1949年前，中國共有13所基督教會大學，這些由傳教士建立的大學起點很高，如燕京大學、齊魯大學等，在20世紀20年代以後，教會大學在中國教育近代化過程中起着某種程度的示範與導向作用。
1、東吳大學
1900年，著名美國傳教士林樂知擔任了東吳大學董事長，中國第一所民辦大學正式誕生，其法學院尤為著名，被譽為“華南第一流的而且是最著名的法學院”，培養了中華民國外長、總理、著名法學家王寵惠，著名法官、法學家吳經熊、李浩培、潘漢典，中國第一位國際大法官倪徵燠。
2、燕京大學
燕大由諸多學校整合而成，1919年司徒雷登出任校長後整理校務，面貌煥然一新。1929年起正式設立了文學院、理學院、法學院，總共近20個系。
3、齊魯大學
該校是1904至1952年在山東辦學的教會大學，由來自美國、英國及加拿大三國的14個基督教教會組織共同籌款聯合整合舊有教會學校基礎上開辦。齊魯大學校長、畢業於哈佛大學的劉世傳自豪地説：“正如我的另一個母校，哈佛大學是美國最老的大學一樣，齊大是中國最老的大學，絕對沒有一箇中國大學能在這一點上趕上齊大!”
4、上海聖約翰大學
創建於1870年的上海，由美國聖公會上海主教施約瑟將原來的兩所聖公會學校培雅書院和恩度書院合併而成，乃中國第一所高等教育學府。
5、之江大學
其前身是寧波崇信義塾，1845年由美國基督教長老會麥卡第在福州創辦的一所教會女子大學。
10、金陵女子文理學院
是中國近代著名的女子教會大學，1915年在南京開學。第一任校長是德本康夫人，1928年，德本康夫人辭去校長職務，校董會推選金陵女大首屆畢業生、留美博士吳貽芳為校長。1951年，私立金陵女子文理學院與私立金陵大學合併為公立金陵大學。1952年，金陵大學主體與南京大學合併。
11、滬江大學
創辦於1906年，原名上海浸會大學，是一所教會大學。上海浸會大學最初的校長為美國人柏高德博士。另設浸會神學院，由美國人萬應遠博士任院長。1952年高等學校院系調整，滬江大學各系分別併入今復旦大學、華東師範大學、上海財經大學等相關院校，校址移歸上海機械學院，為今上海理工大學。
12、嶺南大學
最初由美國基督教會創辦，以後由國人自辦。1952院系調整中，嶺南大學與中山大學及其他院校的理工科合併，組成現在的華南理工大學，校址設在嶺南大學舊址。其餘學科經過合併調整，分別組成中山大學、今華南農大、華南師範大學和中山醫學院。
另外，李提摩太在山西辦山西大學。
教會大學的出現使中國高等教育與西方高等教育的差距一下子縮短了幾百年，在華最好的教會大學的水平接近了同時代歐美一般大學的程度。教會大學在體制、機構、計劃、課程、方法乃至規章制度諸多方面，更為直接地引進西方近代教育模式，從而在教育界和社會上產生頗為深刻的影響，為中國高等教育作出了不可磨滅的貢獻。