問題是知識產權，我傾向於從專利出發來回答問題。首先，專利可以被放到知識產權的框架下來討論，且標準和定義都十分明確。針對專利的分析可以比較好的推廣到其它知識產權相關的議題上。其次，專利這個問題足夠重要，涉及專利的產值非常龐大。在半導體、製藥、生物等行業，設法獲得並保護專利是大學、企業及其它研究機構工作中的重要一環。最後，針對專利的文獻特別豐富，在法學和經濟學領域中都有很多討論，方法也比較多樣，特別有利於我們比較和討論。這個新的答案不會改變之前的結論：知識產權沒有確定的利弊，也沒有一定之規。在不同的國家，不同的發展時期和不同的行業，政府、企業和公眾針對知識產權會有不同的利益和期許，最後的結果必然是各方利益的妥協。
感謝 @focout 提供的 Arrow 的觀點，這是從激勵理論出發來主張保護知識產權。考慮一項孤立的發明，如果政府能夠很好地理解這項發明的特徵和意義，並能夠實施有效的保護，且能夠清晰地界定這項發明的邊界。那麼，鼓勵政府給予發明者保護是合理的。如果不是這樣，一旦發明者將新發明投入市場，很快會有其它廠商效仿，沖淡發明者獲得的利潤。如果競爭足夠充分，利潤將趨近於 0。這種仿冒行為將減弱發明者的激勵，導致社會實際研發努力低於最優水平，阻礙社會的發展。因此，有必要給予發明者專利權。Hellman 還主張專利制度能夠幫助研究人員發現真正的社會需求。這是通常主張保護知識產權的人的觀點。另有一部分法學家主張知識產權是自然權利，人對自身智力的發明產物擁有天賦的權利。也有一些法學家主張知識產權體現了人的尊嚴。對於這部分觀點，一是 Hettinger 在 1989 年給出的反駁非常的精彩，二是通常來説，立法和司法的爭論還是以經濟問題居多。我們後面還是從經濟的角度，尤其是社會福利的角度來看知識產權問題。
有一點應該注意，專利本身也不能用有或無來界定，它是一系列因素的集合：保護範圍、時間長度、保護力度，等等。保護範圍依賴於事前的法律規定或事後的法律裁定 / 解釋，申請者只能在事情對此作出估計。這三點都和我們觀念中的專利正相關，範圍越大、時間越長、力度越強，發明者的權利越大，能夠從成果中攫取的利潤越多。Nordhaus 和 Scherer 的早期研究闡明瞭保護範圍和保護時間的互補關係説明。Scotchmer 説明了專利其實是在發明者和後繼研究人員之間的一種再分配，社會必須在鼓勵發明和激勵後進之間做出抉擇，平衡是關鍵。專利制度也與市場需求彈性和社會貼現率等因素有關，彈性越大，貼現率越高，專利的保護程度就應該越高。儘管後面提到的研究不一定都會考慮專利的所有側面，但在分析現實問題時，應該把這幾個都帶上。此外，專利也不能激勵偶然出現的發明或內在動機，對一部分人來説，創新本身就可以帶來快樂。如果社會可以用其它一些方式來補償發明者，比如榮譽和尊重，也可以部分替代專利的效果。在非市場經濟國家，這些激勵非常重要。
一開始的分析充滿了限定詞，頗有點真空中的球形雞的意思。一步步地放鬆這些限定，實際上就是逐步把實際問題引進來，我們首先從孤立這個詞入手。不是所有專利都是一樣重要的，有的會開創一個新領域甚至改變整個時代，有的也許在申請之後就此湮沒，默默無聞。比如説杜邦公司培養出具備特定基因型的小白鼠，就可以為許多生物科學家提供非常便利的實驗材料，讓他們設計實驗，驗證自己的假説;人類基因組計劃完成了測序工作，則是製藥公司的重要利好。一項舊的專利可能以以下兩種方式影響新發明到來的速率和質量：舊的發現能夠降低新發明的成本，比如説如果能夠更快、更有效地製備一種新的化學試劑，這對所有使用這種試劑的化學家都是一種利好，因為他們做實驗的成本更低了;舊的發明是新的發明的基礎，新發明是這項發明和其它知識的組合，這一點的例子是無毒環保的積木。如果沒有新的材料技術成果，這樣的積木根本沒有可能出現。發明很多時候都不是孤立的，重要的發明更是如此。引用數更多的論文，常常也是更加重要的。
