嫁與額駙吳應熊後，皇十四女和碩公主與額駙吳應熊定居在京城。順治十年(1653)，額駙吳應熊被授予三等子爵。順治十四年(1657)二月，皇十四女晉封和碩長公主。同年，吳應熊加少保兼太子太保(從一品)。順治十六年(1659)十二月，皇十四女被封為和碩建寧長公主，後改為和碩恪純長公主。康熙七年(1668)，吳應熊晉少傅兼太子太傅(正一品)。
本來建寧公主與額駙在京師不斷加官晉爵，和美度日，孰不知南疆突變起風波，康熙十二年(1673)，平西王吳三桂自稱天下都招討兵馬大元帥，蓄髮易衣冠，樹起白色旗幟，以復明為由，挑起反清之“三藩之亂”。建寧公主的生活由此轉折，落入了人生長恨水長東的窠臼。
何為“三藩”?“三藩”指的是順治朝清廷派駐鎮守雲南的平西王吳三桂、鎮守廣東的平南王尚可喜和鎮守福建的靖南王耿繼茂這3位藩王。清初開國共封了4位漢臣王爵，其中，孔有德、耿仲明、尚可喜為天聰年間即歸降太宗之明朝將官，崇德元年(1636)太宗稱帝時，封孔有德為恭順王、耿仲明為懷順王、尚可喜為智順王，史稱“三順王”。而吳三桂則原為明朝鎮守山海關之總兵，於順治元年(1644)乞師攝政王多爾袞共同迎戰李自成之農民起義軍，大敗李自成軍後，即日“承製進三桂爵平西王”，亦即是説清廷很快就封吳三桂為平西王，授其親王冊印，並賜白銀萬兩，良馬5匹及朝衣1襲。至此，清廷所封漢人藩王達到4位。其後的順治年間，朝廷命這4位藩王率所部綠旗兵平定四方，以輔八旗兵力之不足，並改封孔有德為定南王，耿仲明為靖南王，尚可喜為平南王。後因定南王孔有德在順治九年(1652)亡於桂林，其子亦被害，故王爵除。餘下三王，在平定各地之後即留鎮一方，吳三桂稱王雲南，尚可喜鎮守廣東，而耿氏一族，耿仲明卒後由其子耿繼茂襲王爵派駐福建，繼為其長子耿精忠嗣王爵，遂成三藩。“三藩之亂”的罪魁禍首即是額駙吳應熊之父平西王吳三桂。三藩之中，以吳三桂勢力最大，兵力最多亦最強，史界方家蕭一山評論其“用人不受吏部、兵部之掣肘，用財不受户部之稽核”，僅雲南一處每年耗國庫之餉少則數百萬，最多時達 900餘萬，故有“天下賦税，半耗於三藩”之説。而耿、尚二藩雖不似吳三桂之囂張與跋扈，但亦壟斷當地之大權，各為一方之患。康熙十二年(1673)三月，平南王尚可喜年老多病且受制於酗酒嗜殺之長子尚之信，故上疏請求歸老遼東，留其子駐防廣東。本來康熙帝親政後，即一直將處置三藩看成是治國安邦的頭等大事，見此撤藩之有利時機，經議政王大臣及户、兵二部共同議定，降旨準尚可喜全藩撤離。此事對吳、耿二藩震動極大，兩人亦立即請求撤藩，本意卻是在試探朝廷之態度。康熙帝斟酌再三，最後降旨——三藩並撤。
康熙十二年(1673)十一月二十一日，吳三桂在表面答應撤藩並於當月二十四日啓程赴京的前3天，正式起兵反清。一時間，時任總督、巡撫、提督、總兵等地方大員的原明朝降清之武將紛紛加入，據統計竟多達20位，使吳三桂迅速集結起14萬兵力，攻佔了滇、黔、湘、蜀四省，加上廣西孫延齡(漢族公主孔四貞的丈夫)和福建靖南王耿精忠隨之反清，六省失陷，中原動搖。吳三桂更欲裂土為王，並請西藏之達賴喇嘛為之出面調停。但康熙帝胸有成竹，不聽達賴喇嘛之言，調兵遣將，精心佈局，力爭將戰事控制在滇、黔、湘等三省之內，併為集中打擊吳三桂，剿撫並用，下令停撤耿、尚二藩以孤立之。就在吳三桂自恃已佔有半壁江山，長子又尚皇十四女建寧公主而為皇帝懿親，認為朝廷必定會恩養其子吳應熊用以招撫之時，康熙十三年(1674)四月十三日，聖祖採納諸王大臣之議，將額駙吳應熊及其子吳世霖於京師處以絞刑。清廷此舉予吳三桂以致命打擊，聽到其子應熊及孫世霖被處決的死訊，吳三桂亦“驚悖氣奪，遂底於亡”，即不久亦一命嗚呼了。
