諸多前瞻性隊列研究已經證實，常飲用咖啡可降低2型糖尿病、心血管病、慢性肝病、某些癌症的發病以及降低全因死亡率等健康益處。
有分析提示，適量喝咖啡可預防中風，每天喝4~5杯咖啡時中風風險最低。
近期，德國學者發表文章稱，喝咖啡的益處可能就像吃蔬菜和水果一樣，咖啡中的酚類植物化學物質有利於健康，與咖啡因無關。
最近的研究已經明確，咖啡、蔬菜和水果有利於健康共同機制，即激活一種適應性細胞反應，其特徵是參與細胞保護的蛋白質上調，特別是抗氧化、解毒和修復酶。
這種反應的關鍵是酚類植物化學物質激活抗氧化系統，從而誘導細胞防禦基因的表達。
咖啡在這方面發揮着主導作用，因為它是發達國家酚酸和多酚的主要飲食來源。
總之，作者認為咖啡具有與其他蔬菜和水果相似的促進健康的途徑。咖啡豆可被視為健康的蔬菜食品和膳食酚類植物化學物質的主要來源。