在傳統的塔防遊戲中，防禦塔和怪物都只有屬性值和外觀，並不會有人物設定這種元素，畢竟它們只是一個道具，連"人"不能算。《明日方舟》這款新型的塔防遊戲，把所有的防禦塔擬人化，讓他們擁有了自己的名字、擁有故事，並且擁有性格，玩家們在《明日方舟》裏面不再只是記得一個個"防禦塔"的屬性數值，而是清楚的知道每一個角色的背後的故事，把塔防遊戲玩成了卡牌遊戲，或者説是讓兩種遊戲結合起來，組成了《明日方舟》。但凡卡牌遊戲中，都會有複雜的故事存在，讓玩家們在故事裏對每一位角色產生深刻的印象，也對故事的發展十分重視。
在玩家的分類裏面有一個類型，叫作"劇情黨"，這類玩家在遊戲中對遊戲的每一個劇情都非常熟悉，故事中的每一點細節都會注意到，尤其是在卡牌遊戲裏面，有些玩家可以利用故事的發展路線來推測新角色。一個優秀的遊戲，會在故事中埋下很多的伏筆，為了接應遊戲更新中推出的新角色，甚至會這條故事劇情線埋得很深，也就給了玩家們去細節中尋找線索的機會。《明日方舟》這款遊戲的故事劇情就很值得推敲，無論是世界觀的構建，還是角色之間的故事，都給人眼前一亮的感覺。
《明日方舟》遊戲裏的故事都是原創的故事情節，沒有任何IP的移植，首先單憑"原創"這個元素就已經贏過很多遊戲了。原創的故事有很多優勢，玩家不知道故事的結局，或許連文案策劃都不知道故事的結局，遊戲只要一直還在更新，就無法知道最後的結局。由於故事的設定中有戰爭元素，每一個角色在故事中的生死是未知的，劇情黨玩家們就像是在看一本連載小説，每一段故事都很值得期待。這就是原創的魅力，也是原創故事的優點。
熱愛遊戲的玩家們看過了太多的IP移植遊戲，動漫移植、小説移植、影視劇移植等等，故事劇情脈絡一清二楚的遊戲，很難讓玩家去遊戲中挖掘什麼，也沒有什麼可挖掘，有意義的東西早就在原作品裏面表現過，這種"拿來主義"讓遊戲喪失可期待的故事性。《明日方舟》並非是遊戲大廠出品的遊戲，卻得到了如此高的關注度，原創的故事的吸引力佔據了很大一部分，沒有人會不喜歡深刻的故事。
故事背景的看上去是高科技的未來時代，但是這並非是我們目前時間線上的未來，故事所發生的世界是創作者們憑空構建的一個世界，不是平行世界，而是一個想象中的虛擬世界。這個世界叫普拉世界，是一個科技水平發達，但是精神層面比較匱乏的世界，可以看作是反烏托邦的世界，這裏的人們都會使用法術，但是需要依靠武器道具來進行施法，而製造武器道具的最重要的原材料"源石"，卻逐漸出現了問題。
"源石"是這個世界上最重要的能源，可以説是支撐這個世界運轉的唯一能源，而這個本來被賴以生存的能源卻在逐漸腐蝕着人民，密切接觸源石的人開始患上了礦石病。染上了礦石病的人會增強自身的法術，但同時在釋放法術的時候也會加速礦石病的擴散，也會讓自身的健康狀況越來越差，進而走向死亡。人們無法離開源石，也無法治癒礦石病，無法阻止礦石病的傳播，沒有源石人們無法生活，利用源石人們無法存活，這成了一個無法解決的問題。
為了找到礦石病的產生的原因，人們從源石的來源開始研究，源石是隨着天災一起來到這個世界的，每當有特大的自然災害產生後，就會在天災肆虐的地區出現源石。而隨着人們越來越深的研究，發現源石的存在反而會讓天災更加頻繁，天災帶來源石，源石引來天災，人們利用源石獲得法術，源石使人們感染礦石病，這是一個閉塞的惡性循環，打破循環就會讓世界停止運行，唯一的打破方式就是找出治療礦石病的方式。
得了礦石病的人變成一種危險，他們獲得了比常人高超的法術，被力量迷惑了心智，試圖利用這種來歷不明的力量佔領這個本就滿目瘡痍的世界，甚至想要和源氏合二為一，再次增加自己的力量。源石讓天災變得頻繁，理智的人類為了保存辛苦建立起來的文明，不惜讓整個城市進行遷移，而感染者還在收集大量源石，不斷的擴大感染範圍。人類終究和人類站在了對立面，只是因為一種沒有生命力的礦物質，也是因為被感染者對力量的盲目追求。
在這個混亂的世界裏，依然還存在着一個善良的組織"羅德島製藥公司"，整個公司的研究人員都在為治療礦石病做研究，希望可以找到治療方法。並且他們無差別收治任何病患，給不願意融合源石的感染者一個棲身之所，在羅德島這裏人人平等，所有的感染者和研究人員都是一樣的，這也是這個亂世之中唯一一片淨土了。有人在行兇作惡，就有人在救死扶傷，人類和人類站在了對立面，自相殘殺的這種局面讓人心痛。
遊戲中設計玩家們擁有的角色為幹員，是站在正常人類的一邊，而遊戲中的怪物就是別有用心的感染者。遊戲本身還是一個塔防遊戲，所以幹員們的目的就是消滅每一個關卡里所有的感染者，治療是給清醒的感染者們的待遇，而這些沉迷於力量的感染者只會落得如此下場。貪圖力量、權利、金錢都是一樣的，沒有什麼區別，都是一樣的貪念。
有一部分人認為，人們在玩遊戲的時候，最看重的是遊戲的玩法，只要遊戲好玩，就會有很多忠實的玩家。但是一個遊戲的背景故事代表了一個遊戲的內涵，也是遊戲的根基，可以從故事裏看出一個遊戲的深度，沒有厚重故事支撐的遊戲，只不過是一個快餐品，讓人無法產生高端的印象。故事劇情的精彩程度決定了一個遊戲的格調，《明日方舟》原創的故事讓玩家們感受到了遊戲的誠意，玩家們在故事劇情中得到的感動，會成為玩家和遊戲之間的羈絆，加深玩家和遊戲之間的聯繫。