然而就是這樣一份極其重要的法律文件，目前卻有90%的公司都是使用工商局提供的範本，並未根據企業自身量身制定。因此，90%的公司章程中存在着如下3大法律問題：
1、問題一
是公司章程大量簡單照抄照搬公司法的規定，沒有根據自身的特點和實際情況制定切實可行的章程條款，對許多重要事項未進行詳細的規定，造成公司章程可操作性不強，制定出來後往往被束之高閣。
2、問題二
是公司章程有些條款的內容明顯不符合《公司法》精神，甚至有剝奪或者變相剝奪股東固有權的情形，對董事、監事和高級管理人員的誠信義務強調不夠，對公司管理層權限邊界界定不夠清晰，不能有效地保護中小股東的權益，往往給公司的正常運作帶來許多不利的影響。
是絕大多數公司章程幾乎是一樣的，差異只是表現為股東的姓名、住所、資本規模等方面，除此之外，公司章程的其他文字以及通過這些文字所要建立的自治機制幾乎沒有任何差異，千篇一律。這一問題的出現，在很大程度上也是由於各個公司的章程都在簡單照抄照搬公司法的規定所導致的。
公司章程的上述問題，使得本來非常重要的自治機制，在面對公司與股東的爭議、股東之間的爭議、公司與高級管理人員的爭議時形同廢紙。公司章程幾乎發揮不了任何作用，反過來又強化了人們的對章程的不正確的認識。
下面，通過公司法賦予公司章程可自由約定的事項談談解決方案，下述這8點均可在公司章程中自由約定：
1、股東持股比例可與出資比例不一致
對於該問題，公司法並未明確規定可由公司章程另行約定，但司法實踐已經認可上述約定屬於公司股東意思自治的範疇。
案例鏈接：深圳市啓迪信息技術有限公司與鄭州國華投資有限公司、開封市豫信企業管理諮詢有限公司、珠海科美教育投資有限公司股權確認糾紛案
2、分紅比例、認繳公司新增資本比例可與出資比例不一致 法條鏈接：《公司法》第34條：股東按照實繳的出資比例分取紅利;公司新增資本時，股東有權優先按照實繳的出資比例認繳出資。但是，全體股東約定不按照出資比例分取紅利或者不按照出資比例優先認繳出資的除外。
3、表決權可與出資比例不一致
法條鏈接：《公司法》第42條：股東會會議由股東按照出資比例行使表決權;但是，公司章程另有規定的除外。
4、可通過公司章程限制股權轉讓時的剩餘股東同意權、優先購買權
法條鏈接：《公司法》第71條：有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。
股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答覆的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權;不購買的，視為同意轉讓。
經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例;協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。
公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。
5、公司章程可排除股東資格的繼承 法條鏈接：《公司法》第75條：自然人股東死亡後，其合法繼承人可以繼承股東資格;但是，公司章程另有規定的除外。
6、全體股東一致同意的，可以書面形式行使股東會職權 法條鏈接：《公司法》第37條：股東會行使下列職權： (一)決定公司的經營方針和投資計劃;…… (十一)公司章程規定的其他職權。
對前款所列事項股東以書面形式一致表示同意的，可以不召開股東會會議，直接作出決定，並由全體股東在決定文件上簽名、蓋章。
7、召開股東會會議的通知期限可另行約定 法條鏈接：《公司法》第41條第1款：召開股東會會議，應當於會議召開十五日前通知全體股東;但是，公司章程另有規定或者全體股東另有約定的除外。
8、公司章程對公司董、監、高轉讓本公司股份的限制可高於公司法 法條鏈接：《公司法》第141條第2款：公司董事、監事、高級管理人員應當向公司申報所持有的本公司的股份及其變動情況，在任職期間每年轉讓的股份不得超過其所持有本公司股份總數的百分之二十五;所持本公司股份自公司股票上市交易之日起一年內不得轉讓。上述人員離職後半年內，不得轉讓其所持有的本公司股份。公司章程可以對公司董事、監事、高級管理人員轉讓其所持有的本公司股份作出其他限制性規定。
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