如果發明不是孤立的，專利保護不一定是社會最優的。如果一個領域內的初始發現和後繼發現都由一家公司完成，發明之間是否相關沒有影響。但這不是通常的情形，一家企業做出發現後，適合做進一步開發的也許是另一家企業。Bessen 和 Maskin 在 2009 年發表的文章正式地模型化了這個問題，他們用互補性 (complementary) 和序貫的 (sequential) 來描述這個問題。互補可以直接對應到前面成本的降低。序貫可以描述一項專利對後續發現影響的長度。以我們前面舉的小白鼠為例，特別培養的小白鼠促進了熒光蛋白的開發，而各色熒光蛋白又促進了我們對代謝機理的理解，代謝機理方面的知識又有助於我們開發對應的藥物，而針對特定的藥物需要特定的緩釋劑，這又可能促進其它發現，等等。這就是一個很長的發現鏈條，而這一點則可以對應到知識的組合。
現在想象，如果出現了一項重大的發現，後續開發鏈條很長，或者對其它研發工作成本削減的作用非常明顯。考慮一個只有 1 期的模型，這時候就是 @focout 所説的情況，如果不給專利，研發投入會低於社會最優量;如果給，研發投入會高於社會最優，因為廠商之間會為了壟斷地位而競爭。不過，此時專利制度造成的效率損失是比較小的。真正比較反直覺的是多期情況，考慮此時每一期的研發成果都與前 1 期相關。如果不給專利，研發投入會低於社會最優，但偏離的幅度會小，因為此時當期投入會在未來帶來收益;相反，如果給專利，研發投入也會低於社會最優，且偏離的幅度比沒有專利的時候還要大。究其原因，拿到專利的企業不會願意做授權。一方面，如果授權，就要直接面臨對手企業在市場上的競爭，要來分割自己的市場份額。如果市場競爭非常激勵，授權對專利持有者自己的衝擊比較大，持有者就不會授權。此時新成果沒有得到充分利用，偏離了社會最優。另一方面，因為 Bessen 和 Maskin 假定專利只保護一期，所以把專利授權給別人意味着別人也可以在此基礎上進行開發，下一期自己就可能失去主動權，這也會影響公司的授權決定。第二點進一步導致了另一個問題：更高的授權費。因為有科技優勢的企業需要彌補未來可能的競爭帶來的損失。這導致劣勢企業只會在創新利潤很高的時候投入。此時有可能在有專利的情形裏，社會技術進步的速率還要低於沒有專利制度的情況。Bessen 和 Maskin 論文中的配圖很形象地説明了這種可能。這是隻有兩個企業的情形，如果有更多企業，效率損失可能會更嚴重。
接下來就要考慮政府層面的問題了。這裏有一個名詞是絕對繞不開的，叫做概率專利(Probabilistic Patent)。Lemley 和 Shapiro 提出的這個詞可謂是理解現代專利制度的金鑰匙，很好地概括了實際情形中的專利和我們理想中的專利的不同。概括來説，專利不是鐵板一塊，它只是給了發明者維權的理由和起點，它有可能會被宣判無效。也不能指望發明者瞭解專利的價值，更不能指望政府審批人員這樣做。在美國，申請專利最重要的條件是新穎性(novelty)和並非顯而易見(non-obvious)，這兩個詞都有非常精細的法律含義，但在這裏，我們可以按字面理解。如果發明者自覺滿足了這兩個條件，可以向政府的審批機構提起申請，從提交文件到通過平均而言需要 3 年的時間。這並不是因為政府細心，而是因為積壓的專利申請案子實在太多了。Lemley 和 Shapiro 的數據指出，政府辦事人員真正花在一件專利上的時間平均只有 18 個小時。通常來説，發明者是對自己的成果最瞭解的人，政府辦事人員是比不上的，在一些尖端科技領域中更是如此。因此，通過審批並不意味着一勞永逸，可以坐地數錢了。
