所謂“焚書坑儒”，其實可以分為“焚書”、“坑儒”兩個獨立事件，兩件事之間雖然有所關聯，但卻應該分開分析。“焚書坑儒”事件的根源，其實是秦滅六國之後的山東六國與秦國之間的文化衝突，以及六國士子階層對中央集權制的不認同，秦始皇雖然也曾嘗試促進文化融合，可惜最終以失敗告終，為了維持統治，這才在李斯的建議下采取了激烈手段。
“焚書坑儒”的問題根源，在於天下一統後的劇烈衝突
秦始皇統一六國之後，面臨的最大問題就是如何維持帝國的統治，而他當時面臨的最大考驗則來自於兩個方面，一是因長期分裂導致的文化衝突，二是廢除分封制，採取中央集權統治後士子階層的不認同。
1、長期分裂導致的文化衝突。
在歷經春秋戰國數百年的分裂，由於各諸侯國風土人情的不同，戰國七雄早已形成了截然不同的風俗文化，例如“以法為教，以吏為師”的秦國法家文化、以儒家之禮為核心的齊魯文化、粗獷豪邁的燕趙文化和浪漫奔放的楚文化，歷經數百年的發展，這些文化不僅難以調和，而且擁有極為堅固的文化壁壘。在法家思想薰陶下的秦國雖然從不缺乏能征善戰的將士，但卻從來沒有產生過影響力巨大的學者，而這也是山東六國將秦國視為虎狼之國的原因。
2、士子對中央集權制的排斥。
秦始皇統一六國之後，採取了與之前截然不同的統治方式，廢除分封制全面推行郡縣制的秦國，乃是中國歷史上第一個中央集權制的國家，而為了確保中央集權統治，秦始皇又創造了三公九卿制度。雖然郡縣制最早並非誕生於秦國，但列國的郡縣制卻仍然帶有着濃重的世卿世祿制色彩，而秦國這種從統治方式到官職的全面改革，顯然給山東六國各階層，尤其是士子階層帶來了極大的不適應，因而士子階層對於秦國的統治可以説是極度排斥。
秦始皇也曾通過統一文字、度量衡、車軌等一定程度上促進社會各層面的統一，但這種改革反而遭至了士子階層的更大反感，想要徹底將長期分裂的諸侯國徹底融合成為一個國家，根本不是短期內所能夠辦到的，甚至不是一代人所能夠辦到的。
秦始皇也曾嘗試文化融合，可惜最終以失敗告終
為了穩固統治，秦始皇也曾嘗試過採取懷柔手段推動文化層面的融合，從而獲得貴族、士族和百姓對秦國的認同，但這種嘗試最終以失敗告終，而這也是“焚書坑儒”事件出現的主要原因。
1、嘗試接納六國文化。
對於劇烈的文化衝突，秦始皇一開始並沒有採取牴觸排斥的思想，不僅允許諸子百家和列國士子湧入咸陽，而且對不同文化採取了接納包容的態度，例如黃老道家、陰陽家經過綜合儒、法、道諸家的學説，提出了所謂的“五德始終説”，便得到了秦始皇的採納；而秦始皇對咸陽的擴建規劃中，也體現出了“法天象地”的道家思想；而秦始皇進行“泰山封禪”，則代表了對齊魯文化的認可。更為直接的證據就是，秦始皇的長子扶蘇明顯受到了儒家思想的薰陶。
2、換取六國士子認可。
為了使六國士子對秦國的統治予以支持，秦始皇選擇了設立“博士”職位，以六國士子擔任，且准許他們參與討論國事，秦始皇試圖通過這種方式，換取六國士子對秦國新政的理解和支持，進而由他們影響和引導天下百姓，從而在推動新政落實的同時，降低社會各階層對秦國的排斥。
然而，事實證明，秦始皇的一切努力最終付諸東水，秦始皇接納六國文化並未獲得認可，例如秦始皇“泰山封禪”換來的只有山東儒生的嘲笑；又如擔任“博士”的士子，他們不僅對於秦始皇極為怠慢，而且在參議國政時往往一言不發，卻又在私底下對新政非議不止。
山東士子淳于越重提分封，李斯建議秦始皇“焚書”
