問題其實很簡單，但是沾上性別問題，就不自然地變的敏感了起來，一部分人就不免特別容易激動。
別激動，冷靜一下聽我説。
(以下主要以圍棋為例，其他智力運動項目也大差不差)
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先糾正幾個典型的錯誤認知：
1. 智力運動並不是男女分開比賽，而是有些比賽在普通比賽之外單獨設立了女子組。
所謂的男子組和女子組只是大眾很容易接受、也常被宣傳的説法，但真相其實應該理解為普通組和女子組，也就是從整體裏摳出來了一個女子組。
普通組男女都可以參加，而女子組只允許女子參加。
2. 重要比賽都是混賽，根本沒有女子組。
以圍棋來説，大家見過哪個世界比賽(個人)的本賽裏，單獨設置了女子組?
算上預選賽，也只有歷來都比賽形式花樣翻飛的三星杯，近年來設立了兩個女子組，以保證至少有兩名女棋手進入本賽。
各國重要的國內頭銜戰和大賽事，也同樣都是全程男女混賽。
單獨劃出女子組的比賽大致有世界團體賽、全國職業定段賽、全國個人賽、世界以及全國綜合性運動會中的智力運動項目等。
除了世界團體賽和全國職業定段賽之外，其他比賽重要程度都較低。
同時如第一條所説，這些比賽也都是在普通比賽之外設立了女子比賽，女棋手當然可以參加普通組。
3. 智力運動並不是單純的只消耗腦力，而對體力也有很大的消耗。
在你的專業裏，有什麼基礎知識是和普通人的認識不相符的? - 高飛龍的回答當初吃了不知道多少個反對，但是很遺憾，事實容不得你反對。
真正的智力運動比賽可不是娛樂放鬆，跟您和隔壁王大爺半小時一盤下着玩是兩碼事。
在職業圍棋比賽中，比賽動輒一盤棋下一天，一天的高強度對抗下來整個人都是虛的，不説滿頭大汗絲毫不稀奇，甚至體重明顯下降也屬於正常現象。
當初藤澤秀行在第七屆棋聖戰的第四局比賽時，兩日製的一盤棋結束後體重減了 7 斤多!你能想象伐?就算是我本人，也曾有過一日比賽後體重減少 2 斤多的測量結果。
曾經有人跟我討論説，智力運動對體力的消耗主要是因為能量大量供應大腦，而其他部位能量不足，所以直接消耗的還是腦力。這話有道理，但意義不大。
強行把腦力從體力中區分出來，我持保留態度。
而且，不管這能量主要是以何種形式消耗的，最終的結果不就是體力強的佔優嗎?只要比賽時間充足，對棋力相當的兩位棋手來説， 體力強的棋手就是能把體力弱的對手耗死!聽説過巖崎健造耗死田村保壽(後來的本因坊秀哉)嗎?
所以您説，女棋手吃不吃虧?
當初有些國家女隊的女棋手，堅持每天跑萬米以加強體能，您覺得為什麼?人家是沒事跑着玩的?
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然後解釋幾個常見的疑問：
1. 在智力運動中，女棋手成績是不是顯著差於男棋手?
是。
之所以大家在對世界比賽的報道中看不到女棋手，是因為到了最後階段女棋手都被淘汰光了。
原因很多，首先男女性接觸智力運動的機會不均等，男性相對會受到更強的內外激勵。
也就是説雄性因為更多的雄性激素導致的爭強好勝的天性有一定的影響，而社會對男女性的固有刻板印象也有很強的外部激勵。
結果首先是學棋的男性遠多於女性，基數上女性就已經落於了下風。
而人羣都是呈現金字塔型分佈的，越往上越小。極少有哪個領域的最頂尖高手出現在架空的高處。
將男女羣體分開來看，塔基小的，塔尖的高度自然也就低。
然後，男女混合起來説，在從入門到職業一線的漫長升高過程中，女性的比例還會慢慢降低。
這一方面也是由於平均來説，對女棋手的內外激勵較少，另一方面還由於，女性展現出的一些能力，平均要弱於男性。
這就引出了下一個問題：
2. 女棋手的成績顯著弱於男性，是否説明女性智力較差?
