為深入貫徹落實黨中央、國務院關於持續提升跨境貿易便利化水平，南沙區成立工作專班，研究制定促進跨境貿易便利化工作措施，切實打通各口岸相關單位“經脈”，通力協作“優機制”、“降成本”、“提效率”、“強服務”，高質量高要求加速打造市場化、國際化、法治化的跨境貿易營商環境“南沙模式”。
“優機制”，安好優化南沙跨境貿易營商環境助推器
為全力以赴推進做好優化跨境貿易營商環境各項工作，南沙區成立南沙跨境貿易營商環境工作專班，加強組織領導，建立南沙口岸合規成本收費公示機制，組織宣貫口岸提效降費政策。2021年梳理口岸服務收費公示清單共23項，並通過告示欄和電子屏多方式在口岸公共場所和企業辦公場所進行公示，並上傳至廣州國際貿易“單一窗口”，主動接受社會監督，進一步規範市場收費。
“降成本”，釋放南沙跨境貿易營商環境新活力
為降低跨境貿易合規成本，減輕企業負擔，釋放南沙跨境貿易營商環境新活力。一是推動降低口岸服務企業收費。為進一步降低口岸收費，南沙區積極協調廣州港集團、國有船代、貨代、報關代理等企業，結合經營成本核算，率先降低行業收費。與之前收費相比，廣州港集團集裝箱港口作業包乾費用降幅近15%；廣州港中聯代理率先出台降低船舶代理報關收費，發揮國企帶頭示範作用，引導行業良性降費。二是推動降低海關、港務等相關收費。海關已全面取消行政事業性收費。下屬事業單位及所屬經濟實體、社會團體沒有設立政府定價的經營服務性收費項目和行政審批中介服務收費項目。南沙港區降低貨物港務費、港口設施保安費費等口岸收費，免除貨物港務費地方政府留存部分、港口設施保安費公共統籌部分。海事部門先後取消船舶港務費、貨物港口建設費、登記費、法定檢驗費等多項收費。
“提效率”，跑出南沙跨境貿易通關新記錄
為進一步壓縮合格南沙跨境貿易合規時間，提升口岸通關效率，南沙區多措並舉，分五步走，跑出南沙跨境貿易通關新記錄。一是推進信息化平台建設。推廣應用國際貿易“單一窗口”，實現“單一窗口”貨物申報上線率、國際航行船舶和艙單申報上線率均達到100%，實現業務主體在線授權和認證、收付匯在線辦理等線上無紙化金融服務，構建口岸智慧金融服務生態圈。推動口岸查驗單位不斷優化信息化平台。南沙海關打造“線上海關”樣板間，實現通關全流程業務模塊集約化管理、線上線下全渠道融合、區域集中一體化作業。南沙邊檢站實現口岸出入境100%的無紙化申報率。南沙海事處實施並推廣“智慧海事2.0”建設、誠信船舶通關零待時、港口建設費遠程申報和電子支付等創新舉措，實現“執法不登輪、檢查不見面、船舶不拋錨、核查不停航、效果更精準”，大大提升了海事管理服務便民的監管水平。二是積極推進簡化單證工作。進一步簡化口岸驗核證件和隨附單證，全面推廣電子報關委託，進口申報環節企業無需提交合同、裝箱清單，出口申報環節企業無需向海關提交合同、發票、裝箱清單等商業單證。取消企業提交相關事項辦理證明81種，結合清理證明事項。三是公開口岸經營服務作業時限。協調廣州港集團制定並公開船舶裝卸作業標準等作業時限標準，進一步細化靠泊、裝卸、提箱等作業時限標準，提升裝卸作業效率。四是提高查驗作業效率。南沙海關加大非侵入式查驗比例，對適合非侵入式查驗的貨物，優先選擇機檢查驗，積極推行先期機檢作業，擴大集中審像及智能審圖作業覆蓋範圍，不斷提高機檢後直接放行比例。五是實現海運口岸智能通關。利用“AR+AI技術” 壓縮進出口貨物通關時間推進“一對多”協同查驗模式，依託廣州海關立體監管三聯屏，實現前後台緊密聯繫，強化現場初篩環節，減少不必要的送檢作業。推動建立企業、港口和海關等口岸監管部門信息共享、數據聯動機制，依託關港信息交互平台，實現口岸“通關+物流”的一體化服務聯動，快速銜接通關和物流操作，提高貨物進出口速度，南沙港二期碼頭的海關查驗量由原來每天（12個小時）的300個櫃提升到500個櫃。
“強服務”，塑好南沙跨境貿易營商環境新形象
為營造南沙跨境貿易營商環境良好氛圍，塑好南沙跨境貿易營商環境新形象，南沙區加強服務企業。一是實現節假日貨物常態化通關。積極協調海關，落實南沙口岸七天及節假日貨物常態化通關政策，提高了工作效率，壓縮了通關時間。二是及時制定疫情扶持措施。疫情期間，南沙區會同海關、邊防、海事、港務等口岸部門，出台了37條通關便利化舉措，支持航運物流企業共渡難關。三是加大對航運物流企業獎勵扶持力度。研究修訂了《廣州南沙新區（自貿片區）促進航運物流業發展扶持辦法實施細則》，2021年共發放獎勵資金4844萬元，扶持企業99家。
截至2021年10月，南沙港區累計開闢165條班輪航線（今年淨增外貿航線19條），其中133條外貿航線，32條內貿航線。1-10月南沙港區集裝箱吞吐量完成1455萬標準箱，同比增長3.32%，其中外貿集裝箱完成634萬標準箱，同比增長16.58%；內貿集裝箱完成812萬標準箱，同比下降5.22%。