蒙古人攻克撒馬爾罕之後，成吉思汗決定進攻花拉子模的舊都玉龍傑赤（土庫曼斯坦烏爾根奇）。他命令幼子託雷攻佔馬魯，同時命令其他三個兒子-朮赤，察合台，窩闊台各自率領其部去征服花拉子模都城玉龍傑赤。
每個參戰的蒙古士兵都想染指這座花拉子模最富庶的城市，它是花拉子模最美好的國土。蒙古士兵都在憧憬者能從這裏至少牽出兩匹馬或一頭駱駝，上面載滿絲綢衣服，寶石項鍊，高腳杯及各種罕見的東西。此外還會帶回家幾個技藝高超的奴隸，這些奴隸既會織布，又會縫製靴子和皮襖。這是開往玉龍傑赤的每個蒙古兵的心中夢想。成吉思汗的旨意是將花拉子模連同欽察草原都劃為朮赤的領地。朮赤對於這兩個兄弟前來瓜分他未來封地的財富大為不滿，他按兵不動，意在先讓他們兩個在玉龍傑赤碰個頭破血流。
而嫉妒成性，貪得無厭的察合台則在宴飲時指天畫地地説：“朮赤分得的領地本來就很大，現在還想獨得好處。不行，我不能把玉龍傑赤讓給他，要讓給他也得先把這座城變成廢墟才行。”玉龍傑赤新蘇丹玉龍傑赤這座花拉子模的都城，欽察諸汗，富裕商人，手工藝人和來自不同民族的奴隸居住的城市，此時陷入了惶恐不安的境地。曾經殘酷統治這裏的禿爾罕哈敦已經逃離，皇親國戚們也都隨同太后逃走了，這個人口眾多的都城落入了欽察頭人之手。欽察伯克忽馬爾的斤汗在人們擁戴下成為新的蘇丹。所有人對他表示絕對服從，就連伊瑪目們也在清真寺裏為他祈禱。
新蘇丹宣佈，他的政權對伊斯蘭教至為虔誠，他下令將那些每天不到清真寺祈禱的人關進牢裏。還在全城增派“拉伊薩”（宗教警察）。他們每天在街上巡視，懲治那些祈禱不勤的人。他還增加税收，擴充夜間巡邏隊。1220年秋的一天，當一羣遊牧民從草原上趕來一羣牲畜，來到南門口。在守城人員向他們收取進城税時，突然，從畜羣騰起的黃塵中鑽出200多個騎兵。他們裝扮特殊，騎着個頭不高但速度很快的馬。這些人來到橋頭就動手搶羊，趕牛，和遊牧民發生口角，最後竟然打了起來。
終於，這些騎兵趕上畜羣，緩緩向遠處走去。蘇丹忽馬爾的斤派出1000名欽察士兵前去追趕這些強盜。這些搶走牧民畜羣的騎兵看到城內的追兵，他們就拋下牲畜，像受驚的老鼠一樣逃竄。當欽察追兵追至離城30裏遠的地方，預先埋伏的2000名蒙古騎兵衝了出來，將欽察追兵團團圍住，從遠處用長箭向他們射擊。幾輪射擊之後，1000名欽察士兵已經所剩無幾。剩下的士兵拼命地逃回城去。
摧毀它蒙古大軍來到玉龍傑赤後，並不急於圍攻，他們在郊外的村子裏安營紮寨。窩闊台，察合台住進了郊外花拉子模的行宮。他們手下的將領合丹，博古爾赤，塔別乞等人忙着建造攻城器械。隨軍的來自中國的工兵們準備製造攻城器械，以助大軍儘快攻克都城。問題是附近沒有石頭，於是工兵們將桑樹鋸成木頭塊，再泡進水裏，將它變得和石頭一樣硬。蒙古人開始從四面八方出動，與城內的騎兵打上幾個回合然後撤走，企圖引守軍進入埋伏圈。但是玉龍傑赤守軍開始謹慎起來，他們絕不上當，立刻退守城內。
新蘇丹被折斷脊樑，扔進山谷，被野狗豺狼吃個精光新蘇丹在一次軍事會議上，拿出蒙古人的勸降信。他説：“我們為什麼不可以同蒙古人談判呢？”夜裏，蘇丹忽馬爾的斤帶了幾個隨從，出了城，來到蒙古人的行宮。他們向窩闊台，察合台表明了投降的意圖。窩闊台冷笑着問：“你給我們帶什麼來了？城門的金鑰匙在哪？”忽馬爾的斤：“我向威武的東方君主成吉思汗匍匐致敬，我願意為他效勞。”察哈台：“我們要的是玉龍傑赤，而不是你這樣的反覆無常者，向你這樣背信棄義的人所説的話，我們能相信嗎？把他抓起來。”
