由於故宮的大部分地磚，都是清朝時期遺留下來的文物，只有少部分地磚，是後來人工仿製的，因此，對於這種很小的工程，如果涉及到損壞故宮文物，都要上報。最終，在幾天之後，慈寧宮片區管理處接到了故宮博物院上級的通知，批准可以對這一片地區進行一次清理。只是既然要清理，那麼清理的力度就要大，由於這片區域已經連續十三年沒有徹底清理和整修過了。接着，一個月以後，對這片地區的清理工作，就開始了。最初的清理，是將慈寧宮西側宮牆的地磚，全部掀起來，接着將地磚下面殘留的一些垃圾碎片，全部打掃乾淨，再接着，就將這片地區暫時封閉起來，然後對這些被掀起來的地磚，進行逐個修復，力求在保存歷史感的前提下，對一些破碎的地磚進行加固，然後再通過文物修復技術人員，對地磚進行仿古上色。這些工作進行得很快，不到一個星期的時間，就全部完成了。接着要做的，就是將這些地磚全部鋪回去即可。然而，轉折點就發生在這時候。當時的一位考古技術人員，在給地面鋪地磚的時候，非常敏感地捕捉到了一個有些奇怪的現象。他後來回憶説：“我們鋪這個地磚，都是從中間開始鋪，然後一點一點地延續到四周，這樣，才能保證最後不會有地磚多餘出來，那樣的話，這些文物就又要被破壞一次。但是我在從中間鋪地磚鋪到右側的時候，總覺得地面的傾角（類似於坡度）有些偏大，這個問題，我之前完全沒有發現。不過我一開始也沒有覺得這是什麼大問題，當時就想着，很可能是土層厚度不一樣，我甚至還用鏟子，親自平整了一些這邊的土層，但是就在我平整的時候，越來越覺得不對勁，如果僅僅是土層厚度不一樣，那麼應該不太可能出現這麼大的傾角差，後來，我把這件事和同事們説了，他們也來看了看，也紛紛表示這裏可能有問題。”
“最終，我們還是請來了故宮博物院的院長，院長的工作很忙，然而對於這類事情，他從來都不會掉以輕心。我們剛剛告訴他，他下午就過來了，説要親自看看。不得不説，薑還是老的辣，他只看了不到一分鐘，然後用手摸了摸地上的土，又趴在地上看了一下傾角，就斬釘截鐵地給我們説：‘挖吧，這下面還有東西。’其實當時老先生説出這句話，我已經不是太驚訝了，因為我一直都覺得這個地方不太對勁。既然老先生下令了，那我們就開挖。對於故宮這種遍地是寶的地方，挖掘不到萬不得已，是絕對不能動用重型挖掘工具的，我們用鐵鍬挖，用鏟子鏟，結果，出人意料的事情，發生了。”當時的挖掘工作，進行得很快，在挖掘的第二天上午，被挖掘地區的土壤顏色，就發生了轉變。最上層的土壤，是當年改造故宮的時候，從外邊運來的土壤，是土黃色的，最新鮮的土壤，“我們向下挖了大約十幾公分，發現土壤的顏色變深了，也更加緻密了，我們當即就停止了挖掘，接着用考古學中的探槽技術，一點一點地向下，小心翼翼地取土，如果不這樣，萬一下面有什麼文物，很可能就會造成永久性破壞。最終，我們在中間的一個地方，找到了一個理想的取土層的位置，然後用探槽不斷向下，最終，這段探槽的長度，竟然達到了將近十米，這下，我們終於明白了，原來在故宮下面，竟然還有建築！”
對故宮之下建築的全力發掘，在這一年的年底正式開始。這些考古工作人員發現的，是故宮下面的另一座巨大的皇宮：元大都皇宮遺址。實際上，關於元大都皇宮遺址，在500年前的史料文獻中，已經有過明確記載，只是由於從來沒有找到考古學方面的任何證據，因此，就如夏王朝一樣，這樣的記載雖然非常詳細，但始終無法被證明。這次發現，讓500年前古書中的記載，全部應驗了。《元史》中記載説：“元上都，位於香山之東南，房山之北側，為元朝帝王之宮城。宮城形制為四方，西北東北各多一角，以其便於城防與水流之通也。”實際上，元朝甚至清朝時期的許多正史中，都有關於元大都的記載，而且，元朝建都北京，是眾人皆知的歷史事實，既然建都北京，都城必然也在北京，只是這個都城的位置，一直沒有被確定下來。元朝掃平當時的北方之後，元世祖忽必烈下詔，要在“千里河山之上，平地而起都城一座。這座都城要有恢弘無比的氣勢，要非常龐大，能夠體現出蒙古人的豪邁氣概。同時，這座都城也應該融合漢族文化和中國傳統儒家文化。”元大都的建制，整體分為三個部分，宮城區，寺廟區，以及墓葬區。這三個部分，分別象徵着人間，神間以及陰間。宮城區，包括元朝皇帝和大臣們居住的區域。寺廟區，則建設有許多佛教寺廟，還有孔廟以及其它一些宗教的寺廟，當時的元朝地盤廣大，中東地區的伊斯蘭教寺廟，在這裏也出現了。墓葬區，則主要分佈在北側。在這三個區域之外，就是老百姓居住的地方了。
元大都的建設，前後總共歷經了約二十五年，動用了數不勝數的勞工。在元大都建設完畢之前，元世祖忽必烈就去世了。忽必烈一去世，黃金家族內部就出現了矛盾，這種矛盾，直接投射到了元大都的建設方面。原來，元大都的宮城之內，原來也是有一條中軸線的，然而忽必烈去世以後，元朝內部許多爭鬥的勢力，就想讓元大都之內，出現兩條甚至三條中軸線。因此，元大都的中軸線建設，在歷史上曾經改了又改，這也是為什麼元大都的佈局，並不是特別方正的緣由。故宮考古工作者發現元大都遺址後，非常激動，在挖掘的過程中，他們挖出了地面底下許多宮殿建築羣，這些建築羣，當時已經被泥土填埋了，然而建築羣裏的建築結構，甚至一些房屋內部的傢俱和藝術品，竟然完好地保存了下來。在元大都龍福宮裏，發現了許多非常珍貴的文物。例如元朝時期非常有特色的，集結了蒙古族、漢族和穆斯林風格的陶瓷玉器，這些文物的價值不可估量。發掘工作進行了兩年之久，後來，考古工作者終於明白了，故宮底下的這座皇城，以現在的技術，幾乎是不太可能完全發掘出來的，因為牽涉的面積太大，除非把整個故宮底下，全部掏空，可能才能完整發掘。不過，已經發掘的部分，也不會再次填埋，就在慈寧宮西側宮牆的外圍，建立了一個比較小的元大都皇城遺址，開闢了一個比較小的博物館。等到將來技術水平足夠了，再進行徹底發掘。