崇德六年（1641年）濟爾哈朗帶領鰲拜圍困錦州，洪承疇帶領13萬大軍來援，洪承疇配合祖大壽的火器，對清軍進行猛烈的進攻，鰲拜率領鑲黃旗遇見明軍騎兵，把明軍打敗了五次。因為這五戰，鰲拜被封為梅勒章京。入關以後，鰲拜主要是追擊農民軍。順治元年（1644年）十月，阿濟格帶領鰲拜，進攻西安的李自成。鰲拜攻陷四城，降三十八城。後來多鐸率軍進攻西安，李自成放棄西安，退到了湖廣。鰲拜和阿濟格水陸並進，攻陷河南、湖廣、江西、南京等城。
消滅完李自成的軍隊，順治三年（1646年）豪格帶着鰲拜進攻張獻忠的部隊，鰲拜身先士卒，張獻忠的部隊一路潰敗，張獻忠也在戰役中被殺，鰲拜緊接着深入，基本上消滅了四川一帶的張獻忠的部隊，抗擊張獻忠，鰲拜功不可沒。崇德八年（1643年）皇太極病逝，由於死的突然，並沒有寫遺詔讓誰繼位，這個時候豪格和多爾袞就爭起來了。這個時候鰲拜就聯合索尼、譚泰擁護豪格為皇帝。再一次討論繼承人問題的時候，鰲拜開始威脅多爾袞。在這種情況下，多爾袞讓步，讓6歲的福臨繼位。
福臨為皇帝，多爾袞為攝政王，多爾袞開始對豪格及其鰲拜進行打擊。然而鰲拜依然沒有迎合多爾袞，等到順治親政後，順治對鰲拜非常敬重，視為心腹重臣。鰲拜舊傷復發，順治親臨鰲拜府邸看望慰問。順治十八年（1661年）福臨去世，臨死留下遺詔，讓玄燁嗣位，以索尼、蘇克薩哈、遏必隆，鰲拜為輔政大臣，索尼雖然德高望重當時體弱多病，蘇克薩哈因為告發多爾袞，被順治重用，索尼看不起蘇克薩哈。
遏必隆出身名門，這個人庸懦，遇事沒有什麼主見，經常附和鰲拜。鰲拜雖然在四輔臣排末位，由於他資格老，軍功高，常常氣勢奪人。康熙三年（1664年）康熙的侍衞倭赫對鰲拜不禮貌，鰲拜接射鹿之罪名把倭赫處死。康熙六年（1667年）六月索尼病死，鰲拜把蘇克薩哈給殺了，四大輔政大臣就剩下遏必隆和鰲拜，鰲拜變得更加肆無忌憚，為所欲為。康熙皇帝便依靠索額圖、黃錫袞、王弘祚等人支持下，開始密謀剷除鰲拜。
