在康雍乾三朝，準噶爾部野性難馴，始終是大清北部的邊患。雖然康熙和雍正持續被西北用兵，但是並沒有剷除準噶爾的威脅，最終在乾隆的精心準備下，清軍最終將準噶爾打敗，乾隆在給前線將領的秘旨中，下令將準噶爾部全部滅族。
明末清初之際，大清的注意力始終是在嘉峪關以東的中原漢地，後來三藩之亂爆發，大清又花了8年時間才將叛亂平定，而在西北地區，一個強大的蒙古部落悄然崛起。那就是準噶爾可汗噶爾丹。
大漠梟雄噶爾丹
噶爾丹是準噶爾首領巴圖爾琿台吉第六子，早年他在西藏跟隨達賴喇嘛學習佛法和其間與桑結嘉措結為好友。當時準噶爾部名義上臣服於清朝，1671年，噶爾丹被推為準噶爾部的首領。1672年，噶爾丹上疏清廷，請求照常例遣使入貢，清廷允准。
噶爾丹野心勃勃，希望能夠重現鐵木真一統蒙古，征服世界的雄心，於是他四處兼併周圍的們蒙古部落，1678年，噶爾丹統一了天山以北的草原地區，厄魯特諸部都聽從他的號令。在噶爾丹請求下，康熙賜予他“博碩克圖汗”的稱號。此後，噶爾丹向東攻取哈密和吐魯番，向西臣服哈薩克諸部。1682年，率領大軍攻滅天山以南的葉爾羌汗國。 1685年，他攻佔安集延，臣服吉爾吉斯。
此時大清的康熙對準噶爾的崛起非常警惕，他加緊處理手頭上的三件事：三藩，台灣和沙俄，終於在1681年將三藩之亂平定。而1683年康熙派降將施琅為福建水師提督攻克台灣。1685年 康熙派遣彭春率領清軍3,000人圍攻雅克薩，1686年派薩布素第二次攻打雅克薩，最終雙方同意和談，簽訂了《尼布楚條約》，在條約中，康熙除將黑龍江左岸和額爾古納河左岸大片土地被劃歸中國之外，還要求俄羅斯不再支持準噶爾部，而俄羅斯則以在北京設立使館，和在中國通商為條件予以同意。
康熙在處理完三藩，台灣鄭氏，還有俄羅斯之後，終於可以騰出手解決噶爾丹了。
而此時天不助噶爾丹，1688噶爾丹出兵進攻喀爾喀蒙古，在擊敗喀爾喀首領土謝圖汗後，藉口追擊土謝圖汗部餘眾，進軍內蒙古威脅蒙古諸部。此時，留守本部的侄子策妄阿拉布坦乘虛而入，佔據了準噶爾本土。後路被斷的噶爾丹只得一鼓作氣，與清朝爭奪水草豐滿的漠南地區。康熙帝為確保京師安全和邊疆安定，1690年4月，出兵今內蒙古烏蘭浩特地區駐防。 準噶爾部和清軍的第一戰，清軍被打敗。6月21日， 噶爾丹率軍兵鋒直指據北京僅有700裏的烏蘭布通，並拒絕清朝的提和，向其使者表示：“聖上君南方，我長北方”。最終雙發在烏蘭布通爆發大戰。
烏蘭布通之戰，噶爾丹將駱駝圍成數里，上面覆蓋箱垛，名為“駝城”。士兵依託箱垛，發射弓矢。清朝國舅、都統佟國綱率左翼兵，繞過湖泊，沿河衝鋒，身先士卒，衝擊駝城，被準噶爾軍以俄國滑膛槍擊斃。其弟佟國維由山腰衝入，炮擊駝城，駝驚，準軍大敗。噶爾丹兵奔往山頂大營，當夜逃遁，同時派人議和。福全中計，令各路領兵大臣“暫止追擊”。噶爾丹僅率數千人得以逃回科布多。
1691年，噶爾丹受到策妄阿拉布坦的突然襲擊， 損失慘重，後來與之議和。1695年，經過數年的休養，噶爾丹再次進軍喀爾喀。1696年，康熙帝親自率軍與其決戰於昭莫多，獲決定性勝利。康熙率軍一路追擊到西北，噶爾丹走投無路，最終暴死。
豺狼策妄阿拉布坦
