全靠化肥生產出的新鮮蔬菜，莖葉肥嫩，看起來質量上乘，其實蔬菜內硝酸鹽含量超標，在儲存中也容易發黴變質，有毒物質含量更高。有測定，施用過氮肥的白菜比施農家肥的白菜腐爛損壞率高20%以上，硝酸鹽含量也會成倍增加。
長期施用氮肥的蔬菜，特別是過量施氮肥所生產的蔬菜，均會被硝酸鹽嚴重污染，硝酸鹽在人體中容易被還原為亞硝酸鹽，亞硝酸鹽是一種劇毒物質，它能引起人體細胞缺氧。如果兒童長期食用這種蔬菜，會造成智力下降，並能誘發癌症，危害極大。因此，在一些發達國家現已明文規定，氮肥蔬菜禁止上市，以切實保證消費者的利益。
蔬菜土壤長期施用硫酸銨、硫酸鉀以及含氮的化肥，會破壞土壤結構，使土壤板結，失去柔性和彈性，降低通水透氣性能。土壤膠體上的鈣離子不斷被交換出來，在雨水和灌溉水的淋洗下，硫酸銨、氯化鈣被淋洗到土壤下層，造成耕作層缺鈣，破壞土壤結構，使土壤變得板結，肥力下降，蔬菜長勢差，降低產量。
經常施用化肥會造成土壤的酸化危害，硫酸銨、氯化銨、氯化鉀、過磷酸鈣等酸性化肥在連年大量施用到蔬菜地後，會使土壤中殘留大量的酸類物質，使中性土壤變酸，酸性土壤更加酸化，既破壞了土壤微生物區系，又不利於大多數蔬菜的正常生長。
蔬菜地長期過量施用化肥，不僅會對蔬菜造成危害，還會妨礙蔬菜對其他營養元素的吸收，引起缺素症。例如，過量施用含氮化肥會引起蔬菜的缺鈣症；硝態氮過多會引起缺鉬；鉀過多會降低鈣、鎂、硼的有效性；磷過多會降低鈣、鋅、硼的有效性等。
因為良好的土壤結構，除含有大量有機質外，一般都富含鈣元素，缺鈣的土壤結構再好，也是不固定的，易遭到破壞，只有含有一定鈣質的土壤，其鈣質水穩性團粒結構，才是最理想的土壤，能生產出高產質優的蔬菜。
因此，蔬菜地應最大限度地施用有機肥或其他非化學氮肥，替代化學氮肥，在不影響蔬菜正常生長髮育的前提下，儘量以圈肥、雞糞等有機肥和各種餅肥，代替化學氮肥，以防止蔬菜污染，減少化學肥料的殘留和對土壤造成的污染和破壞作用。
今年，農業部提出了將在果菜茶種植重點區域選擇100個示範縣，實施有機肥替代化肥技術的計劃，預計到2020年，實現果菜茶優勢產區化肥用量減少20%以上，果菜茶核心產區和知名品牌生產基地的示範園區化肥用量減少50%以上。由此可見，有機肥替代化肥已經被國家列入發展現代化綠色農業的議事日程上來，但是要真正實現這一目標，還要克服很多困難，破除多個障礙。
最重要的是要破除農民的落後觀念
一些農民錯誤地認為，有機肥見效太慢，更不能確保高產，要想增產增收就要大量施用化肥。這就需要有關部門對農民進行宣傳教育，從肥料土壤學的科學原理出發向農民講解施用有機肥的好處；從科學角度講明白施用有機肥，不但能夠改善土壤結構，還能改善農作物品質。
大力推廣有機肥，先要降低市場售價
現在一些農民不喜歡用有機肥的一個重要原因是商品有機肥價格較貴。儘管最近一兩年，一些地方財政對購買農民進行了補貼，但由於補貼數量有限，不能覆蓋絕大部分農民，所以不少農民依然感覺商品有機肥價格太貴，用不起。這需要小型有機肥生產企業組成企業聯盟，擴大生產規模，採取先進工藝，逐步降低生產成本、降低市場銷售價格。
繼續提高商品有機肥質量
市場上銷售的商品有機肥種類繁多，有的還缺乏統一的質量標準，非資深專業人士根本無法分辨和選擇。這需要行業主管部門加強對商品有機肥生產企業的質量監管，讓優質商品有機肥走入田間地頭，讓劣質商品有機肥無處藏身。
生產企業和行業部門加大示範推廣力度
商品有機肥要想得到農民認可，還需要生產企業和行業部門加大示範推廣力度，不能讓農民自己浪費時間和精力去試驗。有關部門要通過開闢示範田等方式，向農民實地示範科學施用有機肥的具體方法，其中包括用量、選擇種類，以及和其他肥料合理搭配的具體做法。讓農民户切實看到有機肥替代化肥所產生的效果，才能讓農民相信並自覺施用。