缘关系反而更远。
而在哺乳纲中，则带来了翻天覆地的变化。请看下图：
这是一只刺猬和另一只刺猬吗?以前是，但现在不是了。第一只刺猬已经被归类于非洲兽总目非洲猬目;而第二只则是劳亚兽总目猬形目。原来，基于 DNA 分析，哺乳类真兽亚纲被分成四个总目，分别是非洲兽总目、异关节总目、灵长总目和劳亚兽总目。而以前很多形态相近的物种被重新分配到这四个总目中去。除了非洲猬目和猬形目被重新分割，类似的还有象鼩目(非洲兽总目)、树鼩目(灵长总目)、鼩形目(劳亚兽总目); 管齿目(非洲总目)和异关节总目(以前叫贫齿目);蹄兔目(非洲兽总目)和兔形目(灵长总目);而鲸目则和偶蹄目合并成了鲸偶蹄目，河马则成了鲸类最近源的物种。虽然河马实在也不是谦虚，一个陆生偶蹄类怎么就成了一群海洋动物的近亲了呢?但科学家已经研究决定了，所以后来河马就念了两首诗，叫“天下万水皆同源，红花绿叶是一家”。所以说，一个物种的分类位置，要考虑形态的相近，也要考虑 DNA 序列的一致性。
目前哺乳纲真兽分为两支，一只包含非洲总目和异关节总目，被称为大西洋兽类; 另一支包含劳亚兽总目及灵长总目，被称为北方兽类。
非洲总目：非洲猬目(马达加斯加刺猬等)、象鼩目、管齿目(非洲食蚁兽)、蹄兔目、长鼻目(大象)、海牛目(海牛，儒艮等)。
异关节总目：有甲目(犰狳)、披毛目(食蚁兽、树懒)。
劳亚兽总目： 猬形目(刺猬等)、鼩形目(鼩鼱等)、翼手目(蝙蝠等)、鳞甲目(穿山甲等)、食肉目(鳍足目被并入，猫狗海豹等)、奇蹄目(马，犀牛等)、鲸偶蹄目(鲸类和偶蹄动物)。
灵长总目： 树鼩目、皮翼目、灵长目、兔形目、啮齿目。其中兔形目和啮齿目关系较近，被统一称为啮齿类; 而树鼩目、皮翼目(鼯猴)、灵长目关系较近，被统一称为灵长类。树鼩被认为是最早的灵长类。相对于小白鼠，树鼩与人的关系更近，因此很多科学家正在研究树鼩作为实验动物模型的可能性。