面對《牧原會是驚雷嗎？》引發的猜測和質疑，處於輿論中心的牧原股份終於發聲了。3月16日晚間，牧原股份就深交所的問詢做出回覆，對高毛利、大存大貸、大量工程關聯交易等熱點問題一一做出解釋。
針對固定資產佔銷售收入的比重遠高於同行業的問題，牧原股份在回覆中表示，主要原因是公司與同行業上市公司的生豬養殖模式存在差異。此外，在扣除保育、育肥舍後，公司固定資產佔營業收入的比例不存在顯著高於同行業上市公司的情況，公司固定資產週轉率不存在顯著低於同行業上市公司的情況。
據披露，近年來牧原股份的生豬養殖採用“全自養、全鏈條、智能化”養殖模式，較之同行業上市公司代養模式“輕資產”，需公司自主投資建設生豬養殖場。
針對與控股股東旗下河南牧原建築工程有限公司（下稱牧原建築）存在大量關聯交易的問題，牧原股份表示，公司與牧原建築之間發生的關聯採購佔當期採購總額的比例較低，均低於20%。同時，在税務政策和養殖場建設的特殊因素下，大量工程項目均由關聯方承建存在商業邏輯及合理性。
牧原股份披露的數據顯示，2017年至2019年及2020年前三季度，雙方交易額分別為1.33億元、10.18億元、47.38億元和89.05億元，分別佔採購總額的1.01%、5.88%、19.25%和19.08%。
關於高於同行業的毛利率水平，牧原股份在回覆函中稱，主要是因為公司生豬單位成本低於同行業可比公司。公司及各同行業可比公司的種豬與仔豬來源、生豬產品結構和生豬養殖方式等存在差異。數據顯示，2020年上半年牧原股份生豬業務毛利率為63.27% ，遠高於同期同行業的温氏股份（38.39%）、新希望（42.6%）、正邦科技（35.72%）、天邦股份（54.06%）。
牧原股份進一步解釋稱，與同行代養模式相比，公司全自養模式在飼養環節可以大量採用先進、高效率的自動化設備，實現“精準飼養”，提高了人均生產效率，實現了規模化經營，從而能夠降低單位產品的生產成本。
針對“牧原股份少數股東ROE遠低於母公司股東ROE”，牧原股份回覆稱，主要原因系公司與華能貴誠信託有限公司、中央企業貧困地區產業投資基金股份有限公司等戰略投資者合資成立的子公司均是在2019年末開始成立的，項目投資規模較大，但該部分子公司生豬養殖場的建設與產能形成需要一定的時間，故導致少數股東權益較大但少數股東損益較低，加權平均少數股東淨資產收益率低於加權平均母公司股東淨資產收益率。
關於“大存大貸”的問題，牧原股份稱，公司有息負債規模的變化與公司收入規模、資產規模、經營和建設資金支出規模的逐年擴大趨勢是一致的。
數據顯示，最近三年末（2017年末、2018年末和2019年末），公司有息債務餘額佔資產總額、營業收入、經營和建設資金支出規模比例的平均值分別為31.46%、74.45%和62.91%。2020年9月末，公司有息債務餘額佔資產總額、營業收入、經營和建設資金支出規模比例與最近三年末的平均值不存在較大差異。
2020年9月末，公司有息負債餘額的增長速度高於營業收入、經營和建設資金支出規模的增長速度，主要因為已披露的營業收入、經營和建設資金支出規模僅為2020年前三季度的數據。假設四季度的營業收入、經營和建設資金支出規模與2020年前三季度的平均值一致，則公司2020年全年的營業收入、經營和建設資金支出規模分別為522.20億元和646.41億元，是2019年全年營業收入、經營和建設資金支出規模的2.58倍和3.18倍，與有息負債餘額的增長速度保持一致。
公司2020年9月末短期借款和長期借款大幅增長的原因，一方面是公司生豬養殖採用“全自養、全鏈條、智能化”養殖模式，生豬養殖場區的建設需投入大量的資金；另一方面是為了滿足去年第四季度集中採購和工程款支付的需求。