1630年9月，袁崇煥被凌遲處死。1644年3月，崇禎吊死於煤山，明朝宣告滅亡。此時，距袁崇煥被處死已過去14年，距袁崇煥矯詔殺毛文龍已15年。
崇禎處死袁崇煥，事先經過刑部、都察院、大理寺三法司聯合會審，給出的其中一項罪名是：擅殺毛文龍。這項罪名似乎在告訴人們，毛文龍不應該被殺。
但詭異的是，袁崇煥處死14年裏，崇禎一直沒有給毛文龍平反。既然是被矯詔擅殺的，為何不為他恢復名譽？或者，讓他的後人繼承爵位和待遇……
1、毛文龍被歸為魏黨一派
袁崇煥殺毛文龍前，曾公佈“十二該殺”之罪，其中第10項罪名是：“輦金京師，拜魏忠賢為父，塑冕旒像於島中。”用車拉着黃金到京城，送給魏忠賢並拜其為父，在皮島上給魏忠賢立有加冕冠的塑像。通過這個表述，可知袁崇煥把毛文龍歸為魏黨。
崇禎上台後，第一件事是誅殺魏黨。無論是誰，戴上魏黨帽子就完蛋了。但當初魏黨氣焰正旺，東林黨被打得七零八落時，跑到魏忠賢門上認爹的認爹、拜師的拜師也是一種時尚。袁崇煥也沒免俗，同樣給魏忠賢立過生祠。那麼，毛文龍立過塑像就能歸於魏黨？其實，還有其他原因。
2、毛文龍一直受黨爭夾板氣
毛文龍起家於遼東募兵，收納逃散兵勇和難民，湊足98人奪島並扎穩腳跟。力主他募兵、建立根據地的正是時任登萊巡撫王化貞。此人本屬東林黨，後來投靠魏黨，成為東林叛徒，最終因廣寧慘敗被崇禎處死，身敗名裂。王化貞還與熊廷弼之死有關，而熊廷弼是堅定的東林黨人。
毛文龍起家的恩主是魏黨，此人間接害死熊廷弼，這個賬早晚要算的。後來毛文龍因功獲封並得到大量軍餉，又與登萊巡撫袁可立大有關係。袁可立本屬中間派，引發了魏黨和東林黨人爭奪，兩派陣營都拿毛文龍説事。看來，兩黨都沒把毛文龍視為自家人，毛文龍只好受黨爭的夾板氣。
3、袁崇煥具有東林黨屬性
袁崇煥儘管給魏忠賢立過生祠，但骨子具有東林黨屬性，這多少與他的恩主孫承宗有關。孫承宗雖然沒有陷入黨爭，可一直敵視魏黨，還被傳言過要誅魏“清君側”。袁崇禎被判處凌遲，自然少不了魏黨殘餘勢力的推力，也可以理解為是魏黨對孫承宗仇恨的轉移和替代。
袁崇煥擅殺毛文龍，還與一個人有關：錢龍錫。此人是堅定的東林黨人，在萬曆年間曾被魏黨彈劾而革職回鄉。崇禎上台後首先起用錢龍錫，主要工作就是負責審理魏黨案。袁崇煥被崇禎重新起用，一番平台召對結束後，錢龍錫私下力主袁崇煥殺掉毛文龍。説到底，仍是黨爭的延續。
4、毛文龍沒被平反的原因揭曉
毛文龍被袁崇煥矯詔殺死，除“十二該殺”之罪外，最重要的原因就是黨爭。魏黨已被剷除，東林黨人怎能容忍恩主是魏黨的毛文龍？王化貞雖死，再用毛文龍祭奠一下熊廷弼不也挺好？何況他更涉及黨爭中關於袁可立的是是非非……
袁崇煥被處死，燃爆點與毛文龍之死有關。袁崇煥死後的14年裏，東林黨一家獨大，左右朝政，他們怎麼可能促成為毛文龍平反呢？也許，袁崇煥在魏黨殘餘勢力推動下被凌遲，這個賬東林黨人還沒清算哪。
毛文龍和袁崇煥之死，都是魏黨和東林黨的黨爭產物。加上崇禎在袁崇煥死後執政的14年裏，一副焦頭爛額的模樣，真沒時間去給有着莫大爭議的毛文龍一個説法。也許在他眼裏，毛文龍雖被擅殺，但與魏黨脱不了干係，也應被殺。在這一點上，崇禎不如乾隆明白——成書於乾隆年間的《明史》中，對於毛文龍之死，結論是“妄殺”，也就是濫殺無辜。
清初時，毛文龍庶子毛繼鬥受投降清廷的毛文龍舊將邀請，計劃讓他出任清廷要職。毛承鬥堅拒不受，並説''懼違先將軍志也''，我擔心違背故去的先人毛文龍將軍抗清的心願和遺志。
而早在毛文龍被斬殺的8年前，他在鞍山的親屬100多人，均死於後金軍之手。皮島之上，毛文龍隨從軍吏和將領多數姓毛，毛文龍解釋：“此皆予孫”，這些人都是我的孫子……
毛繼鬥是毛文龍庶子，非正室所生，想必嫡子嫡孫都被後金滅門了。這些“此皆予孫”之人，想通過毛繼鬥來反哺一下時，才發現雖非嫡子，但毛繼斗的志向一如毛文龍，氣節如山，堅不可摧。
參考文獻：《明史》、《清史》、《明季北略》、《明史紀事本末》，感興趣者可以詳細一讀