葉爾羌汗國是東察合台汗國王室賽義德建立的政權，肇始於極其險惡的環境，又面臨着遊牧模式走向式微的困境。為穩固汗國，賽義德汗通過武力進行過並不成功的嘗試，拉失德汗着手削弱異密（又譯作“埃米爾”，相當於諸侯）的地方勢力，最終，阿不都哈林汗長久而穩固的統治使葉爾羌汗國走向鼎盛，在馬黑麻汗時期達到頂峯。
以下三段，筆者先費些筆墨講述葉爾羌汗國建立的背景，已知道的讀者可以略過。
賽義德出生於東察合台汗國的分裂時期，是東察合台東部可汗阿黑麻的次子，伯父是西部可汗馬哈木。月即別人（烏茲別克人）攻打馬哈木汗時，阿黑麻汗命令長子滿速兒汗留在東部吐魯番監國，與次子賽義德同去西部支援。
不久，西部可汗馬哈木、東部可汗阿黑麻與賽義德都被月即別可汗昔班尼汗俘虜，昔班尼汗出於舊交情放還他們。阿黑麻戰敗後羞憤交加，病逝於阿克蘇，滿速兒成為東部可汗。
此時，賽義德開始嶄露頭角。他投奔在吉利吉思做監軍的弟弟哈里勒速檀，從而利用吉利吉思人的勢力發展自己的力量。賽義德成功擠走了伯父馬哈木，但迅即被兄長滿速兒汗擊敗。在表兄巴布爾的支持下，他奪取了杜格拉特部（又稱朵豁剌惕）的世襲領地，消滅其族長阿克拜克爾的分裂政權（史稱喀什葛爾王國），葉爾羌汗國由此建立。
一、賽義德汗重建遊牧帝國的嘗試
汗國建立之初，賽義德汗注重維穩。他暫時與宿敵月即別人握手言和，也原諒了曾經追殺他的哥哥滿速兒汗，並向他稱臣。對於治下百姓，大體是採取休養生息的政策。
不過，賽義德汗在從阿巴拜克爾手中奪取葉爾羌城時，允許他的麾下將士劫掠兩月。這是被稱作賢君的賽義德為數不多的污點之一，究其原因，是因為新建的汗國給不了士兵應得的報酬，而軍隊是國家穩定的根本。
賽義德要穩固汗權，就要牢牢抓住軍權，既要把軍隊攥在自己手裏，還要讓他們滿意。由是，賽義德驅逐了自己的兄弟艾曼火者，再通過重建遊牧國家與四處征戰供養軍隊。
一般來説，供養軍隊與遊牧、征戰沒有必然聯繫。但葉爾羌汗國遭受過戰亂破壞，其税收已難以供給軍用。而賽義德與他的軍隊雖然早已皈依回教，猶是蒙古族人。他們鄙視定居的農耕生活，軍隊屯田是不可能的。
他們的祖先也是遊牧，但還有天山以北的大片牧場，但葉爾羌汗國時期，天山以北，原來被稱作蒙古斯坦（又譯作蒙兀兒斯坦）的廣袤草原，已被吉利吉思人佔據。沒有草原的滋養，賽義德只能以擴張求生存。
1517年，賽義德汗率軍攻打撒裏畏兀兒（黃頭回鶻），中途因病返回，出征的軍隊只獲得部分戰利品，無功而返。同年，賽義德汗決定攻打吉利吉思，收復蒙古斯坦。五年後，葉爾羌軍隊終於難以支撐，無奈撤回。
蒙古斯坦收復無望，賽義德汗轉而侵佔拉達克地區。結果，雖然使該地王公俯首稱臣，索得一些貢物，卻並沒有實質性的收穫。而且，由於拉達克是莫卧爾王朝的勢力範圍，賽義德汗此舉搞僵了與巴布爾的關係。
最後，賽義德汗率兵攻打烏斯藏（今西藏地區），最終死於高原反應。賽義德急於擴張，虛耗實力，一無所獲，重建遊牧帝國的嘗試到此結束。
二、拉失德汗剪除部落異密勢力
拉失德汗接到父親賽義德去世的噩耗時，將軍阿里塔海留在葉爾羌，而另一員老將賽義德馬黑麻米爾咱（以下簡稱賽義德將軍，與賽義德汗相區別）和他的侄子正在烏斯藏，統領着一支精鋭部隊。
