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但此時的大明將帥並未停止攻伐，元順帝則率領蒙古殘部，逃回蒙古草原。與此同時，在東北地區，元朝太尉納哈出佔據；雲南地區，則由梁王佔據。
於是，朱元璋在洪武十一年命傅友德、藍玉、沐英進攻盤踞雲南奉元為正朔的梁王把匝剌瓦爾，經過激戰順利攻取昆明，梁王自殺，沐英留鎮雲南；而在平定了西南之後，北方的蒙古人也自然而然的成為了下一個目標。
此時的大元在短短的十幾年裏，也經歷了元順帝、元昭宗、後主脱古思帖木兒三朝。朱元璋，自然不會放過這個絕好的機會。在1385年，馮勝降服納哈出之後；1387年9月藍玉再次率軍進攻北元。
面對勢盛的明軍，脱古思帖木兒自知不敵，只得逃遁。但藍玉畢其功於一役，頂風冒雪在捕魚兒海地區發現了逃遁的脱古思帖木兒，於是一場大戰在所難免。最終，捕魚兒海之戰，流亡的元朝王室損失殆盡，脱古思帖木兒次子地保奴等元朝皇室盡皆被俘，脱古思帖木兒和長子天保奴等十餘人逃遁，最終卻遇到了阿里不哥的後人也速迭爾，為其所殺。
在盛行幼子繼承製的蒙古，當年在攻打釣魚城時，蒙哥大漢為炮擊傷而亡。按照傳統阿里不哥當繼承蒙古汗位，但顯然忽必烈的實力更強，最終也奪得了汗位，因此阿里不哥與忽必烈，雖然同為黃金家族，但世仇之下，也是不死不休。隨後，也速迭爾稱帝。
但是這種打破傳統的即位模式，也讓黃金家族的威望掃地，埋下了分裂的種子。自此從卓裏克圖汗（也速迭爾的汗號）、坤帖木兒直至窩闊台的後人鬼力赤憑藉實力取而代之，鬼力赤也廢除了蒙古人原本延用的大元國號。
至此，蒙古高原上關於權利、地盤的爭奪也日趨白熱化。鬼力赤也在瓦剌部首領馬哈木與阿魯台部的攻伐下被殺，而有着忽必烈血脈傳承的本雅失裏成為新任大汗。
此時的漠北蒙古族也便分為三部:居於西遼河、老哈河一帶者，為兀良哈部;居於鄂嫩河、克魯倫河一帶及貝加爾湖以南地區者，為韃靼部;居於科布多河、額爾齊斯河流域及準噶爾盆地者，為瓦剌部。
這三部之間的關係，幾乎可以等同於三國時期的魏、蜀、吳。有過短暫的聯合，但更為了利益互相攻訐，其中要説的是兀良哈，實力相交於韃靼、瓦剌最為弱小。
對於勢頭正盛的大明王朝，他們則一直的採取了臣服策略，但這種臣服也只是假意的、單純出於利益的，時常有越邊劫掠，更時常反叛。
因此，朱棣的五次北伐的最終目的便是意欲一勞永逸的解決出於北方的蒙古人，也就有了忽必忽温之戰，馬哈木、阿魯台的大敗。
就在阿魯台部被連番攻伐之下，瓦剌部也在馬哈木之子脱歡的帶領下強大起來，甚至於漸成一統之勢。但此時的，明宣宗朱瞻基則採取的竟然是坐視政策，征伐也只有對兀良哈（此時的兀良哈也早是強弩之末）的戰績可以拿出手。
最終，在脱歡死後，其子也先實現了蒙古草原的又一次基本統一，瓦剌帝國曇花一現。這一邊，明宣宗的兒子朱祁鎮還在想着一展威儀，於是一場意料之外又意料之中的土木堡之變，也就發生了。
好在也先死後，其子阿失帖木兒並沒有他的韜略。繼被吐魯番汗國、哈薩克汗國打敗之後，他的遠征烏茲別克汗國之舉，也導致了瓦剌帝國土崩瓦解。而後，東部蒙古則出現了又一個風雲人物——小王子達延汗。在任內，基本上統一了除瓦剌以外的蒙古，但他為了維繫統治採納的卻是對各部轄制甚小的分封制，而作為其孫的俺答汗，即便有着攻伐瓦剌之功，但當他想着再塑祖上榮光之時，已經攫取了利益，完成了利益再分配的蒙古各部是不會支持他的。
最為致命的是他還想依靠宗教來實現統一，但利用宗教造成的結局，卻是藏傳佛教格魯派（黃教）在蒙古人中的傳播。而當察哈爾部的林丹汗，在藏傳佛教寧瑪派（紅教）大師的忽悠之下，決意再在蒙古人中改變宗教信仰之時，在遼東地區正與大明王朝進行爭奪，又信奉黃教的皇太極，找到了機會。
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