第一次马其顿战争以平局收场，罗马与马其顿签订了和平条约。但是，马其顿国王菲利普五世的野心并没有因此而终结，在向西的尝试失败以后，他将目光投向了东方。公元前204年，埃及国王托勒密四世去世给了他机会，菲利普五世趁机与塞琉古王朝签署秘密协定，试图吞并埃及在小亚细亚的势力。
马其顿在小亚细亚的活动引起了当地的帕加马、罗德岛等城邦的不安，他们一面在海上抵挡马其顿的进攻，一面向罗马求援。正在罗马当局犹豫不决的时候，马其顿与以雅典为核心的阿提卡同盟交恶，公元前201年，菲利普五世派遣大军包围雅典，给罗马参战提供了合适的借口。
第二次马其顿战争前爱琴海地区形势图
罗马参战
公元前200年，罗马执政官苏尔皮西乌斯说服元老院支持对马其顿战争，随后他招募了大批刚从“第二次布匿战争”结束后退伍的老兵，在巴尔干半岛西部的阿波罗尼亚登陆。与此同时，菲利普五世在吞并爱琴海东岸大片托勒密王朝土地和打败阿提卡同盟后，也回军向西，准备抵挡罗马人的进攻。
公元前200年的冬末，苏尔皮西乌斯率军一路向东挺进，在达萨雷地区和马其顿军队遭遇。双军没有爆发大战，在经过一系列小规模的战斗后，菲利普五世因达达尼尔人袭击马其顿北部而连夜撤军，苏尔皮西乌斯在当地劫掠一番后也返回了自己的基地。随后，罗马海军也在拔除马其顿海军的两个重要基地后返航。
苏尔皮西乌斯的进军路线图
弗拉米尼努斯崛起
公元前198年，未满30岁的弗拉米尼努斯当选罗马执政官，率领新招募的军队增援马其顿的战事。进入巴尔干半岛后，弗拉米尼努斯与菲利普五世举行了一次和平谈判，他要求菲利普五世停止进攻希腊城市，将所有军队撤回马其顿本土以及对所有受到攻击的城邦进行赔偿。
一代雄主菲利普五世自然不会接受这一苛刻的条件，在他大怒离场后，弗拉米尼努斯决定对马其顿军队发起进攻。在随后的阿欧斯战役中，弗拉米尼努斯巧妙的派遣一支部队潜入敌后，两面夹击大败马其顿军队，菲利普五世搜集残军后退往塞萨利。罗马的胜利迅速引发了此前严守中立的希腊各城邦的连锁反应，马其顿的世仇埃托利亚人宣布加入罗马一方参战，并一路攻入塞萨利地区与弗拉米尼努斯会和。而在罗马海军攻占埃维亚岛包围希腊重镇科林斯后，以斯巴达为核心的亚该亚同盟也加入了罗马一边。
马其顿军队被打得大败
面对巴尔干半岛高涨的反马其顿浪潮，菲利普五世不得不向罗马求和。弗拉米尼努斯为了连任执政官，以需要等待所有希腊盟友到场参与谈判为由拖延时间，同时再次重申上次和谈时的条件，让菲利普五世派遣使者到罗马与元老院会谈。当弗拉米尼努斯得到再次当选执政官的消息后，操纵元老院的支持者们破坏了和谈，战争仍将继续。
刻有弗拉米尼努斯头像的金币
战争结束
和谈破裂后，菲利普五世在冬歇期压榨国家潜力，把未成年人和老人都征召入伍，试图进行殊死一搏。而罗马方面，除了来自本土的援军外，中立的希腊城邦也陆陆续续加入罗马同盟。公元前197年6月，弗拉米尼努斯率军进入塞萨利，与马其顿军队在库诺斯克法莱展开决战。
战斗从侦察兵的遭遇战开始，逐渐发展成两军主力的混战，最后，弗拉米尼努斯趁马其顿增援军队立足未稳的机会，发动全军突袭敌军左翼，致使马其顿军队全面溃败。与此同时，罗马的希腊盟友也在巴尔干各处击败了马其顿军队。
著名的马其顿方阵
菲利普五世率残部逃回马其顿后，再次向罗马乞求和平，这一次，他接受了弗拉米尼努斯先前提出的所有条件。然而，获胜后的罗马提出了更加苛刻的条件，包括大量战争赔款，裁撤军队和不经罗马同意不得发动战争等。别无选择的菲利普五世不得不全盘接受并签署和平协议，第二次马其顿战争以罗马大获全胜告终。
弗拉米尼努斯宣布希腊获得自由
战后，弗拉米尼努斯宣布希腊获得自由，并于公元前196年从巴尔干地区撤出了罗马军队。第二次马其顿战争也标志着马其顿丧失其区域性大国的地位，取而代之的是罗马在地中海东部影响力的急剧上升。而罗马军团的胜利也宣告了享誉一时的马其顿方阵的没落。与此同时，随着马其顿退出小亚细亚，塞琉古王朝趁机接收了马其顿遗留下来的全部地盘，这导致了数年后罗马与塞琉古的战争。