首先是要續費。儘管續費只是一筆小錢，但在美國，所有專利中，55%到 60%都是因為逾期未續費而失效了。這也造就了一筆生意，叫逾期專利大全，很多人購買這個名錄以期待從中淘出什麼寶貝。有很多不續費的專利都是因為發明者自己覺得沒意思了，把這項發明的作用想得太高了，這就是一筆浪費。專利還要接受別人的挑戰，按照 Lemley 和 Shapiro 的統計，儘管只有 1%-2%的專利需要法庭認定，但其中接近 50%都被認定為無效(invalid)，從而失去了政府保護。這一塊更能體現概率專利的意義：如果你的專利真的非常重要，有很好的經濟效益，那麼遭遇訴訟的可能性會上升。因為與其求諸你授權，還不如到法庭上賭一把。這樣的訴訟在製藥、半導體、通訊等行業並不鮮見。何謂新穎，何謂並非顯而易見，何謂適合授予專利的對象，都要由陪審團或者法官説了算。一般來説，發明者和競爭對手瞭解的都要比陪審團或者法官更多，這些操持權柄的人並不一定會按照發明者心中的事實來斷定。因此，專利只能是一個概率意義上的權利。這裏還引出一個新的矛盾：後期的訴訟大部分都是在解決交易成本(明確產權)，屬於無謂損失，而事關專利的訴訟很多都規模龐大，調動了鉅額的財富和智力資源。加強政府的審查也許可以解決這個問題，但浩如煙海的專利申請案面前，即使是稍微細緻一點的檢查，也需要大量成本和人手，遑論在官僚機構內部調配這些資源了。每個專利花 18 個小時已經要讓大家排隊三年了。何況還有很多完全是尖端創新的專利，這些又由誰來檢查呢?這全都是交易成本，更不要説其中還有一多半是發明者自己後來都覺得沒用，不願意續費的，全是福利損失。除了遭遇訴訟，另一種可能的危險是競爭對手打擦邊球(invent around the patent)，利用已有的信息，搞一些和已有專利近似的發明來規避授權費。比如説一家廠商做出了一種很有效的化合物，另一家廠商知曉了這個信息，也做了類似的化合物，只不過加了一些無關痛癢的修飾基團，效果、毒理學、藥代動力學等都相似(並非完全相同)，這時候該怎麼認定專利被侵犯了呢?此時的困難是要在一羣外行面前説明這兩個化合物實質上是一種，這樣的訴訟絕對不是穩贏的。此外，申請專利本身就有被剽竊的風險。1987 年，Levin 等學者針對 130 家不同行業的技術密集型企業做了調查，當問到“為什麼不申請專利保護”的時候，“申請專利泄露了太多的信息”是其中重要的因素。這也是概率專利的其中一層含義。前面講了很多專利制度的成本，現在來看看專利制度本身的收益，我們最關心的是：專利是不是真的能夠保護新工藝和新產品?有沒有更有效的方法?回答這個問題要傾聽企業主的聲音。前面 Levin 做的調查是重要資源，另一項重要資源是 1994 年在全美範圍內做的卡內基梅隆調查(the Carnegie Mellon Survey)，其中直接記錄了企業主對專利制度的反饋。如果企業有了新發現，它可以申請專利防止模仿，然後自己來充分利用，從中獲得利潤(patents to prevent duplication);也可以申請專利，然後收特許費(patents to secure loyalty income);也可以不申請專利，作為商業機密(secrecy);還可以不申請專利，純粹打一個時間差，利用先發優勢獲利(lead time);還可以利用先發優勢，更快更熟練地掌握新技術(moving quickly down the learning curve);最後，還可以靠營銷和服務來打動顧客(sales or service efforts)。這麼多種處理辦法，企業主會覺得哪一種最有效呢?比較驚人的是，專利居然是排名最低的。下面這張圖裏是 Levin 等人做的調查中李克特量表得到的分值，問題是“你認為那種保護新工藝(novel processes)或新產品的方法(novel products)最有效?回答 1 分代表最沒有效果，7 分代表最有效果，數字是越大越好的。可以看到，專利的兩項功用都只有 3 分多一點，敬陪末座。企業主給其它選項打了更高的分數。