阿里塔海把賽義德汗的遺詔呈給拉失德，遺詔説賽義德馬黑麻米爾咱圖謀不軌，要他殺掉此人。不管別人相不相信，拉失德汗是信了，更大的可能，是假裝信了。
阿里將軍與賽義德將軍，都是杜格拉特部人，也就是同宗。賽義德將軍地位較高一些，阿巴拜克爾死後，在杜格拉特部中他就是老大。阿里塔海誣陷賽義德將軍，就是爭奪族長之位。
拉失德當然不會放過這個機會。在阿里塔海的支持下，拉失德汗在登基的當天斬殺了賽義德將軍，又下令把賽義德將軍之侄，同在軍中統領的米爾咱馬黑麻海達爾召回葉爾羌，所統領軍隊就地解散。
米爾咱馬黑麻海達爾感覺情況不對，於是投奔印度莫卧兒王朝。此人在莫卧兒王朝做王公時，寫出了一本史著，即《拉失德史》，後世研究東察合台汗國和葉爾羌汗國早期歷史的重要史料。
當然，沒有了賽義德將軍叔侄，也輪不到阿里塔海來掌大權。拉失德汗重用巴魯剌思部異密馬黑麻，對他極力扶持，而馬黑麻的資歷、能力都並不如這些元老勳貴。
阿里塔海遭到排擠，在越發險惡的環境下離開了葉爾羌汗國。與阿里關係密切的一些異密，挾持了拉失德汗的幾個兄弟逃到和田叛亂，拉失德汗平叛後把他們全數逐出國門。影響了東察合台汗國政局數百年的杜格拉特部至此失勢。
杜格拉特部失勢後，堅持遊牧拒絕定居的保守勢力被削弱，拉失德汗採取相對和平的外交策略。在打退了東部吐魯番滿速兒汗的進攻後與其維持和平往來，之後聯合月即別人征討吉利吉思，雖未能完全收復蒙古斯坦，但總體上遏制了吉利吉思人勢力的發展。
拉失德汗共有十二個兒子，他將兒子們分派到汗國各個重鎮，使整個汗國控制在他的直系親屬手上，這在一定程度上有利於汗國的穩定。
三、阿不都哈林汗與馬黑麻汗時期
拉失德汗死後，因為長子阿不都拉提夫死於對吉利吉思的戰爭，由次子阿不都哈林即位。
為鞏固汗位，阿不都哈林放逐了巴魯剌斯部的幾位異密，包括拉失德汗曾經重用的馬黑麻，至此，巴魯剌斯部與朵豁剌惕部一樣，都不再具有威脅可汗、左右政局的力量。
初登汗位，阿不都哈林之所以能扳倒強大的巴魯剌斯部，一是因為他得到了一批小部族的支持，在放逐巴魯剌斯部異密後，小部族異密受到重用，以平衡汗國內部的軍事力量。
第二個原因，是他獲得了宗教勢力的支持。拉失德汗在世時，他就成為了納克什班底教派蘇菲馬黑麻外裏的穆裏德（意為門徒）。阿不都哈林終其一生對納克什班底派的宗教活動給予支持，並且以全體穆斯林利益的代表者自居，推動了蒙古統治者與當地居民的融合。
公元1570年，阿不都哈林汗歸併了東察合台汗國（吐魯番汗國），這是他在位時的最大功績，葉爾羌汗國自此統一天山以南的廣大地區。
阿不都哈林去世後，五弟馬黑麻即位。他與兄長一樣，也藉助了宗教力量的支持，但他選擇的是納克什班底教派的另一支，以伊斯哈克和卓為首的黑山派。此教派受到馬黑麻汗支持後不久，就顛覆了汗國原有的馬黑麻外裏宗派。
在他統治時期，葉爾羌汗國達到極盛，他進一步平衡了各部族的勢力，對汗國各地始終保持較強的控制。耶穌會會士鄂本篤曾遊歷葉爾羌汗國，對此時汗國的繁榮大為驚歎，載於《訪契丹記》之中。
不過，馬黑麻汗去世後，汗國很快陷入混亂，馬黑麻汗使葉爾羌汗國進入極盛時期，卻也埋下了汗國動亂的隱患。出於篇幅，下回再敍。