嬰幼兒需要補充益生菌的理由大致分為兩個方面：一是改善免疫力，預防多種疾病；二是促進消化，讓寶寶健康快樂地長大。
改善免疫力，預防多種疾病
益生菌可為寶寶腸道迅速建立和保持正常菌羣。益生菌兩大家族包括乳桿菌屬和雙歧桿菌屬。其中乳桿菌對嬰兒的作用與成人基本相似。而雙歧桿菌對嬰幼兒有着重要的意義。嬰兒雙歧桿菌是嬰兒身體胃腸道內天然“居住者”。益生菌產生的醋酸和乳酸增加了腸道的酸度，進一步阻止了不良菌的生長。這些友善細菌還有助於氮素的保留，保證寶寶正常的體重。
促進消化吸收，愉快健康成長
發育迅猛與消化吸收功能的侷限形成了很大的反差，而益生菌促進消化吸收的功能可以很好緩和這一矛盾。有效避免了消化功能的紊亂和營養不良。使寶寶健康成長。例如，在中國缺鈣問題較突出，這種鈣的缺乏關鍵是吸收功能弱。益生菌給寶寶帶來益處的同時它們也可以促進鈣的吸收。益生菌產生的酸性物質能增加腸道的酸度，益生菌的運動可以增加腸的蠕動，有利於鈣的吸收。益生菌還能分解乳糖和提高蛋白的消化率。當體重過輕的嬰兒膳食補充嬰兒雙歧桿菌後，能夠增加氮的駐留，進而幫助孩子達到正常體重。雙歧桿菌也會產生B族維生素。這些對新生兒來説非常重要。
由於一些很小的疾病，寶寶常常又哭又鬧，表現出對打針喝藥的排斥，父母感到很頭疼。很多益生菌可以加快某些疾病的恢復，甚至一些益生菌可以直接用於治療如腹瀉等類的疾病。當人體生病時，食慾不振，消化吸收功能減弱主要是腸道菌羣偏離了正常平衡。同時缺乏運動來強化自己的身體。益生菌在於強化消化功能，提升食慾，使寶寶儘快從疾病的痛苦中恢復，健康快樂的成長。