隨着第二次世界大戰接近尾聲，德國海軍也迎來了最後的歸宿。1945年3月30日，“科隆”號輕巡洋艦在美軍空襲中被炸沉於威廉港；4月10日，“希佩爾”號重巡洋艦、“舍爾”號裝甲艦和“埃姆登”號輕巡洋艦在英軍空襲基爾時遭重創，喪失戰鬥力；4月16日，“呂佐夫”號重巡洋艦在斯維內明德（Swinemünde）遭空襲座底，但甲板以上仍然露出水面，該艦繼續用艦炮支援陸地作戰直至5月4日自沉。到1945年5月8日戰爭結束時，德國海軍僅存的大型戰艦隻剩“歐根親王”、“紐倫堡”和“萊比錫”三艘巡洋艦，此外還有14艘驅逐艦、13艘魚雷艇、92艘快艇和153艘潛艇向盟軍投降。
■1945年4月19日拍攝的坐沉於威廉港的“科隆”號輕巡洋艦。
盟軍方面對德國海軍重演1919年的“彩虹”行動有所防備，在4月30日希特勒自殺後，繼任德國元首的鄧尼茨海軍元帥被迫同意向盟國完整地移交殘存艦艇，但他還是暗示手下發出自沉的暗語。由於盟軍已經控制了無線電，這條命令並沒有從柏林傳到威廉港，但當地海軍指揮官海因裏希·布萊希羅特少校自行發出了同樣的命令。當一名英軍軍官指責他不等待上級命令擅自行動時，得到的回答是：“作為海軍軍官，我根本不需要上級命令也知道在這種情況下應當鑿沉船隻。這點在學校裏就可以學到——海軍軍人是不可以把自己的船隻交給敵人的。”布萊希羅特的回覆讓這位英國人啞口無言，同時得到了包括盟軍高層在內的各國海軍軍人的尊敬。最終有215艘德國潛艇在戰爭結束時自沉，維護了德國海軍最後的尊嚴。
■1945年德國投降後在不萊梅的船廠內未建成的潛艇。
從1939年9月1日到1945年5月8日，德國海軍與英、美、法、蘇等國海軍進行了五年零八個月的殊死較量，在戰爭中擊沉了包括2艘戰列艦、1艘戰列巡洋艦、4艘艦隊航空母艦、3艘護航航空母艦、9艘巡洋艦在內的大批盟軍艦船，以及3500餘艘商船，其中大部分戰果都來自潛艇部隊。在戰爭結束前，有1170艘潛艇在德國海軍中服役，其中863艘曾參加戰鬥，擊沉2882艘商船，計1440萬噸，另有148艘軍艦，損失潛艇753艘。
在二戰期間，先後有150萬人在德國海軍服役，其中有65000人陣亡，超過10萬人失蹤，21000人受傷。戰爭結束後，殘存的德國海軍艦艇大多作為戰利品被瓜分，在1945年底到1946年初的“舷窗蓋”行動（Operation Deadlight）中，有121艘被繳獲的德國潛艇被鑿沉，還有部分艦艇繼續在戰勝國的海軍中服役或被拆解，但最大最完好的大型戰艦“歐根親王”號重巡洋艦則有一個異於尋常的結局：該艦在移交給美國海軍後，於1946年12月22日作為核武器試驗目標毀於比基尼環礁。在原子彈爆炸的耀眼火光中，德意志第三帝國海軍的歷史在太平洋蔚藍的海水中劃上了永恆的休止符……
■二戰結時在丹麥向盟軍投降的“歐根親王”號重巡洋艦，該艦狀況基本完好，岸邊還有一名擔當警衞的丹麥游擊隊員。