這不是説專利就沒用了，要看行業。在一些傳統行業，比如混凝土製造、機械製造等，給專利打的分是最低的，基本不到 3 分。化妝品行業給分也很低。而最高的分數來自於以下幾個行業：製藥、石油精煉、農藥、塑料，都是將近 5 分。在這些行業裏，專利制度也被認為是最有效果的。有機化學企業打出來的分數也不低，4.1 分。如果要討論專利的價值，這是第一手的證據。接下來一張表説明了為什麼很多行業的企業不認為專利有效果，我們前面提到的打擦邊球，還有申請專利本身泄漏信息都是重要因素。另一個很重要的點是更新換代，尤其是新工藝的更新換代。矛盾的是，如果我們希望減輕政府審批和法律流程中的無謂損失，我們就需要更深入地瞭解專利本身，我們就需要企業提交更加詳盡的專利材料。但是，更詳盡的專利材料又會啓發其它競爭企業，方便他們打擦邊球。在另一個問題中，當被問到”學習已有專利的來源“的時候，企業主打分最高的就是已有專利，超過了 5 分。作者在最後還問了兩個關於模仿的問題。無論是新工藝還是新流程，無論是算研發開支還是研發時間，專利都沒有給模仿企業帶來太高的壁壘。
這有兩個直接的影響，一是很多企業選擇其它方法來保護新發明，比如商業機密，加強銷售或服務，等等，這在前面已有敍述，二是更加策略，更加智慧地申請專利。其一是專利叢林(the thicket of patents)。這種方法的本質在於廣積糧，再稱王：把可能和我新成果相關的東西，只要能想到的都申請專利，形成一張專利大網。如果我有幾個專利，這幾個專利也許可以互動，產生很多新成果，也要全部申請專利。這種策略主要就是防止我們前面提到過的在已有專利周圍發明的辦法，不給新的進入者留下空間。一些大企業的專利數量會達到一個非常驚人的數字，幾萬項，幾十萬項，其中很多都是針對核心技術或產品構建的專利叢林。這種方法的壞處在於浪費大量的資源和時間，並且，一旦針對這種專利體系提起訴訟，官司曠日持久，耗費的人力物力非常多。其二是結盟，一般來説是幾家企業做交叉授權，你給我用你的專利，我給你用我的專利，如果涉及到一些特別的項目再籤額外協議。部分協議還涉及到協調研發方向的問題，一些大企業可能心照不宣地錯開彼此的發力方向，各自搞不同的研究，做出成果以後再交叉授權。短期來看，這樣做似乎有好處，避免了圍繞專利的大批爭端，也節約了社會資源，避免了重複開發。但是，這和反壟斷法是有牴觸的。交叉授權不可避免地有高層接觸，但怎麼確保他們不在接觸的時候談一些別的東西呢?複雜的授權鏈條也阻礙了新企業的進入和其它領域企業的業務擴展。新人會發現他們掉到了一張專利編織的大網之中，光是授權費就是一筆很大的開銷，其中有很多都是相互重疊的專利叢林。想要訴諸法律，在財力和法律業務面前也不佔優勢。這一部分想設計出合適的政策，非常難。
即使拿到了專利，相應的技術轉移也不是一帆風順的。我們可以從下面角度來考慮問題。一是科學研究中的成果分享。一般來説，即使申請了專利，科學家也可以以科研目的做有限度的使用。像我們前面提到的基因改造過的小白鼠，杜邦公司一開始申請到專利以後，科學家使用是需要收費的。但由於這項黑科技實在太逆天，整個科學界翹首以盼，美國國家科學基金會(NSF, National Science Foundation)就和杜邦公司談判，允許科學家免費使用小白鼠，但只能通過傑克遜實驗室(the Jackson Laboratory)獲取。不過，在 2002 年，Walsh，Cho 和 Cohen 三位學者研究了生物學界內部的物料傳遞。研究印證了前面的結論：大部分科學家並不在意他們使用的材料或技術是否涉及專利，只有 2%的學者會專門去檢查這一點。但是，科學家們反映，針對索要物料的請求常常被拒絕。這一現象的比例達到了 19%。將拒絕現象是否出現作為啞元變量做迴歸，商業因素有顯著的負係數。這意味着嚴格的知識產權很可能會阻礙一部分科學研究，在科研和商業用途結合緊密的領域尤其如此。
