《萬曆十五年》是一部“紅”了幾十年的書，但凡你想湊圖書商城的打折，必定能看到《萬曆十五年》出現在推薦榜單上。
1997年，三聯書店出版了黃仁宇的這本歷史研究專著，為讀者從一個全新的角度分析了大明王朝從興盛走向衰敗的原因。這本書不是完全的歷史資料的堆砌，因而並不顯得枯燥，哪怕是對於歷史並不太感興趣的讀者，同樣能在讀完全書後，對這種國家和個人的困境感同身受。
但這本書在正經學歷史的人眼中，似乎並不是那麼嚴謹、有分量，甚至有人戲稱黃仁宇是“研究歷史的人中散文寫的最好的，是寫散文的人中歷史最好的”，那《萬曆十五年》到底有何偏頗之處呢？
黃仁宇在《萬曆十五年》中提到的最為令人印象深刻的觀點，大約就是中國歷史上，是以道德代替法制，並“至明代而極”，他認為這是中國歷史上所有問題的癥結所在，這是他“大歷史”的觀點。
黃仁宇認為，我國在幾千年的發展歷程中，統治者們已經諳熟了用道德代替法律的技術，他們利用倫理道德使得下位者服從上位者、使得女人服從男人、使得沒有受過教育的人服從有學識的人。
作者甚至舉例説張居正滿口仁義道德，但其實是一個好美色、講排場還貪污受賄的人，這便説明了道德並不能代替法律。
但事實上真的是如此嗎？倒也未必，畢竟張居正也只是個例，而西方中世紀的黑暗眾所周知，難道這就意味着西方社會都是以宗教倫理代替道德的嗎？
實際上道德和法律並不是二選一的對立面，任何理想社會不僅應該重視法律，也應該重視道德，它們之間並不是相互替代的關係。即使是在黃仁宇眼中先進的西方社會，除了有着相對更加完善的法律制度之外，同樣也有利用宗教、教育等構建起來道德觀念，與我國的“禮法並重”似乎並沒有什麼區別。
儘管黃仁宇曾為自己辯護，説他從不認為道德可以全部不要，只是應該法律和技術優先，但有不少人覺得，黃仁宇反對的“道德優先”，正是我國古人的智慧結晶。
我國統治者一向推崇儒家思想，而儒家思想正是非常強調道德教化的作用的，這裏的道德教化不僅僅是針對普通百姓的，更是針對為官者乃至皇帝的。《漢書》中“以禮義治之者，積禮義；以刑罰治之者，積刑罰。刑罰積而民怨背，禮義積而民和親”正是這個道理。
《漢書》
我國自古重視道德教化，正是因為發現了制度背後還是人，社會根本在人心，才會希望通過道德教化出聖人君子，從而真正以公平、公正的方式來治理國家。
哪怕是到了現在，我們也應當認識到，法律是我們社會的底線，它追求程序和形式上的正義，而道德則對我們提出了更高的要求，它所追求的是真正的正義。完善社會法律底線、重視傳統道德教育，讓其能與選賢與能相結合，才是真正能推動社會發展進步的方法。
《萬曆十五年》對我國的另外一項批評，便是説我國統治者不採取“數目字管理”的模式，而是純粹依靠儒家思想管理，因而導致經政治管理乏力。
在黃仁宇看來，如果明代統治者能夠運用“數目字管理”的模式，那麼對於國家經濟的情況和運作方式的掌握便會更加明確；朝廷也會發現税收過低、對地方經濟控制力的薄弱，從而儘快解決這個問題。
但對於“數目字管理”這件事，黃仁宇似乎僅僅是做出了一個猜想，並沒有對它進行證明和更多的研究討論。採取“數目字管理”真的能提高經濟活力嗎？又或者説明朝真的沒有采取“數目字管理”嗎？
況且，還有人拿出更詳細的數據稱，黃仁宇關於“明朝税收低”的論點及其站不住腳。有網友舉例稱，明朝的定額是“已到税”，通過到達户部的“到倉率”來計算税糧，因而看起來明朝的百姓負税水平是10%，而實際上的真實負税水平保守估計會是2-3倍以上，也就是百姓承擔的税負實際上是20%-30%——這還只是保守估計。
這名網友估算道，如果萬曆年間農民每年要繳納的漕糧按400萬石計算，那實際上民眾需要承擔的——包括途中各類費用及損耗的——漕糧總計是1500-1800萬石左右，這就不是一個小數字了。
脱離實際情況、不做嚴謹論證就盲目談數目字管理，當然是不對的；説實行數目字管理，中國就有前途，當然就更是無稽之談。
畢竟即使有“數目字管理”的思維，那首先也得拿得到真實的數目字。畢竟在一些特殊時期，我們為了“放衞星”，也曾有過“畝產三十萬斤糧食”的數目字，但這些數字不僅毫無用處，甚至可能有害——因為數字可能是假的。
不管是萬曆皇帝，還是我們需要的都不是“數目字管理”，而是一整套獲得實踐認可的、行之有效的國家管理方式。
而讀者或者學者對於黃仁宇批評最多的，大約就是黃仁宇對於史料的斷章取義和對於歷史的揣度。對於一些學者來説，《萬曆十五年》中採用的敍述方法是某種文學方法，而非是史學方法。
在黃仁宇的書中，有大量的人物心理描寫，讓每一個人物都看起來十分生動。
但是這種對於歷史人物的心理描寫，大多是建立在對人物背景、時代背景、社會思想的分析上“假設”的，而並非有史料證實，甚至説這些“心理活動”是黃仁宇自己的想法也並不過分，那麼建立在這樣基礎上的、對於歷史人物乃至中國歷史的批判，自然也是有所偏頗的。
舉例來説，黃仁宇特地用了一整章去寫明代思想家李贄，稱李贄的思想前後矛盾，又稱李贄只是想把“讀書人的私人利益和公眾道德相融合”。
但當你仔細閲讀這一章時，可能會發現，黃仁宇所寫的、有確實依據的部分也不過是李贄的生平，這一章主要也是在寫李贄的生平，而非他的思想。黃仁宇稱李贄是”儒家的信徒“，並且在1587年以前，已經按照儒家的倫理完成了對家庭的義務，隨後李贄便出家了。
這大約就是黃仁宇認為李贄”自相矛盾“之處，但平心而論，人生在不同的階段本就有着不同的想法，人生充滿着掙扎和反思也十分常見，這似乎並不是指責李贄自相矛盾的理由。哪怕是從李贄的思想變化上來説，即使他受儒家啓蒙，後又批判過孔學，這也並不能得出他“思想自相矛盾”的結論。
最終，黃仁宇總結了李贄的種種思想，稱他只是一位鮮明的中國式學者，而沒有給晚明指出一條新出路。但其實讀完全書，這句話又何嘗不是在説黃仁宇自己呢？
黃仁宇在《萬曆十五年》中提出了晚明乃至整個中國封建王朝存在的問題，在簡單地提出了“實行數目字管理便能實現現代化”這個論點後，他的“解決方案”就戛然而止。
更何況，我們都知道，光是依靠數目字管理，我們是不可能實現現代化的，現代化不僅僅是工業發展和數據統計，還需要的是具有中國特色、適合於我們的市場經濟、民主政治。
因而，假如將《萬曆十五年》當作一本消遣讀物，當然也能在一定程度上發人深省，但要將他當作歷史著作，那確實是“錯漏百出”了。