光緒二十六年(1900)七月，八國聯軍進攻北京，慈禧倉皇出逃前夕，珍妃死於寧壽宮外的玻璃井中，但珍妃是否墜井而死，一直眾説紛紜。
珍妃，姓他拉氏，滿洲鑲紅旗人，才色並茂，頗通文史，光緒十四年(1888)進宮，後晉封為珍妃。光緒帝與珍妃感情甚好，但慈禧與珍妃一直有嫌隙，後因珍妃支持光緒戊戌變法，受到慈禧太后怨恨，最後在光緒二十六年(1900)七月，八國聯軍進攻北京、慈禧倉皇出逃前夕，將珍妃溺死於寧壽宮外的井中，但珍妃是否墜井而死，一直眾説紛紜。
第一種説法，珍妃生了天花，慈禧不得已派人把珍妃推下井。這一説法主要來自太監小德張過繼孫張仲忱在《我的祖父小德張》一文中的敍述。他轉述了小德張的回憶。據他回憶，小德張談起珍妃時説，當年八國聯軍進城後，慈禧也來到了御花園旁，在養心齋前換上了便裝。各宮妃嬪陸續到來，光緒皇帝也由瀛台過來，換上了青衣小帽。這時，慈禧把珍妃叫來，讓她換好衣服一起走。此時的珍妃已被囚禁了整整三年。不大一會，珍妃披散着頭髮，穿着旗袍來了。老祖宗大怒説：“到這時候了，你還裝模作樣，洋人進來，你活得了嗎?趕緊換衣服走!”珍妃説：“皇阿瑪，奴才面出天花，身染重病，兩腿痠軟，實在走不了，讓我出宮回孃家避難去吧!”慈禧不同意，仍然叫她走，珍妃跪在地上就是不走。這就為慈禧把珍妃扔到井裏提供了藉口，因為珍妃生了天花沒體力逃難，投井是不得已而為之……
第二種説法，慈禧遣人殺害説。庚子之亂，八國聯軍即將打進北京城，此時珍妃已在西二長街百子門內牢院中囚禁六年，就在慈禧倉皇“西狩”前夕，託宮女帶信給姐姐瑾妃，讓她無論如何想辦法留住皇帝在京主持大局。言外之意是可藉機擺脱太后控制，收回權柄。誰知所託非人，信件落入二總管崔玉貴之手，轉呈給了慈禧。於是慈禧盛怒之下，令其自盡，珍妃不從，才由崔玉貴將她沉入井中。另據《清朝野史大觀》記載，八國聯軍兵臨城下，慈禧等人收拾行裝準備逃出紫禁城，珍妃進言説皇上是一國之君，應該留京，太后一怒之下命李蓮英將其推入寧壽宮外大井中。 但這裏有一個問題，即珍妃究竟因何被囚禁，是因為她“贊襄新政”嗎?通過正史野乘，可以得出結論，她之被囚，絕非因為“贊襄新政”。從時間上來説，她之被囚在光緒二十年，而戊戌變法遲至四年之後的光緒二十四年才發生，她雖生長在得風氣之先的廣州，並受教於文廷式，但思想也不會先進到康梁的程度吧?如果她在光緒二十年即因“贊襄新政”被囚，豈不成了康梁之前驅，吾國思想與革命之啓蒙者?珍妃利用光緒賣官鬻爵是事實，但她對慈禧的攬權干政，使光緒不得一展抱負的不滿，也是顯然的。慈禧之殺珍妃，不是因她“習尚奢華”，“屢有乞請”，也不是因她“贊襄新政”，而是因為她策劃使光緒留京。光緒若能留京主持大局，則慈禧“西狩”便成流放，永無回京之望!
第三種説法，珍妃自己投井自殺。這一説法主要來自當事人的口碑資料。據《我所知道的慈禧太后》一書記載，隆裕曾經告訴作者的爺爺，説：“很多人都説是我嫉妒告她黑狀，所以老太后派人把她推到井裏去了。其實事情是這樣的：當時被八國聯軍打敗後，洋人軍隊打到了北京。在完全沒有取勝希望的情況下，老太后西行。當時的情況非常緊急，因為誰也不清楚這幫洋人最後會幹什麼，會不會像燒圓明園那樣，把紫禁城也燒了?當然西行帶不了那麼多人，因為人多了就會成為負擔。但是因為當時光緒是皇帝，而我是皇后，同時又是老太后的親侄女，要帶也只能帶我和皇上走。而其他的一些親屬就地回孃家躲避，妃子們也不例外。可是當時的珍妃非常氣盛，不服從老太后的指揮，並當場頂撞了老太后。在那個緊急時刻，珍妃一直對老太后説：‘我是光緒的妻子，我要跟着去。您有偏見，皇后是您的侄女，所以您帶她走。所以我也請求你帶我走。’這就讓老太后非常難堪。從另外一層上講，本來老太后就對珍妃平日的作為有點不高興，再加上這些緊急時刻的頂撞，老太后氣得臉色發白，直打哆嗦。在皇宮裏，大清朝幾百年來從來沒有人敢於這麼頂撞太后，即便是皇上都從來沒有過，何況一個珍妃。老太后也是一個非常要臉面的人，所以氣得當時抬腳就走，珍妃一直跟着老太后説自己的理由，於是就來到了距離珍妃住所不遠處。珍妃這時候還不死心，對太后説：‘我是光緒的妻子，就要跟皇上在一起，不在一起，寧願死。活着是皇家人，死了是皇家鬼。’老太后一聽，就更加生氣，本來火燒眉毛的事情，哪還有時間吵架啊，於是就對珍妃説：‘你願意死就死去吧。’當時離説話的地方不遠處就有一眼井，於是珍妃緊走兩步，説：‘那既然這樣，我就死給你看。’於是直接就奔井口去了。老太后一看情況不對，這孩子跟我頂撞兩句，怎麼還真的去死啊。於是對崔玉貴説：‘趕緊去拉住她。’但是這個時候已經晚了，當崔玉貴跑過去的時候，珍妃已經跳下去了。老太后一看沒辦法了，內憂外患啊，於是沒來得及管她，就走了。”
據此，此書指出，珍妃不是慈禧殺的，那些傳言都是錯誤的。其實事情遠遠不像人們想像的那樣，因為慈禧和珍妃都死了，所以人們就隨意把一些屎盆子尿盆子都扣到了慈禧的腦袋上。與其他觀點不同的是，此書的作者甚至指出，因為珍妃非常有才幹，又非常聰明漂亮，所以慈禧非常喜歡珍妃。在慈禧看來，珍妃就是一個年輕的慈禧，這些都讓慈禧對珍妃有着一種別樣的感情。
珍妃之死無疑是清代後宮又一未解之謎，珍妃之死，正史的記錄都語焉不詳。野史和口述史料的記錄詳細，但可信度不及正史，且版本很多。自殺還是他殺至今仍不得解。