專利制度對學界的影響不止於此。Argyres 和 Liebeskind 於 1998 年發表的經典論文題目就叫“私有化智慧共同體”(Privatizing the Intellectual Commons)。1980 年美國議會通過 Bayh-Dole 法案，放鬆了為政府資助的研究申請專利的範圍，這對學術界的研究導向和大學內部組織設置都產生了影響。以生物學界為例，一方面，更多學者被吸引到能夠申請專利，有利可圖的方向。他們在私營企業和研究所中承擔更多職責，申請更多的專利，創造更多的產值;另一方面，一些基礎學科的研究受到衝擊，也有輿論擔心國家資助被濫用的問題。大部分人都不能接受國家提供的科學資助最後只為個人創造價值。大學也因此設置了技術轉移辦公室(technology transfer office)，統一處理專利相關事宜。很多學校成立自己的投資基金或者投資所，為學者提供專門資助，也從專利收費中分潤。同時，為了應對輿論的抨擊，很多大學也嚴格限制教授在私營企業承擔重要的職責(significant outside managerial responsibility)。最後一點影響就是前面提到過的，科學家之間的分享變得更困難了，此時樣本的傳遞和物料的分享除了考慮科學競爭外，也帶上了商業的氣息。由於相關的轉移協定很複雜(回想一下計算機軟件的授權)，很少有科學家會關注，但這藴含着法律風險。像杜邦公司研發的第一代小鼠就只允許個人使用，不允許傳遞。但合作者之間，教授和助手之間怎麼可能不傳遞、交換小鼠樣本呢?此外，明確劃定商業用途和科學用途之間的界限也是很複雜的。
即使是商業對商業的授權，也存在很多麻煩之處。如果完全沒有交易成本，按科斯定理，雙方企業總是有辦法達成有效的協定的。Green 和 Scotchmer 在 1993 年證明了如下定理：在一對一技術轉移協定中，如果雙方信息對稱，最優的授權協定必然是事前協定。理解這一結論的關鍵是尋求授權一方可以威脅專利持有者不做投資，從而在事前協定中獲得一個正的利潤。如果不籤事前協定而是在研發完成以後再簽約，專利持有者就可以敲竹杆，要求全部的利潤。這樣的事前協定也是有效率的，研發企業會投入最優努力，雙方分成利潤。但是，在專利轉讓中很難指望信息對稱。Bessen 在 2004 年證明了：如果尋求授權一方的研發成本是私人信息，服從一個非退化的隨機分佈，則社會最優的合同是事後合同，這不一定能實現。另一種交易成本是信息披露的風險，Heidi 列舉了塞萊拉公司和輝瑞公司的例子：輝瑞公司希望向塞萊拉公司購買特定的基因序列開發新藥物。但是，為了進一步的談判。輝瑞公司應該向塞萊拉披露信息以方便對方評估轉讓費。具體的界限很難把握，模糊籠統的信息不會被塞萊拉接受，太細緻的信息又會給塞萊拉可乘之機。塞萊拉也有自己的研發團隊，完全可以在相應基礎上做開發。
這一問題需要更精細的討論。Gallini 和 Wright 討論了研發利潤是私人信息的情況。模型的時間線如上圖所示，專利持有人技術的類型是私有信息，而尋求授權的開發商(可能有很多個，無差異，互相之間開展古諾競爭)只知道類型的分佈。首先，持有人向開發商提供一份只能選擇接受 / 拒絕的合同，其中包含授權開發商數量、定金以及事後授權費。其次，如果開發商接受，他交付定金並獲得技術信息。最後，開發商選擇是否仿冒(嚴格來説是 inventing around，會支付一個仿冒成本)，如果是，他使用持有人的專利生產 0 單位，而用自己的仿冒技術生產，並與其它廠商競爭;如果不是，他交付授權費再開展古諾競爭。