1934年斯大林為了鞏固執政地位，肅清黨內敵對分子以蘇共主要領導人基諾夫被刺殺為開端掀起了“大清洗”運動，這場運動持續時間之久，破壞力之強世所罕見，直接導致了蘇德戰爭爆發後蘇聯無人可用的尷尬局面，致使在蘇德戰爭初期蘇軍的大潰敗。隨着斯大林去世，赫魯曉夫上台一些恐怖的數據被批漏出來。
有一組最為保守的估計，在這場運動中超過一半的蘇共黨員被捕入獄，一大批蘇共早期的優秀幹部被槍決，近兩百萬人被判刑，其中近八十萬人被處以極刑，而且很多人死於流亡之中。在蘇德戰爭開始前的古拉格勞改營中就關着將近一千萬人。
除了對黨內大開殺戒之外，對蘇聯國內的其他特殊存在斯大林更是毫不手軟，東正教從沙皇時代就是俄羅斯的國教，蘇聯統治區也是東正教的核心區域，斯大林首先拿蘇聯國內的東正教神父開刀，一共逮捕了全蘇上下十六萬東正教神父，一半處死一半流放，幾百年的俄國東正教系統崩潰直到赫魯曉夫上台之後才有所好轉。
而對國內的那些“不可靠民族”迎接他們是殘酷的鎮壓，特別是在農業集體化運動中對政策有牴觸的民族比如剛剛吞併的波蘭，飽受苦難的烏克蘭，還有高加索民族。以對斯大林政策抵抗最為嚴重的車臣人為例，由於斯大林的“大清洗”在二戰中車臣人紛紛倒戈，結果導致人數不到四十萬的車臣人在戰後遭受了滅頂之災，一萬五千人被槍決，八萬人被關進了監獄或勞改營，十萬人在冬季流放西伯利亞幾乎全部死於途中，剩下了十幾萬車臣人活在仇恨之中，這種民族矛盾一直延續到如今。
