李秀成《自述书》中提到，天京陷落时，城内能打仗的士兵只有3000余人，剩下的都是老弱病残，没有战斗力。换句话说，太平天国主力军团并未参与天京保卫战，湘军入城后斩杀多人，基本都是平民；30年后，谭嗣同游历南京，居民对湘军之暴行依然十分痛恨。
主力军团并未参加天京战斗，他们都在哪里呢？扶王陈得才20万大军在湖北，后被僧格林沁八旗马队团灭；侍王李世贤、康王汪海洋等率30万大军转战江西、福建、广东，战斗力比较强悍。天京陷落之际，李世贤、汪海洋等驻军并浙江、江西交界处，因京城没有足够粮食，他们并未投入战斗，实力保存完整。
30万大军在手，李世贤、汪海洋起初打了不少胜仗，悍将偕王谭体元在射猎凹设伏，摧毁湘军营垒15座，阵斩总兵丁得胜。如此，左宗棠只好再次挂帅出征，主持闽浙军务，围剿南方太平军，与李世贤、汪海洋部作战。
左宗棠大军压境，太平军老毛病又犯了，就是相互内斗，争夺最高指挥权。起初，李秀成女婿纪王黄金爱投奔汪海洋，而汪海洋却找个理由杀了他，说黄金爱是张松，是湘军混进来的叛徒。那么，黄金爱是叛徒吗？非也，黄金爱资格老，汪海洋为树立威望，故而杀之。
1865年7月，李世贤在漳州战败，化妆成和尚，昼伏夜出，去投奔汪海洋。结果呢？汪海洋乘着夜色偷袭，将李世贤及其亲信全部处死，然后说侍王叛变，堵住众人嘴巴。
清军追尾堵截，汪海洋却诛杀同僚，真让人寒心。杀李世贤无疑是最大错误，因为李世贤是洪秀全后期重新组建“五军主将”制时的左军主将。此时，韦俊早已叛变，陈玉成、李秀成已死，杨辅清则下落不明，只有李世贤有资格号令全军。
李世贤一死，“五军主将”不复存在，太平军内部更加混乱，无法团结一致作战，失败乃早晚之事。幸运的是，汪海洋转战江西时得到一支强大生力军，就是南下投靠天平天国的“霆军”，鲍超麾下悍将黄矮子起义，倒戈一击，与曾经队友作战。
黄矮子起义，原因很简单，清朝拖欠饷银，“霆军”半年没领到钱，在金口哗变，黄矮子带部分军队南下投奔汪海洋，与清朝作战，充当开路急先锋。
1865年12月，汪海洋突破汀江防线，从福建杀入广东，沿途清军闻风丧胆。黄矮子率起义“霆军”一路拼杀，攻占嘉应州（梅州），这是南方太平军占领的最后一座城市。
起初，汪海洋只想在嘉应州过年，并休整部队，然后突围去北方联合“捻军”，直接威胁清朝京师安全。谁知，左宗棠速度也很快，太平军还没站稳脚跟，湘军就杀到嘉应州城下，围攻汪海洋。
此时，左宗棠亲自督师作战，鲍超、刘典、康国器、黄少春、席宝田等悍将悉数出动，清军围城兵力8万，声势十分浩大。其中，鲍超战斗力最强，号称湘军第一猛将，一生大小战斗500余次，身受108处伤疤，却未曾一败。
湘军重兵围攻，王海洋决定抢先下手，派军队从西门杀出，破坏湘军防御工事。左宗棠早已预料汪海洋会来这招，于是在工事附近埋伏。谁知，带头的黄矮子太过凶猛，硬是将埋伏湘军击败，搞得左宗棠很没面子。
此后，黄矮子经常带兵出战，斩杀清军无数，太平军士气高涨。湘军作战不利，左宗棠只好采取“长围战术”，挖掘两道壕沟，构筑栅栏，修筑炮兵阵地，并日夜轰炸。
消耗战，汪海洋打不起，因为太平军没有粮食。为此，汪海洋决定提前突围，从福建北上浙江、安徽，进入中原。突围战斗时，汪海洋一马当先，勇猛无敌，刘典军团被杀退，湘军死伤2000余人。接着，太平军主力杀出，全部投入战斗，清军防线岌岌可危。
此时，叛徒丁太阳告知清军汪海洋位置，刘典让“洋枪队”朝着黄旗下齐射，“枪炮齐施，子如雨注”，汪海洋头部中弹，不治身亡。主帅殒命，太平军无心作战，只好撤入城从长计议。
汪海洋死后，众将推举偕王谭体元主持大局，组织人马突围。可惜，叛徒奉王黄十四将突围路线告知清军，太平军途径黄沙嶂时遭遇埋伏，谭体元掩护主力撤退，亲自断后，与湘军展开激战。
湘军人多势众，谭体元力战不支，纵马跳下悬崖，摔断了腿。清军搜索队将其擒拿，押往广州凌迟处死。
接着，湘军乘势追杀，宗王汪起潜、周王汪麻子力战而亡。东平王何明亮被围攻，后率3万余人投降，包括家属。
何明亮投降，却并未换来部下性命安全，清军将730余位太平军高官查出，全部处以斩首之刑，何明亮本人也被斩首。至此，太平天国主力全军覆没，史学家罗尔纲先生言：嘉应州战败，标志太平天国灭亡。
此时，北方遵王赖文光、首王范汝增还在继续作战，但兵力不多，只能借助“捻军”，也是不成气候。
参考书目：《太平天国战争全史》