南京大學曾經在我國教育史上具有舉足輕重的地位，解放前是國立中央大學，位例亞洲第一，與清華大學和北京大學三足鼎立。解放後我國實施院校大調整，將南京大學拆分，包括現在的復旦大學，上海財經大學，江蘇省的東南大學，河海大學，南京林業，南京農業等名校都曾經是南京大學的一部分，或者有南京大學的一點血脈。
最為可惜的是南京大學沒有保留自己的醫學專業，南京大學前身國立中山大學醫學院整體遷到上海，後改名為上海醫科大學，再後來與復旦大學合併，使復旦大學如虎添翼，徹底拉開了與南京大學的差距。1935年南京大學前身的中央大學再建醫學院，後來建國後獨立組建成現在的大名鼎鼎的第四軍醫大學。
醫學院是南京大學永遠的痛，與此同時其他高校合併了醫科大學之後，實力大增，比如北京大學合併了北京醫科大學，復旦大學合併了上海醫科大學，上海交通合併了上海第二醫科大學，浙江大學合併了浙江醫科大學，這些大學實力都得到了加強，相反南京大學卻一直停滯不前。
為了謀求發展，南京大學也一度想和南京醫科大學合併，並有了3次直接對話，甚至馬上牽手成功，但最終還是流產。南京大學這些年來作為華東五校一員一直都被戲稱五校的吊車尾和守門員，處境尷尬。而南京醫科大學雖然在江蘇省有一定的地位，附屬醫院眾多，但是與上海和浙江的醫科大學相比還是差距很大。如果當初兩校能牽手成功的話，對兩校的發展都會從中受益，早知如此，何必當初呢？如果當初兩校領導和師生都能放下身段，謀求共同發展，可能現在兩校的實力就不是今天這個樣子了。
南京大學現在也有自己的醫學院，但是水平一般，它的生物醫學專業僅被教育部評估為C+，有負南京大學盛名。南京醫科大學雖然公共衞生與預防醫學實力強大，為A+專業，而代表醫學實力的臨牀醫學，口腔，基礎醫學等專業僅為B+，與最頂尖的大學還是有很大的差距。
2018年東南大學和南京醫科大學合作共同創辦研究院，進行深度的醫工交叉合作，碩果累累，南京醫科大學也有望成功衝擊雙一流。南京大學現在後悔死了，早知如此何必當初呢？