1947年6月30日凌晨，東北野戰軍第一縱隊第3師最後撤離四平，標誌着三戰四平戰役的結束。而陳明仁第71軍居然沒有被消滅，這可讓老蔣欣喜若狂，立即授予守城的第71軍陳明仁、增援的第53軍周福成、新6軍廖耀湘各種勳章，同時派員前往四平和瀋陽“勞軍”，還派飛機把陳明仁接到南京同遊玄武湖，大大地誇獎了一番。
然而陳明仁剛剛回到東北不久，卻突然接到了東北行轅的撤職命令，罪名是“破壞美援，縱兵搶糧”，原來1947年8月，東北行轅主任熊式輝、保安司令長官官部司令長官杜聿明雙雙被撤，“參謀總長”陳誠帶着心腹羅卓英來了。陳誠到任行轅主任後，立即裁撤了東北保安司令長官部，將所有兵權收歸行轅，同時開始下手修理杜聿明舊部。
陳誠將東北戰場局勢的惡化以及林彪東北野戰軍的壯大，完全歸咎於前任軍政主官的無能，無論是公開的記者會上還是內部的軍事會議上，多次指責熊式輝和杜聿明在政治上腐敗無能、在軍事上指揮失當，才導致當時的被動局面，並且斥責熊杜二人：“縱兵殃民，逼民為匪，收匪為兵”。恰好陳明仁在四平戰役後期，曾使用美援大豆和其他糧包構築工事，有人捅到了美軍顧問團那裏，於是陳誠決定先拿他開刀。
就這樣，陳明仁一手拿着“青天白日勳章”，一手拿着撤職命令，氣得渾身發抖，因為新職務是有名無實的“總統府參軍”。其實對於處理陳明仁，老蔣也有些尷尬，可是又只能支持陳誠的新官上任三把火，於是選擇犧牲了陳明仁，終於釀成這個黃埔一期生有了二心，這是後話。而陳誠的整肅這才剛剛開始，後面又來了一系列大刀闊斧的操作。
“遼寧省主席”徐某撤職查辦，第52軍軍長梁愷撤職、第52軍副軍長兼第12師師長劉玉章撤職、行轅中將高參田湘藩開設賭場逮捕法辦、汽車兵團團長馮愷倒賣汽油予以逮捕、日俘管理處長李修業勒索錢財也被逮捕、少將參議劉介輝吃空餉依然逮捕，一番大頓干戈的清洗，一時東北蔣軍上下全體人心惶惶。
即便是杜聿明的副手鄭洞國，陳誠也毫不客氣，將其調任東北行轅副主任掛了起來，再無領兵作戰之權。以鄭洞國、廖耀湘為首的杜聿明舊部紛紛表示不服，私下裏痛罵陳誠是“小人得志”，各級將領誰也不知道啥時候會整到自己頭上，都忙着找靠山拉關係，連之前作戰較為賣力的一些軍官也開始心灰意懶，得過且過混日子，東北蔣軍的戰鬥力經過“整肅”反而莫名其妙下降了。
如果你以為陳誠真的是“懲治貪腐，一心為公”那就大錯特錯了，收繳兵權的同時，陳誠和羅卓英立即開始了“改造部隊”的工作，那就是最大程度讓部隊成為“土木系”的勢力範圍。比如新一軍軍長孫立人被調走，第50師師長潘裕昆晉升新一軍軍長；再從新六軍調出第14師組建新編第三軍，以第14師師長龍天武為軍長，而這倆軍長那都是土木系的人物。
據稱陳誠還把東北部隊的編余軍官組成兩個軍官總隊，兩個大門口分別掛着牌子，一個是“國軍軍官總隊”一個是“偽軍軍官總隊”，把偽滿軍官們氣得七竅生煙，喊着“此處不留爺，自有留爺處，處處不留爺，爺去投八路”紛紛逃亡。不過注意啊，別跟着網上瞎傳，對於這些垃圾，我東北野戰軍也是不要的，從1947年新式整軍開始，東野堅決杜絕這種成事不足敗事有餘的成分。
總之在陳誠的折騰下，東北蔣軍系統一時間雞飛狗跳烏煙瘴氣，而在兩軍對峙的形勢下如此折騰是極不明智的，鄭洞國後來回憶説：“陳誠個人作風算是比較廉潔的，但是他野心很大，排斥異己，一有機會便想吞掉別人的隊伍，同時又千方百計偏袒自己的親信，培植個人勢力。至於軍事上，很難説他有什麼過人的天才，尤其在大兵團作戰指揮方面，他是遠不如杜聿明的”。
但是在黃埔系軍官團中，陳誠和他的土木系卻是最得老蔣信任的，所以無論鄭洞國等一批人怎麼罵他小人得志，都改變不了陳誠的意志和做法，因為他大權在握，同時還兼着參謀總長和海軍總司令，親信郭懺又任“聯勤總司令”，掌握着軍需分配大權。所以東北蔣軍將領對陳誠的一番騷操作是敢怒不敢言，既討厭他又不得不怕他。
當然了，來的快走得也快，1948年元旦新五軍被東北野戰軍全殲，2月5日陳誠便離開東北飛赴上海“治療”，攏共才在東北任職和折騰了五個月零五天。
