1941年11月11日，德國人截獲了一份英軍的秘密情報，其中記載了英軍在新加坡佈防以及防禦弱點的絕密信息。德國人將情報轉交給日本人，很快，日本就制定了入侵新加坡的計劃。
由於多年的侵華戰爭，日本的軍事資源消耗巨大。然而從1940年開始，英美等盟國開始對日本實施戰略物資禁運，並實施經濟制裁，日本的石油儲備開始嚴重匱乏，於是他們盯上了新加坡等英美殖民地。
1942年2月8日到15日，日軍僅用了一個禮拜時間，就攻佔了新加坡。大約8萬名駐守新加坡的英國軍隊、印度軍隊和澳大利亞軍隊成了日軍的俘虜，加上之前在馬來亞戰役中被俘的5萬英軍，這13萬人成為英國曆史上最龐大的俘虜隊伍。英國時任首相丘吉爾哀嘆：這是英國軍事史上最嚴重的災難。
隨着新加坡的淪陷，一場針對新加坡及馬來亞華人的大屠殺也隨即展開。應該説，這一場大屠殺是早有預謀的。早在1941年12月28日，日軍在入侵新加坡之前就制定了僑務管理實施準則，規定凡不服從或不與佔領當局合作的，應予以取締。
由於在中國戰場上，日軍遭到了頑強的抵抗，因而他們認為，針對華人有必要採取肉體消滅的政策，比如在中國戰場，他們就搞出了滅絕人性的三光政策。因此，針對新加坡華人的大屠殺，日軍早就做好了清洗的準備，罪惡的屠刀早已磨亮。
佔領新加坡後，日本佔領當局很快就列出了9類華人為“不受歡迎的人”：
1、參與建立中國救濟基金的人士。
2、為中國救濟基金捐款的人士。
3、支持愛國華僑陳嘉庚的人。
4、海南人，日軍認為這些人都有抗日背景。
5、抗戰爆發後移居新加坡和馬來亞的華人。
6、有紋身的人，日軍認為這些人有黑幫背景，也會跟日本人過不去。
7、以義勇軍身份加入英軍對抗日軍的人。
8、公務員或者親英人士，比如立法會成員。
9、擁有武器，有可能影響社會治安的人。
針對這些不受歡迎人士的甄別工作隨後展開，日本佔領當局要求，凡是18歲到50歲的華人男子都必須到甄別中心接受甄別。經過甄別沒問題的人，他們會發一張證明。有問題的人就會被裝車拉走，定點屠殺。
實際上，日本佔領當局沒有足夠的人手進行甄別工作，他們也無意對華人心慈手軟。時任日軍駐法屬印度支那的第25軍任作戰主任參謀辻政信就曾放出狠話：“要新加坡華人減半。”
因此，日軍所謂的甄別只是走個過場，大量的華人被押赴刑場，包括婦女、兒童他們也沒有放過。新加坡樟宜海灘等11個地點成為華人遇難的主要場所，在戰後，人們在這些地點發現了大量滿身彈痕的華人的遺體。
中國早期電影的第一代導演之一侯曜當時旅居新加坡，他也是中國電影理論的奠基人之一。他不僅編導了《棄婦》、《偽君子》等故事片，還執導過《血肉長城》、《最後關頭》等抗日題材電影。正因如此，侯曜也被甄別為不受歡迎人士，被日軍殘忍殺害。
二戰結束，日本投降後，對於這次大屠殺，他們始終不願意正面承認，這是針對華人的種族屠殺行為。他們宣稱，是戰爭造成的人員死亡。而且，日本官方只承認，在戰爭中，只有5000名華人被殺。
然而，當時日本佔領當局駐新加坡的警備司令河村三郎少將在他自己的日記中就清楚地寫道，僅2月23日當天，就有5000名華人遇害，在新加坡，被殺人數已經達到4-5萬人。應該注意到，河村三郎記載的截止日期為2月23日，而大屠殺則持續到3月3日，實際被殺人數遠不止4-5萬。
對此，新加坡華人社區認為，有10萬左右的華人在屠殺中遇難。而李光耀先生對於遇難華人的人數曾經做過兩次估計。
2008年，他在接受探索頻道採訪時曾經估計，有5-10萬華人遇難。2009年在接受國家地理雜誌採訪時，他表示，至少7萬人遇害，這是可以被證實的數字。如果加上未被發現受害者，也許死亡人數高達9萬。他也慶幸自己運氣好，躲過了這次劫難。
1963年，新加坡曾經就大屠殺事件向日本政府索賠，而日本政府的回應是，他們已經在《舊金山和約》中，就英國殖民地的賠償問題上與英國政府達成了協議，因此他們對新加坡沒有賠償義務。李光耀為此反駁説，英國殖民者不能代表新加坡人民。
1965年，獨立後的新加坡再次向日本政府索賠，並要求他們正式道歉。然而，日本政府僅向新加坡政府支付了5000萬美元。名義不是賠款，而是説，其中2500萬美元是送給新加坡的津貼，白送，支持你們建設；另外2500萬美元則是貸款，借給你們的，要還的。至於日本政府的官方道歉，迄今沒有過。