劊子手把忽馬爾的斤和他的隨從抓起來，扒掉他們的衣服，活生生地折斷他們的脊骨，把還在苟延殘喘的他們，扔進山谷，被野狗豺狼吃了個精光。兄弟不合，察合台的妒忌朮赤帶着大軍趕到時，玉龍傑赤已經被包圍的水泄不通。為了將投射器運到城牆下邊，3000蒙古兵和一批俘虜着手修復運河橋。正在修建時，城內殺出一支騎兵，他們向正在修橋的蒙古兵發動突襲，將蒙古兵全部殺死。這一勝利，大大鼓舞了城內的士氣。蒙古人開始全線進攻。他們驅趕着幾千名被俘的平民為他們填平護城河。然後，他們推來攻城器械，向城牆開始轟擊。投石器，火炮，火箭輪番不斷地向城內發射。城內的木質建築燃起熊熊大火。
朮赤發動了最猛烈的進攻，他從北城牆下讓俘虜挖了一條地道，順着地道進入城內。經過一番激烈的戰鬥，北城樓升起了朮赤的旗幟。這一勝利引起了察合台的嫉妒和憤怒，他向玉龍傑赤投入一批批軍隊，無奈守軍的防守極為頑強，蒙古人的進攻受挫。
朮赤的軍隊進城了，打開了城門，蒙古大軍潮水般湧進城內。蒙古人不停地發起衝擊，摧毀了大半個城市。但是，玉龍傑赤的軍民在繼續頑強抵抗。蒙古人只得一個個街坊推進。他們關於野戰，一旦進入狹窄的街道，便難以行動，但是他們不斷地向前衝去，用長箭準確地射向守軍。
白天蒙古人摧毀了一座座房子，殺掉抵抗的人，晚上再回去休息，第二天再戰。就這樣每一天蒙古人都要付出極大地代價。玉龍傑赤最勇敢的士兵是匠人們，他們知道，一旦城破，他們將會被送往遠遠的異國他鄉。城裏的女性也和男人一樣同蒙古兵勇敢的戰鬥，她們用磚頭壘砌矮牆，防備敵人的長箭。疲憊的蒙古兵決定斷絕城內的飲用水。3000名蒙古兵去攻佔阿姆河上的一座橋，去堵截水源。為了生存，城內軍民突襲了這批蒙古兵，並將他們全部殺死。
蒙古人的進攻瀕臨失敗，其中原因之一就是察合台與朮赤的不和，導致的軍令不暢。朮赤攻進城內之後，察合台配合緩慢，致使蒙軍軍力不足，被守軍大量殺傷。據歷史學家的描述：“蒙古人被殺死了許許多多，屍骨如山，至今還堆積在花拉子模舊城四郊。”7個月後，玉龍傑赤還在花拉子模國人手中。玉龍傑赤之所以打的這麼艱苦，除了玉龍傑赤的軍民團結一致，眾志成城之外。蒙古人的內部不和是重要的因素。
察合台與朮赤之間的不和，對這場戰事影響巨大。對於玉龍傑赤，雙方立場迥異，朮赤向把玉龍傑赤完整的保留下來，畢竟這以後是朮赤的地盤。而察合台則想把玉龍傑赤變成焦土，想速戰速決。二人誰也不服誰，直接導致了蒙古軍進攻的混亂。最後，二人將官司打到了成吉思汗處，成吉思汗非常生氣，立刻將他二人就地免職，改為窩闊台為總指揮。
玉龍傑赤陷落，千年名城遭毀滅窩闊台就任後，協調兄弟間的關係，統一了蒙古軍的指揮權。戰鬥又開始了，這一次蒙古人的效率高了很多，城內的建築全部被毀，街道一條一條的在失守。7天后，玉龍傑赤僅剩下3個街坊未被佔領，疲憊不堪傷痕累累的保衞者們決定投降。他們的特使見到朮赤，請求投降。
朮赤回答説：“你們原先是怎麼想的？為什麼大軍開到城下時你們不投降？現在，我折損了這麼多優秀戰士的情況下，我能禁止我的戰士們去憤怒的搶劫嗎？我絲毫不能饒恕你們！”蒙古人向為佔領的街區發起進攻。一部分保衞者戰死，一部分被俘。察合台不願讓花剌子模的珍珠-玉龍傑赤落入朮赤之手，他下令破壞了向整個花剌子模供水的河堤。阿姆河水將玉龍傑赤淹沒，沖走建築物。那些有幸逃離蒙古人之手的人，不是被洪水淹死，便是葬身廢墟之下。
滔滔洪水還淹沒了花剌子模其它幾座城市。自此，阿姆河一度改道，在很長時間內淨沙漠注入黑海。玉龍傑赤曾經是絲綢之路上最偉大的城市之一，這座城市後來又興盛起來，現在是土庫曼斯坦花剌子模州的首府和工業中心。
