1942年2月23日，當時篤信佛教的日軍隊長高森隆介在南京中華門外雨花台旁建神社時，無意中挖掘到地宮，並從中找到一隻錦盒，裏面密藏着唐僧頂骨。
對於中國人來講，塔的身影是經常能見到的。塔在印度原本是一種墳冢。佛教創始人釋迦牟尼去世後，弟子將他的遺體火化，留下一些粒狀的小骨頭，稱為“舍利子”。佛教徒把這些遺物珍藏起來，在上面壘石建塔，圍繞它頂禮膜拜。我國也有不少塔用來安葬高僧火化後的遺骨。唐長安城的興教寺塔就是唐僧遺骨的埋葬地。
唐僧頂骨流落到南京的一種説法
唐僧俗名陳，法號玄奘。生於600年，13歲在洛陽淨土寺出家，後到長安。公元627年，他隻身離開長安，開始了西域之行。往返17年，行程5萬里，從印度取回了經卷。回到長安後，又用20年的時間從事翻譯工作。唐高宗麟德六年(664年)，唐僧圓寂。唐高宗驚悉，憂傷難抑，三天不上朝，認為大唐痛失國寶，他的遺骨本來安葬在長安東郊，由於唐高宗每日早朝都能看見唐僧墓地，悲傷難愈。三年後，大臣擔心皇帝悲傷過度。於是在總章二年(公元669年)遷玄奘遺骨葬在少陵原，後在此處建大遍覺寺(唐中宗追授玄奘諡號“大遍覺”)，有《大唐三藏大遍覺法師塔銘並序》為證。唐肅宗親筆在塔額上題寫“興教”兩個字，所以寺也稱為興教寺。這裏環境清幽，風光雅緻。奔波一生的唐僧，看來從此可以真正安息了。但事實並非如此，在以後的1000多年中，這位高僧的遺骨還有歷數不盡的劫難。
唐朝末年，大軍閥朱温為了把政治中心轉移到自己盤踞的洛陽，下令挨家挨户把長安所有建築物都拆掉，歷史名城長安被徹底毀滅。在這次劫難中，興教寺的唐僧塔也不能倖免。由於有的僧人搶出了唐僧的部分遺骨，分散保藏，才使這位高僧的遺物沒有在世界上徹底消失。
100多年後，又有人想起唐僧。宋朝仁宗年間，南京天禧寺有位叫可政的和尚到了陝西終南山紫閣寺，得到了唐僧的頭頂骨，迎回南京。並在天禧寺東崗，建了一座石塔，把唐僧的頭頂骨安葬在塔下。消息傳開，前來朝拜的信徒絡繹不絕。到了明朝，興建大報恩寺，又在後山土堆上修了座三藏墓塔。可是到清朝末年，寺和塔一起被毀。那時，滿清政府風雨飄搖，內憂外患弄得民不聊生，佛門清淨之地也常遭兵火，人們好像不再熱心過問唐僧的遺骨了。供奉玄奘頂骨的大報恩寺在清末毀於戰火後，玄奘頂骨便一直不知所蹤。
日軍挖掘出玄奘遺骨的一種版本
1937年12月，南京被日寇佔領。1942年2月23日，當時篤信佛教的日軍隊長高森隆介在南京中華門外雨花台旁建神社時，無意中挖掘到地宮，並從中找到一隻錦盒，裏面密藏着唐僧頂骨。消息在《申報》上公佈：“日本高森部隊於南京中華門外建築稻垣神社時，發現報恩寺舊址內埋有玄奘法師遺骨及佛像銅匣等，並有宋天聖五年和明洪武十九年兩部葬志。”在挖掘地發現的石函內，有眾多佛像、佛器及珠寶，石函兩側刻有記載唐僧頂骨遷移的淵源文字，與文獻所記載一模一樣。石函一側有銘文：“大唐三藏大遍覺法師玄奘頂骨，早因唐末戰亂廢塔，今長幹演化大師可政於長安傳得，於此葬之。天聖丁卯二月五日同緣弟子唐文遇、弟文德、文慶、弟子丁洪審、弟子劉文進、弟子張靄。”