否。
首先，基數對比女性吃虧很多，這跟智力毫無關係。
其次，對於人的先天智力來説，很多研究證實男女沒有明顯差距。
最後，智力是一個很複雜的範疇，並不是説一個人的先天智商就一生不變了。如果要區分一個人一生中晶體智力和流體智力的不斷變化趨勢，以及男女的異同，這是很複雜的問題。
導致先天智力並不差的女性在一些體能影響較小的方面也表現出較差能力的現象，顯然是後天的社會影響造成的。
因為更少的教育機會和競爭機會，更弱的外部激勵等等，男女社會地位差別越大的社會，則表現越明顯。這已經是複雜的社會問題，我們不多展開。
從某些性別觀很極端的教派國家，到落後的發展中國家，再到先進國家，女性地位越高也就能體現出相對更強的能力，同時也能在社會上發揮更大的作用。
我們有理由相信，隨着人類社會的發展，男女性真正地位的差距會越來越小，不合理的性別觀對社會的影響會越來越小。而當男女真正平權的那一天到來，女性在很多後天形成的能力方面的弱勢，也將趨於消失。
那麼在現階段：
3. 女子組的設立，是否是一種性別歧視?
我認為否。
我很早就寫下了下棋這類競技比賽也分男子女子組是否算是性別歧視? - 高飛龍的回答:
這不應該算是性別歧視。
但這可以算是一種不公正。
世上沒有絕對的公正，公正也不是唯一的標準。
這種分組的結果就是，將女子選手保護了起來，一定程度上緩解了女棋手競爭的殘酷性。(當然，還是很殘酷)
如果男女混賽，女棋手的成績，出線比例等等甚至會遠低於現在。比如圍棋定段賽以前男 15、17、20 個名額，女 2、3、5 個名額，看似分給女子的名額遠少於男子，但如果真的混賽，前 20，甚至 30，甚至 50!會有幾個女棋手?一個都沒有的可能性是很大的。
當然，女棋手是可以參加公開的比賽的，也就是題主意中的“男子組”，但事實上，很多時候真正的“男子組”是不存在的，女棋手經常是什麼比賽都可以參加的，而男棋手卻永遠也不能參加女子組。
當然極個別特別優秀的女棋手巾幗不讓鬚眉，男女混賽也能取得不弱於男棋手的成績的，也是有的。比如我非常尊敬的芮乃(迺)偉老師。但遺憾的是芮老師作為棋手來説年紀已經不輕，雖然還能從三星杯的女子組出線，能進入世界比賽 16 強，但她恐怕也很難從預選賽的公開組裏連續戰勝男棋手出線。更別説其他女棋手。
所以國際比賽開始設立女子組，保證若干女棋手出線，是個好的嘗試。當然今年也有年輕女棋手勇敢參加公開組的新聞，雖然最終被淘汰，但戰勝了若干男棋手的成績還是令大家頗為讚許。(最後證實是報錯了 *^◎^*)
當然最終到了本賽階段，就沒有男女的區分了。實力，而非性別，才是這裏的標準。
對男女羣體智力或是能力差異的問題，是一個客觀命題，自有研究和事實説話，主觀臆斷意義不大。
恕答主淺陋，據答主所知，現在的科研好像證實男女性別羣體的天生平均智商是差不多的。
至於能力高低，以及導致如此的原因，這是複雜的社會問題。答主無力作答。
至於棋類運動，不分組的公開性世界比賽中男女棋手的成績對比如何，很容易查到。
所以這種不公正是對男子的不公正。
而我們允許甚至提倡這種不公正。
有些流派的女權主義者會説給予女性種種照顧和特權就已經是性別歧視了，要求一視同仁。但現實是我們社會發展過程中很多的性別區別性措施正是為了對抗幾千年來的性別歧視而做出的“矯枉必須過正”。
也許這是發展中不可避免的過程。
如果不加以保護，女棋手會因為馬太效應而被擠壓的越來越沒有生存空間，這對於整體發展來説好嗎?
大家普遍認為，在男女發展不均衡的今天，讓女棋手進可以出星辰大海與男子爭鋒，退可以入温暖花房以保證生存，是很好也很有必要的。
如果將來有一天，男女平權真正的實現了，造成女棋手弱勢的後天因素基本消失了，那麼所謂的“女子組”自然也就可以功成身退，消失在歷史舞台了。