解法類似 Cho-Kreps(1984)，均衡取決於模仿成本和兩種類型持有人的技術差距。如果模仿成本足夠大，或技術差距足夠小，那麼一個簡單的線性合同就可以解決問題，一家開放商，固定定金，固定特許費。如果模仿成本很小，持有人就需要一個依賴於最後產出的非排他合同，如果產出高於一定程度，就需要支付另一筆特許費。只有前一種情況是社會最優的，專利持有人可以攫取全部古諾競爭的租，後一種情況會有效率損失。Gans 和 Stern 在 2000 年解了一個更加複雜的情形，得到了類似的結果。
以上主要是一些微觀層面的理論分析，我們還需要實證結果來佐證我們的分析：專利制度究竟會帶來什麼後果?Heidi 利用人類基因組計劃中國際團隊與塞萊拉公司的爭端，驗證了這一結論。人類基因組計劃原定將所有成果對公眾開放，為此定了百慕大規則(the Bermuda Rule)，測出的基因序列必須在 24 小時內上網。這個規定本身就是為了抑制基因序列申請專利，但在 2001 年，塞萊拉公司搶先完成了一批基因的測序。而基因組計劃一直到 2003 年才測完這一批基因的序列。在美國，基因序列是可以申請專利的，塞萊拉公司當然也申請了。很多大廠商耽誤不起時間，於是斥巨資向塞萊拉公司購買序列的特許權，價格達到數百萬美元。如果塞萊拉公司獨自測序的這部分基因是隨機分佈在所有基因序列中的話，這就構成一個準實驗。不過，由於人類基因組計劃測序的順序是先測有用的，重要的，再測其它的。而塞萊拉公司要避開這部分基因，因此，有專利的這部分基因預期利用價值是比較低的。必須設法解決這個問題。給定一個基因，Heidi 整理了 1970-2003 年 OMIM(人類孟德爾遺傳，Online Mendelian Inheritance for Men)數據庫中檢索的關於這個基因的論文數量，以此表徵特定基因的重要程度。觀察下圖中下折幅度最大的線，可以發現基因組測序基因和塞萊拉測序基因在價值上確實有明顯區別。為了控制這一點，Heidi 注意到人類基因組重測塞萊拉基因的時候沒有選擇效應，基本是隨機的。圖中圍繞 0 水平波動的是人類基因組在 2002 年重測的塞萊拉基因和 2003 年重測基因的重要程度差，可以發現幾無差別，數據檢驗也確實如此。因此，這兩組基因可以構成準實驗。估計結果顯示：註冊專利對基因後續利用，包括產品利用和科學研究，都有顯著負面影響，程度在 20%-30%之間。
另一項研究來自 Murray 和 Aghion 等學者。他們研究的對象是我們前面提到過的基因工程小白鼠。在 1990 年代之前，研究用的小白鼠主要有三種：Koncked-Out，移除了特定基因，專利在猶他大學手中，開放獲取;Onco，在胚胎期植入特定基因，專利屬於杜邦，需要簽署比較嚴格的專利授權;Cre-Lox，能夠比較自由地編輯基因，專利屬於杜邦，需要簽署非常嚴格的專利授權書。文章主要研究後兩種。直到 1990 年代之前，能夠獲得專利授權做實驗的學者都比較少，用 Onco 的主要偏向於研究應用，用 Cre-Lox 的偏向研究基礎。在 1990 年代初期，美國國立衞生研究院(NIH, National Institute of Health)與杜邦公司簽署了兩份諒解備忘錄(Memorandum of Understanding)，杜邦公司簡化授權聲明，並開放 Onco 及 Cre-Lox 小白鼠在傑克遜實驗室免費獲取。由於這次談判在當時比較隱秘，大部分研究人員都不知情，故可視作外生衝擊。利用這個時間點前後關於小白鼠的文獻就可以估計減弱專利保護的正面效用。他們發現，在開放獲取之後，相關研究數量、研究題材(考慮文章關鍵詞)、研究人員(考慮作者)、研究機構(考慮地址)以及發表期刊的範圍都有顯著上升。考慮到利用小白鼠進行的研究題材之廣泛，內容之重要，這項專利很有可能限制了社會福利。
