抗生素濫用是當前臨牀醫療中的一個嚴重問題，所以我覺得這道題有必要好好答一下。
首先，題主問的“抗生素從低到高分為幾個等級”，我猜你問的是藥效強弱吧?但這個理解是錯誤的，抗生素並不是按療效分級的。例如萬古黴素，臨牀上用於治療其他抗生素均無效的嚴重感染，號稱“抗擊感染的最後防線”，但在面對那些“其他抗生素也有效”的致病菌時，效果反而不如其他抗生素好。例如在治療對甲氧西林敏感的金黃色葡萄球菌引起的感染時，萬古黴素的療效就不如萘夫西林好。
(關於抗生素無高級低級之分，還可參見兒童使用抗生素的幾點注意事項)
不過在臨牀使用上，由於濫用抗生素會引起病菌抗藥性增強，影響以後治療的問題，及部分抗生素的副作用較大、價格昂貴，必須對抗生素使用進行分級管理。在 2012 年 8 月起施行的《抗菌藥物臨牀應用管理辦法》中，把抗生素分為三級：
一、非限制使用級：指經長期臨牀實踐證明安全有效，對細菌耐藥性影響較小，價格較便宜的抗生素。
二、限制使用級：指經長期臨牀實踐證明安全有效，但對細菌耐藥性影響較大，或價格較貴的抗生素。
三、特殊使用級：這類抗生素要麼太昂貴，要麼副作用大，要麼容易使細菌產生耐藥性，要麼剛上市，臨牀使用經驗、數據和資料不足。
需要説明的是，同一種藥物，在用法不同時，分級也有差異。例如阿莫西林，口服劑型為非限制使用級，而注射劑型為限制使用級。
至於抗生素的分類，根據標準不同，有幾種分法：
(一)根據抗菌譜分為窄譜抗生素(抗菌譜窄，只對某一類細菌有效)和廣譜抗生素(抗菌譜廣，對多類細菌都有效)，其中窄譜抗生素又分為抗革蘭氏陽性菌抗生素和抗革蘭氏陰性菌抗生素。
(二)根據化學分子結構分為：
β- 內酰胺類抗生素：下屬有青黴素類抗生素(帶“西林”兩個字的都是)、頭孢菌素類抗生素(帶“頭孢”兩個字的都是);
氨基糖苷類抗生素：代表為慶大黴素、鏈黴素等，由於耳毒性和腎毒性較大，如今已很少用;
大環內酯類抗生素：代表為紅黴素、羅紅黴素、阿奇黴素等;
四環素類抗生素：代表為四環素、土黴素等;
多肽類抗生素：代表為萬古黴素等;
喹諾酮類抗生素：帶“沙星”兩字的都是;
磺胺類抗生素：帶“磺胺”兩字的都是;
其他還有一些較少見的種類，如林克酰胺類、氯黴素類(副作用大，發達國家已少用)等，此處不贅。
以上部分應該可以回答題主提出的問題 1 和 2。
至於問題 3 和 4：
首先，判斷是否該使用某種藥治療某類疾病，不是以説明書為根據的，更不能以説明書為依據!這是很多非醫藥專業人士的一個誤區。
所謂藥品説明書，其實不如説是廠家的“免責聲明”，因為有些實驗，例如孕婦用藥的安全性，廠家在研發過程中是不可能真在一羣孕婦身上使用這個藥物然後觀察記錄流產率和胎兒畸形的發生率的(動物實驗倒是可以這麼做，但能引起動物胎兒畸形或流產的藥物不一定就會讓人的胎兒畸形或流產)。為了避免藥品上市之後引發索賠，就乾脆在説明書上註明“孕婦禁用”，意思是“我告訴過你不要吃這個了，萬一你自己吃了導致流產或胎兒畸形可別來怪我“。至於這個藥是否會引發胎兒流產或畸形，只有靠醫生在臨牀治療中冒着風險來探索(例如有時候不用這個藥就控制不住病情，那就只有先用藥把大人保住，然後觀察胎兒是否流產或畸形，以此來積累經驗數據)
(注：類似案例有甲氨喋呤治療類風濕關節炎和紅斑狼瘡，丙泊酚用於孕婦麻醉等，都屬於”説明書上沒有説能用這個“或”説明書上説了不能用這個“，但臨牀實踐中不僅在用，而且效果和安全性良好的典型)
其次，至於生了某種病該用哪種藥，還真的只能以醫囑為準。至於題主所説的同一個病不同醫生開出不同藥方的現象，其實也很正常，因為對同一個病，往往有好幾種藥都能奏效，而在這些藥物中選擇開哪種(一般來説，出於避免發生嚴重副作用的考慮，能用一種藥的，就不會幾種藥聯用)
時，醫生都會綜合療效、副作用、價格等諸多因素考慮，而不同醫生看重的方面又不一樣：
·第一位醫生更看重病人的經濟負擔，”這個病人是貧困山區來的，如果開價格貴的藥他可能就選擇放棄治療了，還是給他開便宜好使的藥物 A 吧“
·第二位醫生更看重療效，”這個病用藥物 B 見效最快，那就給他開這個吧“
·第三位醫生更看重治療的經濟效率，”這個病用二十塊錢一盒的藥物 A 就能治好，沒必要開貴的“
·第四位醫生更看重自己的收入，”給他開兩百塊一盒的藥物 C，既能治好他的病，我也能多拿點提成“
·第五位醫生更看重避免病菌產生抗藥性，”藥物 B 雖然見效快但是容易產生抗藥性，還是給他開藥物 D 吧“
·第六位醫生更看重避免副作用發生，”藥物 D 的副作用太大，還是給他開藥物 E 吧“
……其他如醫保是否報銷，報銷比例多少，醫院藥房是否有此藥物等影響因素我就不一一列出了
所以，在面對同一病人的同一疾病(這裏暫且不考慮你先在醫生甲處就診，之後到醫生乙處就診時病情發生變化的可能)時，不同醫生考慮的側重點不同，開出的藥方自然也就不同。更何況醫生自己考慮的側重點也會隨時間變化，比如一位醫生起初在選擇藥物時是以療效最佳優先的，但在經歷了因藥物副作用而引起的醫鬧事件後，他就可能變得小心謹慎起來，在選擇藥物時以副作用最小優先了。
至於問題 5，醫學院校本科階段的《細菌學》《藥理學》等教材都能滿足題主的要求，為免廣告嫌疑，此處就不作推薦了。另外，在學習基礎知識的階段，沒有必要追求什麼”醫學名著，大師的公開課“，正規院校的教材已經足夠了，讀名著，學大師，那是至少在博士階段才該考慮的事兒。