首先，農業税是對農業生產也就是農民在地上種出的作物收的税。當年，全國的平均税率規定為常年產量的 15.5%。也就是説，一户農民，種一年地，收了一萬斤稻子，其中一千五百五十斤要作價交給國家。
其次，取消農業税的核心目的不是對農民減負，而是對財税部門減負。農業税取消的根本原因，是其徵收成本過高和佔財政收入比例越來越低。
最後，徵地拆遷、土地入股的有關收入要交的税不是農業税，而是營業税、土地增值税、耕地佔用税、契税等等一大堆跟土地有關的税，跟農業税一毛錢關係都沒有。
在當時，農業税也不是農民的主要負擔。那個時候農村有句俗話“頭税輕，二税重，三税是個無底洞”。所謂的頭税就是農業税，二税和三税則是留村提留和鄉統籌費以及各種亂集資、亂攤派、亂罰款。
所以，我的結論就是，過去農民的負擔重，與農業税沒啥關係。現在農民減負了，與取消農業税也沒啥關係。
提問者把農業税的概念弄錯了，這點趙欣已經指出並解釋了，我算是進行一個補充説明吧，其實核心不完全是對財政部門的減負。
隨着我們國家的發展，其實農業税所佔税收的比例越來越小，特別是從 94 年分税制改革以後，我只查到的數據是 94 年全國財政收入 5218 億，到 2003 年全國全面推進農村税費改革，全國財政總收入已達到 21715 億，十年增長四倍。農業税佔比逐年下降，1999 佔 4%，2003 年佔 1%。
而取消農業税是在 2000 的時候，就開始在江西試點，然後逐步減免，原定是於 2008 年完成，結果提前了，05 年就基本完成的差不多，所以 06 年就宣佈取消。
而取消農業税也只是中央對農村税費改革的一部分，關於對農村的税費改革到目前為止都還沒有結束。這兩個概念一定要分清。
除了佔比小是一個原因，接着就是趙欣提到的關於徵收成本的問題。
農業税不像其他税種，徵收難度大，管理難度很大，而且就算是目前為止，也沒有什麼好的約束辦法。更別提現在的税收現代化電子徵收，在農村完全沒用，要收只有一個辦法就是挨個上門。
這就不僅僅是徵税成本過高的問題了。
掰着手指頭也知道税務局不可能招一大批税務人員挨個上門，所以後來採取的辦法是下放權利，把徵收農業税這件事情交給了村委，給村幹部去收。
一開始覺得皆大歡喜，畢竟村幹部對村裏的人就太熟悉了，不僅僅是徵税成本降低，而且更熟悉每家人的收成，還增加了一丁點收入。
不過後來的事就很不好了，有兩種情況，一種是農民收成好的時候，畢竟村幹部那邊沒有約束，一方面是權力尋租造成的貪污，另一方面收成不好的時候，有些村又是採取的定額收取，有些村幹部就採取了暴力執法(執法這詞用的不好，因為他們壓根沒有執法權)，輕則到你家來牽頭豬來抵税款，實在窮的沒法甚至搬空家裏的生活用品來充抵。
這種行為肯定會無限的激化了矛盾，在收成不好的某年的某村，就出現了農民被逼無奈，聚在一起反抗的事情(這個故事情節在歷史上太熟悉了)，最後還捅死了一個前來收税的村幹部。
這只是個代表，各地均有不同程度的矛盾激化，為了這點税款出這些岔子，當然不值得。