還有另一項綜合性的研究也值得注意。Murray 和 Stein 兩位學者利用生物科技學界論文——專利並行(patent paired with papers)的機制，做了更加全面的研究。他們使用的數據對象是 2001 年以來《自然 生物科技》(Nature Biotechnology)上發表的 340 篇研究(A substantial novel research study)。之所以選擇這本期刊，是因為它有很強的代表性和很大的影響力，作為 Nature 子刊，影響因子常年超過 20。之所以從 2001 年開始，是因為美國專利辦公室(USPTO, US Patent Office)在這一年開始為申請過程中的專利保密。由於論文從投到期刊到發表一般需要 6 個月，而等待專利獲批平均而言需要 2-4 年，很多學者可能會放棄或推遲投稿，影響數據的準確性。在 340 個樣本中，有的申請了專利，有的沒有申請專利。接下來是想辦法構造準實驗，在線醫藥論文數據庫有搜尋相似論文的功能，兩位作者據此對專利組和非專利組論文做了匹配，數據檢驗發現兩個組特徵的確是相似的。如下圖，僅針對專利組的估計發現專利獲批確實會明顯影響之後論文的引用，但這不一定靠得住。接下來就是 DID 了，得出結論和前述一致：申請專利會降低未來論文引用量，幅度在 10 到 20 個百分點之間。
一些早期的研究也説明專利對研發沒有太大的刺激作用。Sakakibara 和 Branstett 兩位學者針對日本專利制度改革進行了研究。改革之前，日本的專利只支持單一訴求申請(a single claim)，保護範圍非常窄，所以也被人稱作三文魚制度(sashimi)。如果為一種新材料申請專利，美國的辦公室會把一定範圍內的配比納入到保護範圍中，三七開或者四六開都可以，但日本專利只能申請一個特定的配比，不支持申請一個範圍。1980 年代的改革引進了類似於美國的專利制度，但控制其它因素以後，由 307 家日本企業樣本得到的數據顯示，企業研發費用沒有明顯上升。同時期另外幾篇方法類似而樣本不同的研究也得到的類似的結論，其中包括 Scherer 和 Weinburst 針對意大利製藥企業的研究、Hall 和 Ham 針對美國半導體產業的研究以及 Schankerman 針對卡內基梅隆企業調查所做的研究。另一篇得到類似結論的是 Kortum 和 Lerner 在 1998 年針對 1980 年代美國專利法改革的研究。控制其它因素之後，他們發現，改革本身對專利申請數量沒有影響，參見下圖中的黑線。雖然同時期專利申請數確實有顯著上升，但這來自於全球研發浪潮，同一時期法國德國、日本國內專利數量都有顯著上升。他們通過檢查以下假説來進行檢驗：如果企業確實受到改革驅動，認為專利更加有利可圖，那麼那些已經擁有很多專利的企業應當獲利，也更有可能申請新的專利;改革會驅動更多不成熟的專利申請，從而降低申請的通過率;為專利交費續期的比例應該會變高;研發費用應當有明顯上升。以上假説在實證中均不滿足。儘管也有一些文獻，如 Merge 和 Nelson(1990,1994)，Arora(2008), Lin(2010)等支持專利對研發費用的正面作用，跨國樣本研究以及近期的幾項準實驗似乎都指向反面結論。不過，Lin 等學者的研究是利用中國的微觀企業數據完成的，他們的結論對我們思考中國現實很有教益。
