直到今天，對於毛文龍該殺不還是不該殺仍然是一個巨大的爭議，無論是“該殺”派還是“不該殺”派誰也説服不了誰，都能列出對自己觀點有利的史實和證據佐證自己的説辭。
那麼毛文龍到底該殺，還是不該殺？
認為毛文龍該殺的，分為三種意見：第一種意見認為，毛文龍該殺，因為其目中無人，侮辱彈劾自己的奏章，不把朝廷放在眼中。
梁啓超《袁督師傳》引述程本直的話：“辱白簡，掛彈章，可數百計也。是左右諸大夫皆曰可殺，國人皆曰可殺也。其不殺也，非不殺也，不能殺也，不敢殺也，是以崇煥一殺之而舉國快然! ”
第二種意見認為：毛文龍可殺，但應先奏後斬，而不應先斬後奏不合朝廷法度，正如袁崇煥在《奏報》中説自己斬毛文龍是迫不得已的事情，很無奈。
“臣於是悉其狼子野心終不可制。欲擒之還朝，待皇上處分。然一擒則其下必鬨然，事將不測，唯有迅雷不及掩耳之法，誅之頃刻，則眾無得為。文龍死，諸翼惡者，念便斷矣。 ”
第三種意見認為：毛文龍有十二條罪狀，可以找碴兒將毛文龍殺掉，這樣就顯得名正言順，設計伏殺就不會引起爭議。
查繼佐《罪惟錄》評論曰：“或曰調文龍御險，如矯抗，可殺也!”

從以上幾條可以看出毛文龍不聽話，不服從管理，挑戰了説一不二的袁大帥的權威，以袁崇煥的個性是無法容忍的，所以被殺也是理所當然的。
水火不容的袁督師和毛大帥
1628年7月，袁崇煥返回京城，上疏陳述兵事，朱由檢於平台召見袁崇煥，袁崇煥聲稱自己可以五年復遼，朱由檢對此大加讚賞。
可見老袁是一個自視其高的人，一股捨我其誰的架勢，這樣的人必然急功近利，手段激烈，不聽話的毛文龍被其殺也不算例外。
説其功利是因為寧錦之戰後，滿桂、趙率教等人都得到了應有的賞賜，但袁崇煥卻因為魏忠賢讓他的黨羽彈劾袁崇煥不救援錦州，論功行賞時，只給袁崇煥增加一級官階，所以憤而辭官。
再説毛文龍手腳不乾淨，更有一些情報顯示毛文龍準備投降皇太極當漢奸，無論這些事情是真是假，袁崇煥殺毛文龍的理由已經十分充足，到這其實已經演變成為不是真假的問題，而是用什麼理由殺他的問題。
袁崇煥感覺毛文龍掣肘自己，自己誇下五年平遼的海口任務又十分緊迫，因此殺雞儆猴，威懾遼東將領成為了必然選項。
這裏面是私利和國利都有，甚至糾纏不清，其根本原因還是崇禎和袁崇煥都好大喜功，對已經成氣候的後金沒有準確的認識。
在五年平遼這個大基礎策略下，有人陰奉陽違，自然就有了神擋殺神佛擋殺佛，手段激烈，烈火烹油的行為，這也是自然之極。
然而，這些理由從戰略的角度來看，是一次非常失敗的行為，導致殺毛文龍變成意義不明的混亂行為，會殺不會治，輕視東江軍集團的存在。
毛文龍作為唯一能在背後牽制後金的戰略力量，他的存在對於正面戰場處於劣勢的明朝來説正面價值絕對超過負面價值。
《明清史料》所收的兩個題本最能説明問題，其中之一兵科給事中宋嗚梧也説：兵法講究犄角以牽制，多方以誤之，當後金全師出擊時，如能分疲其勢，就能使其攻搗徒勞。如能掌控復州蓋州以及東江一帶，以窺遼瀋，尤為全策。
毛文龍在皇太極的卧榻之下，而袁崇煥剛好幫後金拔掉了這個眼中釘，雙方都皆大歡喜，可謂一拍即合，但對大明來説就不是什麼好的事情了。
再説袁崇煥誅殺毛文龍之前，沒有得到任何東江軍內部的支持，這種入軍斬帥的野蠻方式帶來的後果也是極其嚴重的。
連環冤案
毛文龍被殺五個月後就發生了後金兵臨京都城下的“己巳之變”——後金約十萬精兵繞道蒙古，由喜峯口攻陷遵化，直迫明都，這是以前從未有過的事情，這次事件直接導致了袁崇煥的死因。
這其中又夾雜着毛文龍部下孔有德，耿仲明，的叛變，兩人率部在登州譁變，幾乎所向披靡，釀成山東大亂的結局。
這是以一種很遺憾的方式告訴人們，袁崇煥殺毛文龍起到了為淵驅魚為叢驅雀的作用，可以説一點正面意義都沒，手段剛烈，操之過急，一切緣由其實就是過去那句“五年平遼”的大話。
毛文龍養子孔有德以平南大將軍之職充當清軍前驅，戰功赫赫，受封定南王，為清初著名的“四王”之一，部將尚且如此，主帥怎可輕視。
孔有德
誅殺毛文龍之後，袁崇煥雖然為了防止東江兵譁變採取了一些策略，如加糧增餉，把整體的東江軍化為四部分，進行分化，但仍然沒有從根本上解決這個問題，相反逃兵叛亂越來越多。