秦始皇三十四年（前213年），秦始皇在咸陽宮擺酒設宴，秦國朝堂七十餘位大臣，以及山東六國擔任“博士”的士子參與了這場宴會。
酒宴開始之後，僕射周青臣先是上前歌頌了一番秦始皇的豐功偉績，秦始皇聽後極為高興。然而，秦始皇的好心情很快便被破壞了，擔任“博士”的齊人淳于越緊接着上前，他不但沒有祝賀，反而重新提出了分封制，對秦始皇的集權統治再次提出了挑戰。
博士齊人淳于越進曰：“臣聞殷周之王千餘歲，封子弟功臣，自為枝輔。今陛下有海內，而子弟為匹夫，卒有田常、六卿之臣，無輔拂，何以相救哉？事不師古而能長久者，非所聞也。今青臣又面諛以重陛下之過，非忠臣。”（《史記·秦始皇本紀》）
秦始皇聽後雖然不悦，但卻沒有立即進行斥責，而是將該言論交給臣子們討論。作為秦始皇系列新政的直接參與者，丞相李斯立即上前予以了排斥，他認為天下之所以久久無法安定，就是因為這些士子私下對新政非議不斷，進而提出了“焚書”倡議。
丞相李斯言道，“臣請史官非秦記皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏詩、書、百家語者，悉詣守、尉雜燒之。有敢偶語詩書者棄市。以古非今者族。吏見知不舉者與同罪。令下三十日不燒，黥為城旦。所不去者，醫藥卜筮種樹之書。若欲有學法令，以吏為師”。（《史記·秦始皇本紀》）
維護秦國的穩固統治，可以説是秦始皇的最後底線，眼看自己一直的努力始終沒有得到回報，再加上這次淳于越的挑釁，秦始皇對於李斯的“焚書”建議只説了一個字“可”。於是乎，秦始皇開始下令除了博士官收藏的書籍和“醫藥卜筮種樹之書”外，將詩、書、諸子百家著作全部焚燬，並將對天下敢於私藏、學習和非議朝政者嚴厲懲處，這便是著名的“焚書”事件。
方士逃跑再度非議新政，秦始皇一怒之下“坑儒”
關於“坑儒”事件中的“儒”到底指什麼，目前仍然有爭議，但顯然並不是特指儒家。“坑儒”事件發生在“焚書”事件一年後，其實可以視作“焚書”事件的後續。
秦始皇統治後期，或許是身體上出現了問題，對於長生之術極為推崇，因而身邊經常圍繞着一些方士，這些方士之中除了徐福出海尋找仙藥之外，最受秦始皇重用的便是侯生、盧生兩位。然而，就在秦始皇三十五年（前212年）的某一天，這兩位術士卻逃跑了。
根據《史記·秦始皇本紀》的記載，這兩位術士逃跑的原因竟然是認為秦始皇過於殘暴和貪戀權力，因此不想為其尋找仙藥了（貪於權勢至如此，未可為求仙藥）。而真實的原因，則極可能是兩人根本無法搞到所謂的仙丹，又害怕秦始皇治罪，這才選擇了逃跑。
然而，這兩位也不僅僅是逃跑，他們為了表示自己的大義凜然，逃跑之餘竟然還説了一大堆非議秦始皇的話，秦始皇得知消息後，大怒道，“吾前收天下書不中用者盡去之……盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或為訞言以亂黔首”。
於是乎，秦始皇一怒之下，“使御史悉案問諸生，諸生傳相告引，乃自除犯禁者四百六十餘人，皆阬之咸陽，使天下知之，以懲後”。可見，咸陽的“儒生”被坑殺，最主要的原因便是在秦始皇剛剛下令禁止非議朝政一年後，竟然又有人公然跳出來挑釁法令，這才以雷厲手段處置。
如上所述，“焚書”和“坑儒”兩件事的發生，可以説是秦始皇在嘗試以懷柔手段融合列國文化失敗之後，所採取的無奈之舉，是秦始皇為了各項政策順利推行採取的必要之舉，也是秦始皇為了穩固統治採取的必要手段。秦始皇的手段或許比較激進，但誰又能體諒其中的無奈呢？