最後，專利保護制度也可以放在國際視野下來研究。發達國家和發展中國家之間會有專利的相互流動，有可能是通過外國直接投資(FDI, Foreign Direct Investment)，也可能是通過發展中國家的模仿。這方面最著名的是 Helpman 在 1993 年建立的模型，其中引理 1 説明，無論如何，收緊專利法總會損害發展中國家的利益，對發達國家影響則不一定。如果模仿率落在合適的範圍內，收緊專利法對發達國家是有利的。Lai 的模型更加精細，他們指出，專利法的具體效應需要考慮技術流入的方式，如果是通過 FDI，則收緊專利法是有利的，此時可以鼓勵更多投資，獲得更多高級技術;如果是通過模仿，則不應該收緊保護，因為這會傷害國內廠商。這方面的另一項發展來自於 Chen 和 Puttitanun 在 2005 年的工作。在他們的模型中，各國需要在鼓勵本國技術發展和模仿外國技術之間做選擇。在低水平經濟體中，技術進步會進一步增強模仿帶來的好處，更能學了，因此伴隨着經濟發展，專利保護程度會下降;超過特定水平之後，自主研發則會佔據上風。最後出來的結果是一條倒 U 型的曲線。
這和實際數據的樣式也是相合的。Chen 和 Puttitanun 在文中也做了相應的檢驗。當時全球的經濟發展水平和知識產權保護指數的關係見下圖，可以看到也是一個大致的倒 U 型。
最後是另一篇同時印證以上幾個觀點的文章，背景同樣是專利法案改革，但研究對象變成了各國製藥公司在美國的專利申請數量。這就很聰明地構造出了包含 91 個國家專利改革的面板數據。作者同時收集了這 91 個國家內部製藥企業的研發投入數據。研究方法和 Murray 及 Stein 在 2007 年的那篇研究是類似的，都是運用匹配方法構造出對照組和實驗組。由於專利制度改革多發生在 1980 年代，作者把 1978 年到 1995 年劃成四個區段，如果有兩個特徵相同的國家，一個在前一階段改革，一個在後一階段改革，這中間的差別就可以用準實驗的方法處理。實踐中沒有一模一樣的國家，所以作者利用以下變量來匹配在相繼時間段內改革的國家和地區：人均 GDP、GDP 增長率、經濟自由度、法律制度(英美法、大陸法、社會主義或斯堪的納維亞法系)，教育水平等等。包含滯後變量的估計顯示，專利改革對於研發投入沒有顯著影響。儘管其中保護程度較高的國家研發投入有上升趨勢，但整體差異不顯著。此外，在 OECD 國家中，專利改革與人均 GDP、經濟自由程度和教育水平的交互項作為研發投入的解釋變量都在 0.01 水平上顯著，這意味着最優專利水平確實與經濟和社會發展程度有關。作者指出，與 Kumar 的研究結論一致，只有在在極高的水平上，才能觀測到專利保護程度和研發投入的正相關關係。哪怕是像德國這種國家，都會為了廉價進口技術而對加強專利保護意興闌珊，更不要説廣大發展中國家了。Mcgrattan，Holmes 和 Presoctt 在 2015 年發表的研究中考慮了中國的情況。中國政府的方針長期以來可以概括成市場換技術(Quid Pro Quo)，外國企業要用技術來換取准入機會，很多持有外國專利的企業也因此不會在中國註冊專利。他們的研究發現：市場換技術政策顯著地促進了中國的技術進步，對中國的整體福利有非常明顯的促進。
總之，成功的專利制度應該是靈活的。既要鼓勵自主研發，又要考慮到對先進技術的學習利用;既要考慮到前期的審核，也要考慮後期的法律成本;既要考慮保護的範圍、時間和力度，又要考慮不同行業的特點;既要幫助企業保護技術，又要設法促進技術的轉移和擴散，鼓勵科研。在已經達到尖端的領域、效益重大的領域、法律曖昧不清的領域，專利保護可以嚴格一些;而在需要學習的領域、創新競爭激烈的領域、模仿成本高的領域，專利可以稍微鬆一些。特殊的領域，有特殊的情況，需要學者特別的洞見。Sprigman 和 Rostiala 指出：時尚界對專利的保護程度非常低，但時尚仍在飛速發展。Paul David 在 20 世紀末就已經看到了互聯網時代的創新模式：以開放的科學(Open Science)，來探索自然的秘密(Natural Secret)。