1916年3月，宋慶齡和孫中山自日本返回上海。當他們回國後，孫中山南下廣州任大元帥，領導第一次護法運動。由於受到軍閥和政客的排擠，憤而辭去大元帥職務。這時孫中山困居上海，一籌莫展，極度苦悶，好似陷入絕望境地。宋慶齡對孫中山在生活上悉心照料，在精神上鼓勵孫中山振作起來。
1921年5月孫中山就任臨時大總統。10月24日，孫中山抵達桂林，計劃集師北伐，宋慶齡在後面積極配合孫中山的軍事行動。在桂林，孫中山和宋慶齡會見了列寧派來的代表馬林。
正在北伐軍順利進軍的時候，孫中山親自培植起來的部屬陳炯明在後方密謀反叛。1922年5月18日其部將率重兵乘虛潛入廣州，廣州氣氛非常緊張，粵秀樓近處駐滿陳炯明部隊。為扭轉局勢，宋慶齡與孫中山不得不迅速趕回廣州。6月15日晚，陳炯明部隊已經開始包圍總統府。孫中山得知陳叛變的確切消息時，十分傷心，“悲憤得欲以身殉職”。
6月16日凌晨兩點，孫中山得到秘密報告，陳炯明部隊將攻擊粵秀樓，情勢危急。宋慶齡正在酣夢中，忽被孫中山叫醒，要她隨他一塊撤離險地。宋慶齡顧全大局，臨危不懼，認為若同孫中山一同行動，易被叛軍發現。因此，堅持留下來掩護孫中山秘密撤離。孫中山不得已才答應先行。但是令50名衞隊全留守府中，自己隻身逃出。孫中山兩次避過叛軍耳目，終於到達黃埔永豐艦上，按事先約定，鳴炮三響，以示安全抵達永豐艦。震撼夜空的三聲炮響傳到粵秀樓，宋慶齡和衞隊人員才鬆了一口氣。
在孫中山走後半小時，忽然炮聲四起，叛軍開始向粵秀樓發起進攻。黎明時，衞隊開始用來福槍和機關槍與叛軍對射。奮勇抗擊，擊退叛軍三十餘次的進攻。8時許，子彈快打完了。由於孫中山已安抵永豐艦，此時留在山上也沒有意義了，宋慶齡決定下山。於是兩名衞士和姚隊長他們四人，循着天橋往前爬行。當他們來到總統府時，周圍盡是炮火，宋慶齡剛走出總統府房間，房屋頂就被炸塌。自晨8時到下午4時，宋慶齡無異藏身於炮火連天的地獄裏。
下午4時，廣州衞戍區司令魏邦平派副官到總統府來講條件。衞兵提出的條件第一就是保證宋慶齡的安全，但那個副官説他不能擔保宋慶齡的安全。這時，兩層鐵門被打開，叛軍一鬨而入。在一片混亂中，宋慶齡衝出大門，並急中生智，把手中包裹裏的東西撒在地上。她利用叛軍們搶錢物之機從人羣中逃出。宋慶齡此時身懷有孕，行動不便。逃出大門後，宋慶齡憑着機智勇敢，多次躲過叛軍，艱難地走到沙面一位友人處休息，後又乘電船到達嶺南大學（中山大學校址）校長鍾榮光家裏。由於過度緊張和勞累，宋慶齡在鍾榮光家裏流產了，這是“一生唯一的一次妊娠”。
以後，宋慶齡安全轉到黃埔島，登上永豐艦。宋慶齡後來説“我終於在艦上見到了孫中山，真如死別重逢。”經過這次驚心動魄槍林彈雨的洗禮，宋慶齡的革命意志更加堅強。宋慶齡在這件事中表現出的臨難應變和大義凜然及幾年來輔助孫中山南征北戰的功績，受到了革命黨人及廣大官兵的衷心愛戴。
陳炯明叛變，宋慶齡廣州蒙難，因驚恐疲憊交迫而導致流產，以至於終身未生，這對於一個女性來説，不但在健康方面受到嚴重的損害，精神上所蒙受的創痛，尤為嚴重。但宋慶齡畢竟是一代偉人，她具有博大的胸懷和真誠的愛心。
蔣介石次子蔣緯國辭世之後，他生前對哥哥蔣經國身世的質疑隨即引爆，引起軒然大波。不過，已開放的蔣介石日記記載，蔣夫人宋美齡婚後曾經懷孕卻小產，等於間接證實蔣緯國養母姚治誠所言“蔣介石已無生育能力”的説法是不確切的。
據台灣《聯合報》報道，蔣緯國是戴季陶之子，卻由蔣介石養大且視為親生。他自覺一生受到哥哥的壓制，內心裏有一事不吐不快，是養育她的姚治誠曾告訴他，“父親”在幼年時受過外傷，以致沒有生育能力；因此，蔣經國不是蔣介石的親生兒子。
但蔣介石日記裏記載，一九二七年十二月他與宋美齡結婚後，一九二八年宋美齡懷孕，他極為欣喜；然而卻意外因刺客行刺而流產。
美國斯坦福大學研究員郭岱君説，日記記載那年八月，一個星期內有人兩度買通蔣介石住處樓下的衞兵上樓行刺，第一次是二十四日午夜，刺客買通衞兵後走到樓下卻驚醒了宋美齡，蔣在二十五日的日記記載“妻病小產”；二十七日深夜換成兩名被買通的衞兵侵入卧室準備開槍行刺，卻因蔣一個翻身而驚走。以後宋美齡也就未再生育。
日記上對宋美齡小產的記載，不僅證實姚治誠對蔣緯國所言不確，也破解了以英文撰寫的《陳潔如回憶錄》所稱，蔣介石為何無法生育是因他年輕時罹患梅毒，因此造成不育的説法。
日記裏顯示，蔣介石年輕時曾有段與情慾掙扎的歲月。不過，美國斯坦福大學胡佛研究院客座研究員潘邦正説:“他和蔣夫人結婚後，整個人就改變了，成為非常虔誠的基督徒。”
潘邦正也指出，蔣經國年輕時到蘇聯留學被留置十二年，這期間在日記可看出蔣介石非常喜歡緯國，但以後蔣夫人要求蔣介石解釋蔣緯國的身世時，蔣卻基於對戴的義氣而不答，蔣夫人憤而滯港不歸。