究其原因是誅殺毛文龍這個魯莽的行動導致東江軍和朝廷之間形成了巨大的裂縫，互相不信任，上下猜忌，兵將互疑，導致人人自危，刀口舔血為朝廷賣命，飛鳥還在天空高翔，結果弓箭先收藏了。
如果袁崇煥不是自視其高，好高騖遠，有一點孫承宗的度量，那麼東江局勢不會惡化到這種地步，東江孤懸島外，雖然難以控制，但其一切用度來自朝廷，本身是有線的風箏，結果這線被袁督師砍斷。
毛文龍被殺成為了袁崇煥悲劇的開始，在朝廷對袁崇煥的指控裏，“以謀款則斬帥”兩項罪狀指控，所謂“謀款”就是私下密謀與後金議和，所謂“斬帥”就是誅殺了毛文龍。
加到一起就是指控他為了私下與後金議和而謀殺了毛文龍，可以説誅殺毛文龍直接為袁崇煥埋下了殺身之禍。
諷刺的是袁崇煥殺毛文龍的罪名是“通敵”，而崇禎殺袁崇煥的罪名也是“通敵”，於是，被史學界人士稱為“連環冤案”的事件就這樣產生了，而且爭議了幾百年，到現在也未有結果。
失去籠頭的東江軍對明末各方的影響
袁總督薊遼軍務前什麼身份？寧前兵備道，一個負責縣城防務連府城都沒管過的中下級官員結果一步登天，被任命為兵部尚書兼任右副都御史，督師薊遼、兼督登萊、天津軍務後更加封為太子少保。
也就是説憑一句“五年平遼”的大言，袁督師從縣級幹部變為正國級幹部，這傳奇都趕上12歲為宰相的甘羅了。
毛文龍對於後金的牽制作用和其在抗金斗爭中的貢獻首先應該肯定，雖然其人是個狂妄重利的傢伙，割據一方，野心勃勃，且在遼東前線軍餉最緊缺的時候囤積物資發戰爭財，這才更招人恨。
兩人雖然都和後金“議和”，但性質完全不一樣，毛文龍就是為了生存，希望在朝廷和後金的夾縫中活下來，袁崇煥是為了鞏固戰線拖延時間。
至於兩人“議和”的具體行為手段，恐怕也只有當事人心裏最清楚，這種冷暖自知的事情其實不好妄議，也論不出一個有説服力的結果。
毛文龍是一個梟雄，他過於重利且野心勃勃，雖然毛文龍驕傲自大、貪財自私，但在抗金問題上毫不含糊。
毛文龍不僅偷襲沿海的城池和村落，他甚至長途奔襲後金腹地的遼陽和薩爾滸等地，毛文龍曾把薩爾滸劫掠一空，城中八旗軍民被他殺戮殆盡。
因此可以看出後金對其的忌憚和恨，偏偏毛文龍待在皮島猶如烏龜一樣，無從下手，後金又因為沒有能力發動水戰，對此也無可奈何。
毛文龍死後，皮島陷入了內亂，他的三個義子尚可喜、耿仲明、孔有德直接投靠了清朝，被封了異姓王，毛文龍部從明軍變成了漢八旗，打起明軍來比打後金還狠。
毛文龍部一倒戈叛亂，東江鎮的牽制作用就沒了，後金從此可以高枕無憂的南下了，毛文龍被殺五個月後，皇太極率領的軍隊就到達了北京城外，發生了“己巳之變”，大明差點完蛋。
江山差點丟了，自己性命差點也沒了，崇禎怎麼可能會給“五年平遼”的袁督師機會，讓你平遼，結果越平越亂，差點大明都完蛋了。
這在以前是沒有的事，此後，後金就像脱繮的野馬，動不動就南下，不僅遼東的局勢急劇惡化，連華北都遭到了嚴重的威脅。
如果毛文龍不死，後金斷不會如此肆無忌憚的南下，此外，毛文龍部倒戈後，為後金帶去了大炮和水師，這讓後金具備了攻堅和水戰的能力。
袁崇煥這一番迷之操作下來，遼東越來越亂不説，又導致了一個幾百年的口舌之爭，有人為他喊冤，有人恨他入骨。
當然整個事件中只有皇太極最高興，心腹之患，卧榻之患，自己竟然兵不血刃的解決了，還有什麼事情比這件事情讓人興奮呢！
毛文龍死後一個月，皇太極更是便向皮島諸將發出了《金國汗敕諭皮島諸官》的招降書，投誠後可任意選擇地方居住，手下人民仍舊歸自己掌管，不被分散等等，並且以全島來歸的可以立即招做駙馬，不願做駙馬的也必有對應的獎賞。
而當時皇太極只有四女，長女已許配蒙古敖漢部王公，而剩下的三個女兒，年齡分別是5歲，1歲和6個月……，由此可見皮島在皇太極心中的位置。
總結：殺毛文龍弊大於利這是必須肯定的史實，袁崇煥好高騖遠也必須接受其性格缺點，至於叛國嫌疑，其實兩人都沒，只是世事無常，牽一髮而動全身，兩人都是被封建社會的末期疾病所連累。
參考資料：《明末遼東軍將毛文龍功過研究》、《論毛文龍的歷史地位》、《毛文龍演義》