清宫档案中有一种专门记载皇帝起居生活、言行举止的簿册，叫《起居注》。光绪皇帝最后一年，即光绪三十四年(1908)的《起居注》，向我们透露了这样三点信息:
一，住在中南海瀛台涵元殿的光绪，每天早晨的第一件事，便是到仪銮殿(今怀仁堂)，向慈禧太后下跪请安，没有一天间断。直到十月十九日这天，还有光绪向慈禧请安的记录，说明十九日之前，光绪的身体还是不错的。
二，在二十日的《起居注》上，出现了“上不豫”的字样。这一天没有了光绪向慈禧请安的记载。相反，这天慈禧太后在仪銮殿传出懿旨，让载沣当摄政王，载沣的儿子溥仪被送到宫中教养，显然已是安排后事了。表明二十日这天，光绪已是预料之中将要归天了。
三，二十一日的《起居注》记载:光绪“大渐”，也就是病危。“酉刻，龙驭上宾。”光绪在二十一日傍晚死在瀛台，慈禧太后则是第二天下午在仪銮殿命归西天。38岁的光绪皇帝反而死在74岁的慈禧前面，而且前后只差一天。这是历史的巧合?还是处心积虑的谋害?于是，众说纷纭。
认为光绪是被害致死的，大致有这样几种说法:
一，慈禧谋害说。在光绪身边任职近20年的起居注官恽毓鼎，曾写过一本《崇陵传信录》，书中说:光绪三十四年十月，当慈禧太后重病后，光绪的脸上有了喜色，慈禧听说后十分愤怒，脱口说出“我不能先尔死”。慈禧在病危期间，唯恐自己死后，光绪重新执政，推翻她既定朝政及平反她一手制造的种种冤案，于是令人下毒将光绪害死。
1880年的光绪皇帝
二，李连英谋害说。德龄的《瀛台泣血记》等书认为，清宫大太监李连英等人，平日里仗着主子慈禧的权势，经常中伤和愚弄光绪。他们深恐慈禧死后光绪重新主政，会清算他们往日的罪孽，所以就先下手为强，在慈禧将死之前，先把光绪谋毙。
三，袁世凯谋害说。溥仪在《我的前半生》一书中谈到，袁世凯在戊戌变法时辜负了光绪的信任，在关键时刻出卖了皇上。袁世凯担心一旦慈禧死去，光绪决不会轻饶了他，所以就借进药的机会，暗中下毒，将光绪毒死。
四，被人暗害说。曾经是清宫御医的屈贵庭，写过一篇《诊治光绪皇帝秘记》的文章，说:在光绪临死的前三天，他最后一次进宫为皇上看病，发现光绪本已逐渐好转的病情却突然恶化，在床上乱滚，大叫肚子疼，而且脸色和舌头都是黑的。这位御医认为，虽不能断定是谁害死了光绪，但却可以肯定光绪是被人暗中害死的。