從客觀上講，康熙帝此時確實不僅在政治上，而且在心理上戰勝了挑起三藩之亂的吳三桂，但對於皇十四女建寧公主而言，這一切卻猶如噩夢，33歲時突然就家破人亡了。從前，下嫁漢族權臣之子是清廷為了實現籠絡漢臣之意，而今父債子還甚至是由孫子來還，又是清廷為鞏固政權的明智之舉。當其時也，康熙帝下諭旨，認為“亂臣賊子，孽由自作，刑章俱在，眾論僉同，朕亦不得而曲貸之也”。將額駙吳應熊正法，為的是“以寒老賊之膽，以絕羣奸之望，以激勵三軍之心”。如果説，作為侄兒的聖祖玄燁沒有考慮過姑母建寧公主，也許是有些冤枉，因為在額駙吳應熊死後，康熙帝經常下詔慰藉公主，稱建寧公主一生“ 為叛寇所累”。但事情的結果已成定局，面對喪夫失子之痛，皇十四女建寧公主該如何獨處於世呢?世間但見豪氣干雲，誰憐兒女情長?身在其中的建寧公主恐怕只能自啖苦果，日日煎熬。此後相思之夢，盡在絞刑架下。
康熙二十年(1681)，歷時8年之久的三藩之亂終於塵埃落定。三藩之中，吳三桂於康熙十七年(1678)八月卒，其孫吳世璠繼立。康熙二十年(1681)十月二十八日，吳世璠自殺，雲南自此平定。
靖南王耿精忠參與反叛，康熙十四年(1675)，其弟和碩額駙耿聚忠即尚順治帝撫女和碩柔嘉公主者，奉命前往福建招降其長兄耿精忠時，耿精忠拒不納。後在清軍的強大攻勢下，耿精忠出福州城歸降。三藩之亂平定後，靖南王耿精忠的兩個弟弟耿昭忠和耿聚忠共同彈劾其兄，稱其不知悔改，一意孤行，不僅殺害了反對謀反的總督範承謨(清著名文臣范文程之次子)一家數十人，陳屍於道令人側目，還因生母周氏哭阻耿精忠糾眾反戈，以致最後其母被逼殞命。最為可惡的是，耿精忠還聲稱其祖父耿仲明當年與吳三桂于山海關曾有成約要反清復明，以貽禍祖父與手足。最後，耿精忠被清廷黜爵磔死(即五馬分屍)，籍沒家產。其兩位弟弟免議連坐，將其家屬編為5佐領，歸隸正黃旗漢軍，福建之藩遂不復存在。
平南王尚可喜值逆藩吳三桂、耿精忠反清之時，心無二志，但慮其長子尚之信不可恃，故遣其次子尚之孝進軍討逆廣東。但其長子尚之信與吳三桂同謀，受吳三桂招討大將軍之偽號，改幟易服，並派重兵把守其父所居之府幽禁之。尚可喜憂憤之下，於康熙十五年(1676)辭世。廣東地方官員紛紛抵制反清，加之此時耿精忠已降，故尚之信又復降清。但此後，尚之信心懷二意，不肯出力協助剿滅吳三桂，被清廷賜死。對於尚藩建制，康熙帝準和碩額駙尚之隆即尚順治帝撫女和碩和順公主者，攜其弟尚之孝前往廣東移尚可喜之骸骨與家口遷往海州(今遼寧海城)，將尚之孝、尚之隆等家下人口編為5佐領，隸漢軍鑲黃旗下，完成了對尚氏的撤藩安置。
因此，歷史上真實的建寧公主，並沒有和吳應熊虛與委蛇而嫁給“韋小寶”去快活逍遙，而是月寒日暖煎人壽，莫問當年事，因為往事不堪回首。康熙四十三年(1704)十二月，皇十四女建寧公主在熬過了30年的悽清蕭索歲月後與世長辭，時年63歲。
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