作為噶爾丹的侄子，策妄阿拉布坦比之野心更加膨脹，他首先在1699年征服了哈薩克，然後在西域地區建立了強大的統治力量，同時在1717年，策妄阿拉布坦遣大策零敦多布以省親之名，率6000軍從和闐出發，晝伏夜行，自今新藏公路一線入藏，奇襲拉藏汗。最終攻下拉薩，將西藏也納入自己的統治。
西藏喇嘛在蒙古部落中擁有強大的號召力，康熙於是1718年，清廷自四川出兵，但是被大策零頓多布擊敗。1720年，清廷再度發兵平叛，以恂勤王胤禵為撫遠大將軍統領各軍，年羹堯為四川總督負責後勤保障，出兵三路。10月16日，大策凌敦多布兵敗逃走，清軍奪回了西藏。
康熙去世後，雍正繼續和噶爾丹大戰，1723年，策妄阿拉布坦支持羅卜藏丹津在青海發動叛亂，但是不久即被年羹堯平定。雍正一時也對策妄阿拉布坦無可奈何，最終雙方休戰議和。而策妄阿拉布坦也於1727年策妄阿拉布坦去世。
雄傑噶爾丹策零
策妄阿拉布坦死後，噶爾丹策零即位，此時俄羅斯在中亞已經進行了極為有效的滲透，而噶爾丹策零一邊和俄羅斯進行貿易，也從它那裏獲得了大量的新式武器，甚至還建立了1000人左右的炮兵部隊，而此時雍正的大將年羹堯已經被雍正降罪，此時清朝開始主動出擊對準噶爾部進行征伐，從1729-1733年準噶爾遣使求和止，歷時4年半，經歷四次大戰，即科舍圖之戰、和通泊之戰、鄂登楚勒之戰和光顯寺之戰。 其中科舍圖之戰，準軍偷襲成功；和通泊之戰，清軍統帥傅爾丹全軍覆沒；鄂登楚勒之戰，噶爾丹策零親征外蒙古，被土謝圖汗部擊敗；光顯寺之戰，清軍最終將準噶爾部殲滅大半。而雍正也因為年年用兵，加上身染重病，和準噶爾議和，雙方以阿爾泰山為界。休兵二十五年。
平定天山與準噶爾滅族
乾隆十年（1745年），準噶爾爆發瘟疫，噶爾丹策零病死，準噶爾部陷入了內亂， 原本附屬於準噶爾的各部落紛紛投向清朝。1752年達瓦齊在阿睦爾撒納的支持下繼承汗位。不久達瓦齊與阿睦爾撒納反目相攻。阿睦爾撒納投奔清朝，並將準噶爾虛實悉數稟告清廷。乾隆皇帝認為攻滅準噶爾時機已到，謂之“天與人歸，機不可失”於乾隆二十年（1755年）春發兵出征準噶爾，其後清軍進佔伊犁。達瓦齊眾叛親離，準噶爾降臣阿玉錫帶領清軍二十五人夜襲達瓦齊大營，準軍驚潰，數千人不戰自降。達瓦齊僅帶少數人倉皇南逃。六月，達瓦齊被清軍抓獲，準噶爾汗國滅亡。達瓦齊被送往熱河朝覲乾隆皇帝，被封為“綽羅斯和碩親王”，居於京師。
清軍平定伊犁後，西征大軍陸續撤回內地，僅留少量兵力駐防伊犁、烏魯木齊等地。阿睦爾撒納野心逐漸顯露，最終發動反叛，而投降的各個準噶爾部落多有響應。 清軍迅速回調部隊，將準噶爾部依次平定，乾隆二十一年三月，被清軍擊敗，同年冬，在俄國支持下稱汗於塔城。次年，再次為清軍擊敗，走投無路下進入哈薩克汗國尋求庇護，後因為哈薩克汗歸降於乾隆，再流亡俄國西伯利亞，被西伯利亞總督窩藏在一個酒廠中，不久中天花病死。
清兵佔領西域後，準噶爾下屬部落頭領時叛時降，反覆無常，使清軍損兵折將。乾隆皇帝因此認為其“豺狼成性” ，命令兆惠將叛亂部落盡行剿滅，“永絕根株”。除病死或逃往國外的以外，數十萬準噶爾人遭到屠殺。據魏源記載：“計數十萬户中，先痘死者十之四，繼竄入俄羅斯哈薩克者十之二，卒殲於大兵者十之三。除婦孺充賞外，至今惟來降受屯之厄魯特若干户，編設佐領昂吉，此外數千裏間，無瓦剌一氈帳。”昭槤的描寫更加誇張：“凡病死者十之三；逃入俄羅斯、哈薩克者十之三，為我兵殺者十之五，數千裏內遂無一人”。留下的空地由大量移民填充。
