不少人認為長孫無忌案件是皇帝李治主導的，目的是為了收回已經旁落的皇權。這樣的説法到底有多大程度上的可信度，是需要打一個大大的問號的。
自從武則天被冊立為皇后後，長孫無忌一黨在朝廷中就已經沒有多大的勢力了，韓瑗和來濟被貶後，長孫無忌基本就成了光桿一個，幾乎完全喪失了對朝政的影響力。所以，真正操縱這一切的主角應該就是藏身幕後的武則天，正如《資治通鑑》所説，長孫無忌案件之後，“政歸中宮矣”。而李治在這裏起到了推波助瀾的作用。
那麼，長孫無忌被逼自殺，李治為何不救他呢？説白了就兩個字“窩囊”。當初李承乾宮變失敗，被貶流放後，李世民在選立太子一事上頗費思量，猶豫不決。魏王李泰才華橫溢，晉王李治仁厚忠孝，庶子吳王李恪英明果決，李世民起初打算立李泰，但是國舅長孫無忌堅決反對，並堅持請求立李治。
而且廢太子李承乾也坦陳説，他之所以謀反，正是因為李泰圖謀太子之位。李世民也想明白了，如果立李泰，李治和李承乾都會被害；而立李治，李泰和李承乾都能得到保全。
李世民立李治為太子，但又覺得李治懦弱，而吳王李恪英明果決，於是想改立李恪為太子。李世民很擔心地對長孫無忌説：“你勸朕立晉王李治，但他仁弱，我很擔憂社稷不保，怎麼辦？吳王李恪英武果斷很像我，我立他為太子怎麼樣？”長孫無忌堅決為李治爭取，李世民只好作罷。看到了吧，知子莫若父，李世民説李治用的是“仁弱”，其實意思就是説他“窩囊”。
李世民臨終前召長孫無忌和褚遂良説：“漢武帝託孤給霍光，劉備託孤給諸葛亮，朕今日將太子託付給二位愛卿。”李世民又對李治説：“無忌、遂良在，你無需憂慮。”李治繼位後，對一手扶持自己當皇帝的舅舅很感激，長孫無忌擔任了太尉，代理中書令，兼門下省長官。長孫無忌這位三朝元老可謂是一時權傾朝野。
後來，李治想立武則天為皇后，卻遭到長孫無忌的堅決反對，武則天因此也就恨上了長孫無忌。武則天是有理由怨恨長孫無忌的，長孫無忌曾經是她通往皇后之路上最大的一塊絆腳石，更過分的是，長孫無忌收了她與李治送的一車金銀珠寶和十車綾羅綢緞，禮照收，事卻不辦。
而武則天懲治長孫無忌的方法可謂是以其人之道還治其身。想當初，在房遺愛案中，長孫無忌從一件普通的案件開始，捕風捉影，把一干政敵一網打盡。而現在，武則天也是從一件普通的案件開始，無中生有，將長孫無忌及其黨羽徹底消滅。“天網恢恢，長孫無忌不得其死也宜哉！”
顯慶二年（657年），李義府升任中書令。而韓瑗、來濟被貶出京城後，李治又提拔許敬宗為侍中，主管門下省事務。至此，中書省、門下省這兩大重要機構均由武則天心腹把持。顯慶四年（659年），在把長孫無忌的羽翼剪除殆盡後，武則天終於要向長孫無忌這位國舅爺下手了。
洛陽人李奉節指控太子洗馬韋季方和監察御史李巢結為朋黨。不知為何，或許是枕邊風的原因吧，皇帝李治下詔命宰相許敬宗和武則天的另一心腹辛茂將負責審理這一樁普通的案件。審理的過程中許敬宗靈機一動，向李治報告，韋季方與長孫無忌勾結，伺機謀反。李治大感驚訝：舅舅被小人挑撥離間，對我有點意見尚在情理中，但他何至於謀反？
這時，李治應該做的是仔細詢問案情，讓許敬宗提供確鑿的證據。可他沒有，而是哭着説：“我家不幸，親戚們屢有異志。往年高陽公主與房遺愛謀反，如今舅舅又這樣，讓我無顏面對天下之人。這件事情如果屬實，該怎麼辦呢？”這“窩囊”勁兒就上來了。
李治沒有立即裁決，吩咐許敬宗繼續審查。許敬宗審查的效率非常高，一晚上就把案情查了個水落石出。他向李治復奏，瞎話編得滾瓜爛熟，總之就一句話：長孫無忌確實在密謀造反。李治的眼淚再次奪眶而出，哽咽着説：“舅舅如果真的這樣，我也決不忍殺他。我殺了他，天下人會怎麼看我？後世的人會怎麼看我？”原來皇帝哭哭啼啼，猶豫不決，是在擔心天下人的看法啊。
於是，漢朝薄昭的例子被許敬宗搬了出來了，在許敬宗的三寸不爛之舌之下，李治被説服了。李治甚至沒有把長孫無忌叫來問一問，就下旨削掉了長孫無忌的所有官職與封邑，把他押到黔州軟禁起來。幾個月後，李治下詔讓徐茂公、許敬宗等人複核長孫無忌謀反案。而這一複核，徹底要了長孫無忌的命，長孫無忌憤恨地自殺了。
長孫無忌倒了，靠着他這棵大樹的那些人自不必説。而長孫家族，長孫無忌的兒子長孫衝、族子長孫祥、長孫詮、外甥趙持滿、表弟高履行或被殺，或被貶，或被流放。長孫無忌一黨全軍覆沒。
長孫無忌為這麼一個“窩囊”的外甥爭取來了皇位，可自己最後死得也夠“窩囊”的了。要説在這件事上，李治有沒有藉機除掉長孫無忌的意思呢？歷史上也沒有記載，這個真不敢説。但要説操縱這一切的主謀就是武則天，可信性還是非常大的，畢竟“政歸中宮矣”。
無論如何，長孫無忌案件在中國歷史上還是有其特殊意義的。長孫無忌黨團的覆滅，標誌着統治中國數百年的關隴貴族集團遭受重傷，從此寒門士子開始大量進入了政治舞台。
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