崇禎十七年（1644年）三月下旬，闖軍佔領京師的消息傳至盛京，多爾袞立刻召集滿漢大臣商討對策，以英親王阿濟格為首的八旗保守派和以范文程為代表的漢大臣產生了嚴重的分歧：
阿濟格一派認為八旗軍數次入關都未能攻克大明京師，而闖軍卻能在幾日內將其佔領，可見闖軍戰力之強悍，所以應該避其鋒芒、按兵不動，坐觀闖軍和殘明勢力兩敗俱傷；
范文程則向多爾袞建議，應該乘闖軍立足未穩之機儘快發兵，將闖軍主力圍殲於京師一帶。
對於各持己見的兩派，多爾袞一點都沒放在心上，他的目光始終都盯着沉默不語的洪承疇，他知道洪承疇曾同闖軍交戰多年，所以在是否出兵這個問題上，洪承疇的表態至關重要。
洪承疇之所以不表態，是因為他明白自己人微言輕（此時的洪承疇是鑲黃旗的包衣奴才，並沒有獲得官職），直到他發覺多爾袞一直盯着自己，才站起來發言：“闖軍雖然人數眾多，但不過是一羣烏合之眾罷了，根本不足以同八旗勁旅爭鋒，此時正是入關圍殲闖軍主力的有利時機。”
很明顯，多爾袞被洪承疇的言論打動了，於是他立即下令：“集結八旗主力，沿昔日入關路線進軍，包圍京師，殲滅闖軍主力。”
崇禎十七年四月初，多爾袞率領八旗主力誓師出征。四月初四，多爾袞收到了吳三桂的支援請求。四月二十一日，吳三桂正式答應剃髮降清。四月二十二日，闖軍與吳三桂軍在一片石展開激戰。四月二十五日，多爾袞率領的八旗軍突襲闖軍側翼，闖軍大敗，退回京師。
崇禎十七年四月二十九日，李自成在武英殿舉行了登基大典。次日，李自成率領殘餘闖軍退出京師，返回西安。
崇禎十七年五月初二，多爾袞率領八旗軍進入大明京師。
根據《清世祖實錄》中的記載，多爾袞佔領京師後不久，就接受了祖可法、張存仁關於“京師為天下之根本”的建議，決定將都城從盛京（瀋陽）遷往京師，但是，多爾袞此舉再度遭到了英親王阿濟格的反對。
阿濟格對多爾袞説：“初得遼東，不行殺戮，故清人被遼民所殺。 今宜乘此兵威，大肆屠戮，留置諸王以鎮燕都，而大兵或還守瀋陽，或者退保山海，可無後患（《清史稿》）。”
如果多爾袞聽從了阿濟格所言，那麼終清一代也只能成為遼東地區的割據政權。但是很可惜，志在天下的多爾袞不僅沒有聽從阿濟格所言，反而還當即斥責了他：“先皇帝（皇太極）嘗言：‘若得北都，當即徙都，以圖進取。’況今人心未定，不可棄而東還。”
由此可見，多爾袞早就認可了皇太極“遷都（大明）京師，進取天下”的戰略。如今既已佔據京師，他定然不會輕易放棄。並且，在請求順治皇帝遷都的奏疏中，多爾袞也明確説明要遵循皇太極的既定戰略執行。
荷天眷及皇上洪福，已克燕京。 臣再三思，惟燕勢踞形勝，乃自古興王之地，有明建都之所。 今既蒙天畀，皇上遷都於此以定天下 ，則宅中圖治 ，宇內朝宗 ，無不通達，可以慰天下仰望之心，可以賜四方和恆之福，伏祈皇上熟慮俯納焉。
收到多爾袞的奏疏後，孝莊皇太后當即帶領順治皇帝啓程前往京師。與此同時，為了打消北方官、商、士、民等階層對清朝入關的牴觸心理，多爾袞特意向河北、河南、山東、山西等地發佈了一篇檄文：
流賊攻陷北京，明主身亡，大清皇帝義切同仇，用伸吊伐，予用息馬燕京，撫茲黎庶，深痛爾明朝嫡胤無遺，勢孤難立，用彰我大清宅此北土，厲兵秣馬，必殲醜類 ，以靖萬邦 ，非有富天下之心，實有救中國（指大明）之計。諮爾河北、河南、江淮之間諸勳舊大臣、節鉞將吏及布衣豪傑之懷忠慕義者，或世受國恩，或新膺異眷，或自矢從王，皆懷故國之悲，孰無雪恥之願？予皆不吝封賞，特與旌揚。其有不忘明室，輔立賢藩，勠力同心共保江左者，理亦宜然，予不汝禁。但當通和講好，不負我朝，永懷繼絕之恩，以敦睦鄰之誼。
這篇檄文寫得很有意思，值得我們認真分析一下：
