故事發生在1349年，即聖鬥士星矢冥王神話中上次聖戰之前更早的一次聖戰之後，聖域發生巨大變故。糾紛女神艾麗斯突破封印重新復活，原本她想找女神雅典娜復仇。但當時雅典娜和冥王哈迪斯作戰之後重傷難愈，於是退位讓賢，將聖域、聖鬥士和整個大地都交給艾麗斯統領。
儘管艾麗斯統治了聖域，但是聖戰之後的僅存的聖鬥士們對於艾麗斯代替雅典娜統治聖域，卻心存疑慮。新任教皇還沒來得及向外界宣佈艾麗斯的登基，就接到世界各地的警報，有大量暗黑聖鬥士出現。
與此同時，剛剛成為天箭座白銀聖鬥士的魔矢希望和自己崇拜的偶像、聖域裏資深的聖鬥士亞加打成一片，但是卻被遭受戰爭創傷的亞加冷漠拒絕。魔矢為此傷心不已。亞加的女友，一名女聖鬥士安慰了魔矢，向魔矢講述了亞加遭受的戰爭創傷，得到了魔矢的理解。
就在這個時候，暗黑聖鬥士已經偷偷潛入聖域，他們把艾麗斯誤認為是女神雅典娜，對其展開圍攻。危急之時，女神的神聖衣突然出現穿戴在艾麗斯身上。艾麗斯憑藉神聖衣的保護和勝利權杖的威力，將眾多圍攻的暗黑聖鬥士全部打倒。然後，這些被打倒的暗黑聖鬥士給修理破損聖衣提供了足夠的鮮血。