當年英國人在馬來半島西邊建立起了海峽殖民地，新加坡就是這個殖民地的首府，所以長期以來，那裏一部分人就覺得新馬是一家。大英帝國在二戰中傷得夠嗆，後來不得已要放棄海外的殖民地，於是就有了1957年馬來亞聯合邦的建立和新加坡在1959年新加坡的自治。後來，砂拉越和沙巴州也通過抗爭獲得了獨立地位。這些國家在1963年正式組成了馬來西亞。
馬來西亞地圖
眾所周知，新加坡是一個以華人為主體的國家，他們併入馬來西亞後，直接形成的一個問題就是原來馬來人的主體優勢沒有了，華族的比例一下子增長到了42?這下子，馬來人不高興了，他們認為馬來西亞獨立的功勞都是他們的，華人和印度裔都是享受他們抗爭的恩惠，所以他們應該是主人，或者享受特權，這也是“馬來人至上”這個觀念的理論依據。
而新加坡的華人或者李光耀當然不能認同，在隨後的大選中，李光耀喊出了“建設馬來亞人（包括馬來人、華人、印度裔）的馬來西亞”的口號，這讓那些持有“馬來人的馬來西亞”觀點的人心裏很忌憚。另外説一句，李光耀後來在新加坡也反覆提及“新加坡人的新加坡”這個概念，而不是“華人的新加坡”，或者“印度裔的新加坡”，因為他深知民族主義只會害了一個國家。
馬來人傳統服飾
合併之後的馬來西亞問題重重，最為凸顯的就是種族之間的矛盾，終於在1964年9月，新加坡發生了種族動亂。為了對抗馬來人的種族主義，李光耀聯合那些非馬來人的團體進行抗爭，馬來西亞的國父東姑阿都拉曼眼看事情越演愈烈，覺得只有將新加坡踢出去才能挽救局面，於是在加入馬來西亞2年之後新加坡又正式出局了。
東姑阿都拉曼
當然，馬來西亞決心踢走新加坡，有着多方面的原因，並不僅僅是種族矛盾這一條。直到今天，老一輩的新加坡人依舊認為，如果當時新馬沒有分家的話，以李光耀的能力，領導整個馬來西亞就只是時間問題。這句話我認為是有道理的，李光耀後來展現出來的卓越的領袖力足以證明這一點。如果只是換一個更有能力的領導者的話，以東姑阿都拉曼的品行來看，他不會容忍不下，甚至他很樂意看到，但是李光耀和新加坡的華人背景讓他不得不做深一層的考慮。
激情演講中的李光耀
除此之外，還有一個原因就是，新加坡是一個高度自治的地區，在新加坡還未脱離馬來西亞之前，他們就以地方的身份多次對抗中央，比如在1963年12月，李光耀點名批評馬來西亞在年度預算上做的有問題。這樣的情況是馬來西亞不樂於看到的，尤其是在李光耀的勢力不斷擴張，還搶走他們三個選區之後。
客觀來説，馬來西亞驅逐新加坡其實是一個很合理的選擇，這樣可以提高他們的主體民族優勢，捍衞馬來人的主導地位，減緩社會矛盾，消除種族之間的衝突問題，還可以防患於未然，徹底斷絕掉李光耀或者新加坡、華人做大的可能。另一點很重要的是，新加坡地方不大，只有北京通州那麼大，把它弄走對馬來西亞其實並沒有多大的損失，尤其是相比它帶來的“隱患”來看。