另一側的銘文為：“玄奘法師頂骨塔，初在天禧寺之東崗，大明洪武十九年受菩薩戒弟子廣福……普覺遷於寺之南崗三塔之上……”這些在《建康志》、《新金陵志》上都有記載。人們這才確信，錦盒裏保存的真的是唐僧頂骨。石函出土後，陪葬品被哄搶一空，日寇將唐僧頂骨打碎成多份掠至日本。南京市民讀了《申報》，一時羣情激憤，議論紛紛，要求汪精衞偽政府出面干預此事。唐僧頂骨重現於世，卻又落入日本人手裏，國內要求歸還的呼聲日益高漲。上世紀40年代初，經汪偽政府交涉，日方私自留下其中1份，剩下的歸還中國。
此時，日軍在太平洋戰爭中屢屢失利，已開始走下坡路。汪精衞正為自己的前途而惴惴不安，想利用此事來籠絡佛教徒，就派白隆平和日軍交涉。談來説去，日本人勉強答應把頭骨分為兩半，一半掌握在日本人手裏，另一半交給汪偽政府。汪精衞得到頭骨後，就裝腔作勢地派漢奸諸民誼在南京九華山(不是“四大佛山”之一的安徽九華山)上建了一座三藏塔，把半塊頭頂骨安葬在塔下。至於另外半塊頭骨的下落，則有幾種不同的説法。一種説法是：日軍原打算將另外半塊頭頂骨送走，但不久戰敗投降，慌亂撤退時把它給忘了。抗戰勝利後，由國民黨中央博物院籌備處接收。解放後，先放在南京佛教協會，後來收藏在靈谷寺玄奘法師紀念堂裏。另一種説法是：半塊頭頂骨已經被運到日本，1956年送到了台灣，如今在台灣日月潭玄奘寺三藏塔中供奉着。而還有一種説法是，唐僧頂骨在我國還有多份，西安、廣州、天津、北京、南京、成都等地近年都有消息傳出。
最新記載：日軍隨軍記者親見被劫到日本的唐僧舍利
而據文獻記載，1955年，以郭沫若為團長的文化訪問團出訪印度，將天津的那份頂骨送給了印度，至今供奉在印度那爛陀寺;日本私自留下的1份頂骨，後來分成3份。在1953年秋天，由章嘉大師、印順老法師及李天春居士向日本爭取，其中1份才歸至台灣日月潭修建的玄奘寺供奉。日本留下的兩份分別供奉在奈良市的藥師寺和琦玉縣的慈恩寺。
在剛剛由中共黨史出版社出版的《日軍侵華罪行紀實1931———1945》中有一段記載：“日軍在南京郊外建飛機場時，剷掉了一座熒光閃閃的古墳，發現其中竟有唐玄奘的舍利。侵略者藉口‘弘揚東亞佛教’，竟將部分唐僧舍利盜往日本，藏在琦玉縣那座與中國西安同名的慈恩寺中。在藏入該寺前，日本浪人水野梅曉又將其中一部分偷偷裝入瓶中，帶回家中，日本隨軍記者小俁行男，戰後還在平沼府上的一間屋中看到大批舍利，同時還看到大批中國珍貴書籍，‘10張榻榻米大小的室內滿滿一層的貴重書籍。據説，這一件件都是宋唐的書’”小俁行男1912年出生於日本山梨縣大月市，1936年入《讀賣新聞》，1938———1942年以該社隨軍記者身份親歷戰爭。1982年出版《侵略———中國戰線隨軍記者的證言》。《證言》一書主要揭露日軍南京大屠殺等令人毛骨悚然和滿腔憤怒的血腥暴行：“我所親睹的戰場情景卻是燒房、毀城、殺人、被殺、搶糧等一幅幅地獄圖。侵略戰爭以悽慘的悲劇告終。”
小俁似乎提前在對日本政界、史學界右翼否認南京大屠殺的謬論進行批判：而這一段記載，可堪稱日軍盜竊唐僧頭頂骨的證言。
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