這個問題要分清楚説的古代大運河，還是現代大運河。古代大運河沒有調水作用，因為它主要承擔漕糧的運輸作用，因此只要把水系溝通即可，它的流向不必一致，下圖為長江到天津段，各河段的流向，大運河從瓜州北上是逆流而上，到淮陰之後，流向轉換，順流北上，從東阿過黃河，一直到臨清也是順流北上。
從此可見古代長江水沒有沿大運河北上過黃河，相反在黃河北歸從渤海入海之前，因黃河奪淮入海，黃河水在汛期反而順着淮河進入長江，常常成為長江的一條支流。
進入現代以來，國家建設南水北調東線工程，調長江水從江都北上，才有長江水過黃河的事情。其中調水路線就大部分利用了大運河原有的河道。長江至東平湖1045公里中，大部分利用原有大運河河道。目前，京杭大運河江蘇揚州至山東濟寧已形成10個梯級，長江水就是通過一級一級抽水到東平湖。
當然南水北調東線的水穿過黃河的方式,當時也是有爭議，一種是隧洞方式，從黃河底下穿過，是長江委提出的；另外一種渡槽方式，從黃河上面經過，是黃河委提出的。由於隧洞方式可避免與黃河河勢、黃河規劃的矛盾，盾構法隧洞技術也成熟可借鑑，最終得到了採納。
但南水北調東線的穿黃成功，也花了37年時間，因為這涉及到選址問題，穿黃的地方地質不能太差。另外，為了保險起見，在1986年起挖了一個直徑3米的試驗洞，為的是探清河底的岩溶發育及水文地質情況。最終穿黃隧洞在黃河河牀以下70米處，長585.38米，隧洞直徑達7.5米，來自長江的水得以源源不斷穿過黃河。
可見南水北調這項國家工程，真的是世紀工程，經得起各方面的考驗，今天“基建狂魔”也是前輩積累下來的！