明朝作為我國曆史上最後一個由漢族建立的王朝，其先後共傳十六帝，國祚276年。然而，位於北京昌平區天壽山麓的“明十三陵”，卻只埋葬着十三位皇帝，這又是為什麼呢？其餘三位皇帝的陵墓，又為何不在北京呢？
明朝十六位皇帝中，沒有埋葬在“明十三陵”的三位明朝帝王，分別是明太祖朱元璋、建文帝朱允炆和明代宗朱祁鈺，而他們未葬於此處的原因也各不相同，一個被丟在了南京，一個失蹤下落不明，一個則是被去除了帝號。
明太祖朱元璋：朱棣永樂年間遷都北京，老爹朱元璋被丟在了南京
朱元璋作為明朝的開國皇帝，其於洪武元年（1368年）正月初四在南京稱帝，建立大明，而當時明朝的國都便定於南京。而自古以來，帝陵一般都設在離都城較近的地方，而朱元璋也將皇陵選在了南京。
經過篩選，朱元璋最終將陵墓位置定在了今南京市玄武區紫金山南麓獨龍阜玩珠峯下。明洪武十四年（1381年），朱元璋命中軍都督府僉事李新主持陵墓的建造工程，次年，馬皇后去世，於洪武十五年（1382年）9月入葬孝陵，因馬皇后諡號“孝慈”，故命名為“孝陵”。
明洪武三十一年（1398年），明太祖朱元璋駕崩於應天府，遂啓用地宮與馬皇后合葬。不過，雖然朱元璋已經入葬，但明孝陵的建設仍未徹底完工，直到明永樂十一年（1413年）建成“大明孝陵神功聖德碑”，整個明孝陵的建設才算竣工，前後歷時長達30餘年。
不過，到了明朝永樂年間，朱棣稱帝之後從永樂四年（1406年）開始便着手準備遷都，並最終於永樂十八年（1420年）正式遷都，南京雖仍設六部等中央機構，但卻降格成為留都。而此後的明朝皇帝，也都安葬於北京京師附近，朱元璋的明孝陵便孤零零的留在了南京。
建文帝朱允炆：“靖難之役”後把自己搞丟了，朱棣不承認其皇帝地位
朱元璋駕崩之後，皇太孫朱允炆即位，是為建文帝。為了穩固皇位，消除各地藩王對中央皇權的威脅，建文帝即位後不久便開始削藩，結果最終引發“靖難之役”，在這場歷時長達四年的叔侄爭奪戰中，以天下敵一隅的建文帝竟然最終戰敗了。
建文四年（1402年），朱棣率軍攻至南京城下，負責鎮守金川門的谷王朱橞和李景隆望見朱棣麾蓋，遂開門投降，南京城告破。與此同時，南京皇宮燃起大火，雖然《明太宗實錄》和《明史·成祖本紀》皆記載朱允炆死於這場大火，但《補本》和《明書·建文皇帝本紀》皆記載朱允炆已經趁亂逃走，而朱棣此後的動作也表明朱允炆很可能已經逃之夭夭。
此外，贏得“靖難之役”的朱棣，為了名正言順的繼承皇位，在翰林院編修楊榮的提醒下，先行前往拜謁孝陵，向朱元璋陳述了朱允炆即位以來的種種罪行，以朱允炆不遵祖訓為由，直接不承認建文帝的皇位，並將建文元年（1399年）至建文四年（1392年）改為了洪武三十二年至洪武三十五年，以此表明自己是從朱元璋手中繼承的皇位。
由於建文帝下落不明，而朱棣又不承認建文帝的皇位，因此朱允炆去世之後，自然也不可能被葬入明朝帝陵了。不過，由於朱允炆下落不明，全國各地發現的朱允炆墓多達五十多處，到現在也不知道其死後究竟葬在了何處。
明代宗朱祁鈺：“奪門之變”後被廢除帝位，死後以親王之禮下葬
明代宗朱祁鈺是明宣宗朱瞻基的次子，明英宗朱祁鎮的異母弟。明英宗朱祁鎮率兵親征瓦剌卻慘遭“土木堡之變”，不僅幾乎全軍覆沒，就連皇帝本人也被瓦剌給擄走，為了避免被瓦剌牽着鼻子走，在於謙等大臣的促請下，經孫太后點頭同意，朱祁鈺被擁立為帝，遙尊朱祁鎮為太上皇。
朱祁鈺登上皇位本就是權宜之計，而且在將其扶上皇位之前，孫太后先將朱祁鎮之子朱見深立為了儲君，目的就是為了確保皇位仍然留在朱祁鎮一脈，但朱祁鈺在皇位穩固之後，卻不想將皇位再還給朱祁鎮這一脈，為此不惜通過賄賂大臣，廢黜了太子朱見深，改立自己的兒子朱見濟為儲君，可惜朱見濟次年便夭折了。
與此同時，在朱祁鎮失去利用價值後，在被俘次年便被送了回來，但回來之後便被囚禁南宮長達七年。朱祁鈺不僅命人將南宮大門上鎖灌鉛，又加派錦衣衞嚴密看管，而且將南宮附近樹木全部砍伐殆盡，從而徹底切斷朱祁鎮與外界的聯繫，就連食物也只能通過小洞遞入。在這七年中，朱祁鎮雖然仍擁有着“太上皇”的封號，然而不僅沒有享受到任何相應的待遇，反而備受冷遇，惶惶不可終日。
可以説，由於皇權之爭，朱祁鎮、朱祁鈺的兄弟之情已經磨滅殆盡，因此當朱祁鎮通過“奪門之變”重新復位，而朱祁鈺則在一月後病逝。之後，朱祁鎮不僅將於謙等當初擁立朱祁鈺的大臣全部處死，而且下詔指斥朱祁鈺“不孝、不悌、不仁、不義，穢德彰聞，神人共憤”，直接廢其帝號，併為其上了“郕戾王”的惡諡，朱祁鈺最終以親王禮葬於北京西山。
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