如此宏大的建築為何會消失，令人費解
作為古代史上規模最大，藏書量最全的圖書館—亞歷山大圖書館，其消失一直被認為是人類文明發展史中的重大損失，很多珍貴的典籍因此而下落不明，而這座如此重要圖書館，究竟是怎麼損毀的，由於歷史時間跨度過長，一直爭論不休。
儘管古代拜占庭許多史料都提到過亞歷山大圖書館的毀滅原因，但內容卻是相互矛盾，混淆視聽，同時也沒有權威性的描述（估計那個時代就已經開始爭論不休了），但就目前來看，一般吧亞歷山大圖書館的毀滅歸咎於三個人身上。
第一位就是在公元前47—公元前48年時，凱撒大帝曾被圍困於此，在他下令放火焚燒周圍的艦船和港口時，火勢的蔓延導致了亞歷山大圖書館也跟着遭殃，許多書籍遭到了焚燬。
另外一種較為廣泛的説法是，公元391年時，當時在一場掃除異教的活動中，亞歷山大圖書館遭到了搗毀，損失慘重。
最後一種説法是，公元640年，伊斯蘭軍隊征服了埃及，其指揮官下令在一處公共浴池裏將亞歷山大圖書館裏的藏書全部燒燬，因為在當時，他們認為所有與《古蘭經》相悖的書籍，都應該被毀滅，而與其內容一致的，也無存在必要。