1、開篇第一句先用“流賊攻陷京師，明主身亡”指出了流賊是導致崇禎皇帝死難的元兇，為的是將北方各階層的牴觸心理轉移到流賊身上。接着又用大義凜然的口吻説出“大清皇帝義切同仇”，給自己找到了出兵的正當理由。然後又以“明朝嫡胤無遺”為藉口，解釋了自己為何會不請自來。最後，用“非有富天下之心，實有救中國（指大明）之計”作為第一句的結尾，表明自己出兵的目的不是為了取天下，而是為了替明主（崇禎皇帝）復仇、剿滅流賊；
2、第二句用“諮爾……懷忠慕義者”開頭，用“孰無雪恥之願”結尾，意在給有心投降的無恥之徒們找塊大大的“遮羞布”，其潛台詞是：“願意降清之人不是在貪圖高官厚祿，而是為了替崇禎皇帝報仇，所以這些人都是‘懷忠慕義者’。而那些不願降清之人，既無忠義之心，又無替崇禎皇帝報仇之志，真是一羣無恥之徒”；
3、最後兩句傳達的實際上是一個意思——我大清入關就是為了剿滅流賊、替崇禎皇帝報仇，一旦“大仇”得報，大清立即返回關外。至於你們是想扶保新君，還是想擁立賢德的（大明）藩王，我統統都不干涉，只要以後你們不辜負大清的恩情、與大清睦鄰友好就行了。
僅從表面上看，這篇檄文是不是很感人，從關外出兵前來剿滅流賊、替崇禎皇帝報仇，竟然只是為了睦鄰友好。説句實話，第一次讀這篇檄文，我差點被感動的留下了眼淚，可是當我又細讀了一遍之後，才發現其中潛藏着兩個真實意圖。
1、稱崇禎皇帝為“明主”，稱順治皇帝為“大清皇帝”。這實際上是在暗示大明國祚已終，大清才是正統，所以，只要你認可了這篇檄文，就意味着你已經承認了大清的正統地位；
2、予皆不吝封賞，特與旌揚。這句話是説：“要想為崇禎報仇的忠義之士，大清都會給予封賞。”真是笑話，人家為報君父之仇去剿滅流賊，哪裏落到你大清給封賞？況且，一旦接受了大清的封賞，就意味着承認自己是大清之臣。所以，這句話的真實目的就是——要想為崇禎報仇，你必須得真心實意的投降。
通過對這篇檄文的認真分析，我們不得不承認多爾袞確實是清朝統治階層中一位相當傑出的政治家。而明朝的那些那些文武大臣們，在明白了多爾袞已經給自己找好了“遮羞布”後，紛紛前來歸順大清。
第一個歸順大清的是天啓年間的內閣大學士、著名閹黨成員馮銓，多爾袞為了起到“千金買馬骨”的效果，就立即任命他為內院大學士、參與機務。馮銓之後，謝啓光、李若琳、劉餘右、黨崇雅、金之俊等明朝大臣紛紛歸順。
面對越來越多的歸順官吏，大學士范文程上疏：“治天下在得民心，士為秀民，士心得，則民心得矣。”
在我個人看來，有了范文程的這封奏疏，天下之歸屬就已經確定。於古代王朝而言，士人階層才是統治根基之所在，士人階層的背後是謀略權術、戰略規劃、兵馬錢糧，所以士心得、則民心得，民心得、則天下得。
多爾袞在看到范文程的奏疏後，立即以此為指導施行了四條政策：
1、宣佈開科取士。根據《皇朝經世文編》中的記載，此次開科取士共錄取了1100名進士；
2、大力宣揚滿漢一體；
3、頒佈了“武剃文不剃，兵剃民不剃”的剃髮政策；
4、承認士人階層在明朝時期享有的特權，並向他們返還被流賊掠去的家產。
這些政策施行後，雖然吸引了不少人前來歸順，但仍然有相當一部分人心向大明。恰在此時，南明弘光政權送來了神助攻。
弘光政權建立後不久，馬士英、阮大鋮等人就在朝堂上掀起了“順案”，藉此來打擊那些從北方前來投效的官吏。緊接着，東林黨人又開始大力宣揚弘光皇帝的荒淫無道。
這種情況下，北方的士人階層就只能選擇順清，而南方的士人階層也徹底喪失了對弘光政權的希望。所以，當清兵到來時，弘光政權在史可法敗亡後就崩潰了。
不管現在的我們如何評價清朝，至少就當時來説，多爾袞在佔據京師後的所作所為確實比南明弘光政權高明瞭不少。並且，多爾袞犯了剃髮易服、圈地、投充等幾個致命錯誤後，南明也未藉機做出任何有效應對，只能眼睜睜的看着清朝奪取天下。
其實説起來，南明的境遇要比東晉和南宋好得多，之所以南明根東晉和南宋同人不同命，主要是因為南明及時送來的“神助攻 ”和多爾袞佔據京師後的大部分所作所為都比較正確。