上任刚满一个月的菅义伟，终于迎来了他执政以来的第一个重大难题，14万人竟署名要求他撤回决定，若不撤回或将导致他下台。据海外网报道称，近日“菅义伟下台”竟登上了日本的热搜。起因是日本学术会议按照往年的惯例，每三年会改选半数会员，会涉及到105位新会员，但还需要经由首相批准这道“手续”才能正式生效。但令人没想到的是，菅义伟竟然只批准了99人，名单中剩下的留人却未被赋予资格。这在日本历史上从未有过，而对于日本学术会议而言，首相根本无权阻止，他只是最后赋予这份名单合法性而已。
日本学术会议在日本的影响范围极大，它是由活跃在30多个科学领域的210位顶尖学者和科学家组成，任期为6年，但会在每三年换掉一半的会员。日本学术会议主要职责相当于日本政府的智囊，为政府决策提供宝贵的建议，同时也承接日本学者与世界学者的联系，其影响力深入内阁。而这一次未获得批准的6名学者，研究的领域涉及政治学研究、基督教研究、行政法研究、宪法和刑罚的研究，以及日本的近代史研究。只是没有想到的是，他们六位学者却被菅义伟“拒之门外”。
菅义伟这个举动被学术会议认为是干预学术自由的行为，而菅义伟本人对此给予的解释也有些缺乏说服力。他表示自己并没有看过这份名单，而拒绝这六个人也与学术自由毫无关系。他之所以拒绝这6人，是因为日本政府每年会给学术会议拨款10亿日元，相当于6400万人民币左右，他希望能更善加运用这笔钱。不过有日本网友一针见血的点名，99位学者都通过了，难道就差这6人就能为日本省去10亿日元吗？这种说法显然缺少说服力。
此事一经在日本发酵，日本学术界纷纷统一战线支持日本学术会议，要求菅义伟撤回决定、纠正错误。随即日本东京大学等多所高校联合出面，向政府讨一个合理说法，想知道菅义伟到底为何拒绝6名学者的任命。更为尴尬的是，就连菅义伟的母校政法大学也积极参与到了这次对菅义伟的“声讨”中。
不只是学术界在这起事件中“统一战线”，就连日本不少媒体也选择站在了学术界这一边。指责菅义伟以“省钱名义”拒绝对6名学者进入学会会议，可为何菅义伟在上台后直接允许日本军费预算从往年的3万亿日元以内直接突破到5.4万亿日元，相当于直接翻了一倍。而且还从美国大量采购价格昂贵的F-35C战机，而整个日本学会会议经费本就不如一架飞机贵，难道还有节省的余地吗？预期想要从日本学会会议这里“开源节流”，不如稍稍缩减下军费，效果更是立竿见影。
面对学术界、媒体以及日本网民的一致声讨，菅义伟也只能低头道歉。不过有分析人士认为，如果菅义伟接下来在经济上毫无建树，根据菅义伟此次替代安倍就职首相期限到期后很可能无缘继续执掌首相权柄。这就意味着到了明年9月，菅义伟的任期将结束。届时新的首相选举，菅义伟很可能会第一时间被“刷下来”，无法成为下一届日本首相。而一些人士给予菅义伟的建议是，当下日本最需要改变的不是什么人口，更不是与日本学术议会纠缠，而是改善日本经济。只有经济振兴起来，才能赢得更多日本民众的支持，确保菅义伟能继续连任下一届日本首相。