2000—2020年這20年間，對於中國高等教育來説是一個變化非常大的歷史階段，先是經歷了“合併潮”，然後國家持續了20年的高速發展，國力大增，但地區間的經濟差異隨之加大，國內高校間的綜合實力排名也變化很大。
2000年前後，我國很多高校經歷了合併、重組或更名，那些合併後的大學綜合實力。當時國內綜合實力排名前十的大學榜單是這樣的：
20年過去了，有些大學實力提升很多，也有些大學發展較慢名次下降不少。2020年國內綜合實力排名前十的大學榜單是這樣的：
將2000年榜單和2020年榜單合在一起，看起來會更直觀：
可以看出，清華大學、北京大學在我國大學的排名一直很穩，分別清華大學第一、北京大學第二；復旦大學、上海交大、浙江大學也穩居前六；南京大學、中國科學技術大學實力略有下降。另外就是北京、上海作為我國最重要的科教中心的地位一直沒變。
20年間變化最為顯著的莫過於，北方地區的、2000年進入前十榜單的南開大學、天津大學、哈爾濱工業大學這3所老牌名校集體掉出2020年前十榜單，取而代之的是武漢大學、華中科技大學、中山大學這3所來自南方地區的高校。
這個變化很大程度上反映了20年來我國的社會變遷，在建國後到實行市場經濟初期、尤其是計劃經濟時期，北方地區才是我國的經濟重心，天津、東北地區的高校承擔了眾多國家發展亟需攻克的國防、重工業相關的重大項目，家底積累要比南方地區的高校要深厚得多。2000年後，經濟重心迅速南移，南方地區高校“財大氣粗”，在師資、研發、優質生源等各方面明顯更有吸引力，得以迅速崛起，一舉超過北方高校。