首先日本没有皇帝的概念，天皇本身就是日本当时近畿，备前，九州等地的豪强联合推选的领导人。
但是这个领导人的象征意义大于实际的管理。日本的天皇与中国的皇帝，甚至与欧洲的君主都是有很大的区别的，简单来讲就是截止到近代以前，其实一直都是没有实权的。所以，比如在德川家康时期，作为真正拥有实权的大将军，根本没有必要去推翻一直作为象征存在的天皇。
?所以在古代日本的天皇只不过是一个出面牵线搭桥的人。但是在引进了唐朝的典章，以及治理经验的“大化革新”以后。天皇的权力逐渐集中，形成了以天皇为中心的贵族统治，这个中心就是今天的京都周围（包括奈良等）。
日本历史上其实相当漫长的时间内名为国家，其实就像我国在秦始皇构建大一统帝国之前一样不过是由一群原始氏族的首领推选一位共主治理而已。公元646年的大化改新是日本天皇为建立中央集权所做的一次努力。大化改新后日本模仿中国唐代的政体建立起以文官为主导的官僚体系，废除氏姓世袭制度，收回地方官吏任命权，建立起三生六部的中央集权。
然而日本毕竟不是大唐帝国：大化改新时由原来的氏族首领演化而来的贵族势力依然很强大，他们传承着高贵的血统和赫赫武功，他们与生俱来的骄傲与光荣即使在皇权面前也能光芒四射。说白了古代日本和中国的区别就好比：一个是股份制企业，日本天皇就相当于董事长，但下面还有一大群股东；一个是独资企业，中国皇帝相当于独资企业的老板，公司就一个股东，这叫普天之下莫非王土，率土之滨莫非王臣，而这是日本天皇万万不敢企及的。
?为何德川家康宁可做大将军也不做皇帝呢？首先将军与天皇的待遇完全相似，而且将军有实权，天皇只是虚职，所以作为武士集团的代表，不想取代天皇，而是限制天皇的权力，让天皇为自己所用。但在日本最近千年历史中，有过两位对天皇位置有过非分之想，一位是足立幕府的第三代将军足立义满。
他曾经自称日本国王，想要天皇把皇位禅让给自己，就在计划要完成之前，他突然死去，这个计划就没有实现。还有一位，就是战国的织田信长，也曾经计划把天皇换掉自己成为天皇，就在计划紧锣密鼓地进行中时，发生了本能寺事变，被不下明智光秀所杀。
但这个事件的幕后策划就是天皇家，目的就是阻止织田信长的篡位企图。从这以后，再也没有人想取代天皇，直到明治维新，天皇重新执政。