清朝建立後，遭到南方各地反清人士的拼死抵抗，特別是擁有強大水師的鄭成功，威脅極大，更是清政府的心頭之患，但清廷多次前去招降，均遭到斷然拒絕。
清政府最重視的是農業，本來就對海上貿易非常反對，由於鄭成功，措施更加嚴歷。順治時期，清政府先發布了“禁海令”，諭令從天津到廣東，不許片帆下海，嚴格禁止海上貿易，有違反禁令的，一律斬首，負責這件事的文武官員如果失職，也從重治罪。
但鄭成功在台灣建立政權後，仍有許多物資從大陸獲得。為此，清政府把“禁海令”進一步深化，發佈了更為嚴格的“遷海令”。要求南方沿海四省所有居民後撤，福建居民後撤30裏，廣東為50裏。
具體的距離雖然還不是特別嚴格，但在實行這一舉措時，清政府劃了界線，並插上一些旗幟，旗幟之間拉上繩子，所有居民必須遷移到繩子以內，繩子外不準任何人居住，田地不準耕種，更不準出海捕魚，如果私自越界，一律處死。清政府把繩子以外的房屋一律燒燬剷平，所有的樹木也都砍了。
但由於這個政策實行時並不徹底，鄭成功依然能從大陸獲得一些物資。康熙時，輔政大臣鰲拜覺得遷海距離太近，下令沿海居民繼續內遷，從山東到廣東的沿海州縣，居民都要內遷到50裏左右。
後來，清政府又再次發佈“遷海令”，重申沿海居民再往內陸遷移30裏。在遷界區邊緣，清政府起初是以插旗、木柵、籬笆等為界，有些地段修築了土牆。
後來，逐漸嚴格，遷界區邊緣基本都改成了深溝或土牆，再後來乾脆把土牆改為界牆。界牆更高大些，一般有4尺厚，8尺高，每隔5裏，設有一個炮台，有專人把守。清廷還派出大臣分赴各省，監督這一政策的執行，有違者嚴肅處罰，情況嚴重的，立斬不赦。
“遷海令”讓整個沿海成了無人區，這無疑徹底阻塞了大陸物資的出海渠道，沉重打擊了鄭氏集團，使他們失去貨源和軍品供應。但這個政策也使航海貿易一落千丈，漁業和鹽業都被廢置，對沿海百姓的生活造成了很大影響。
海洋是很多沿海百姓賴以生存的地方，儘管當局貼出了“遷海”告示，但都不願意遷走。等到清軍官兵嚴格執行這個政策，他們才不得已放棄家產，攜妻帶子，倉惶奔逃。
百姓被迫“遷海”非常悲慘，很多人死在路上。據史書記載，有的地方只給了三天限期，所有人都必須離開。老百姓沒有足夠準備，經常野棲露處，四處乞討，一些婦女兒童和年老體衰的人經不起折騰，暴死在路旁，慘不忍睹。
也有一些人比較重視廉恥，不願行乞，又無計可施，就到山野中採來野菜，以此度日，但有時野菜有毒，舉家全部中毒而死。反正“遷海令”實施後，尋短見、服毒、投河、闔家自盡的比比皆是。
被迫“遷海”的百姓開始還尋思很快就能回來，但顛沛流離的日子久了，銀兩也基本用盡，清政府卻仍然沒有讓他們回去的意思，生活毫無着落。於是許多人被迫賣兒賣女，出現了“夫棄其妻，父別其子”的悽慘場面。據估計，清朝兩次大規模“遷海”，共造成一百多萬人死亡。
當時，有很多地方官員反對“遷海”，他們感嘆説：“生靈之禍，莫慘於此。”極力請求復界。
康熙四年(1665年)，鄭成功死了，來自台灣方面的威脅減輕，“遷海”禁令稍稍放鬆，不過清朝仍然實行嚴格的“海禁”政策。
到康熙八年(1669年)正月，由於朝廷認為有關措施已收到成效，不想再繼續影響沿海地區民生，終於下令允許部分地區復界，人們可以回到原籍，但仍有一些遷界地區還是禁區。
清廷收復台灣後，清朝解除了來自鄭氏勢力威脅，於是取消了“遷海”禁令，沿海居民可以回去種地和捕魚，得以恢復正常生活。但清政府仍然不許任何人下海經商，許多沿海地區還是人煙稀少。