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大家好歡迎來到清月的小屋，統一的政權必須有統一的財政，這是一個近代政權的經濟基礎。當時清朝政府就沒有做這項改革，以致成為在對外戰爭中失敗的一大要因。而統一的財政基礎又是統一的税制。日本是農業國家，税收自然要依靠農業方面的税。於是，明治政府首先解禁了田地的永久禁止買賣等封建的各種限制，並交付了壬申（1872年）地券等，承認了農民的土地所有權。1873年公佈了“地税改革條例”。其內容是廢除了幕府時的石高制，以地價為標準。
而納税的税率一律為地價的3%，用現金繳納。持有地券的地主是義務納税人。這次改革的關鍵是地價問題。明治政府是按資本主義的方法計算地價的，即將收穫量換算為價格，除去必要的種種經費外，以一定的利率還原為資本，即資本的收益價格。但是在這同時，明治政府為了不減少以前的歲收，便強制性地制定地價，這樣佃農的地租依然維持在江户時代的水平，而且沒有解決農民的人會權、佃農永久耕作權等問題。
這從反對地税改革的農民起義上就可以看出：從1873年到1881年農民起義達37起，而1876年茨城縣和三重縣發生的起義規模巨大，給政府以相當大沖擊。因此，地税改革的意義究竟如何一直是日本史學界討論的重要問題，不過，可以肯定的一點是，儘管是近代化的改革，但政府為了財政收人而剝奪農民，自然得不到廣大農民的支持了。明治政府剩下的最棘手的問題就是如何供給大量武士們的棒祿。
開始時，明治政府用高達80％的地税支付棒祿，但負擔太重。1 872年政府削減了1/3，剩餘的支付六年的祿券，六年以內將祿券全部購回，但這一方案沒能實行。其後，經過家祿奉還制度，到1 876年發行了金祿公債證書，廢除了武士們的棒祿。這是有償的廢除，需要支付領主們大量的錢財，而且支付的錢是按身份給的，因此藩主、上級武士們用這筆錢成了資本家或地主，而大量的下級武士卻因此而沒落，陷人窮困的境地。
這也是武士們迅速靠近並支持自由民權運動的最主要原因。後來，政府給士族們提供資金，讓他們投資到出口產業的制絲、紡織、茶等方面去，但這些武士不習慣於做生意，紛紛破產，其金祿公債轉手到金融業者和商人的手中。他們最終還是沒能逃脱沒落的命運。這些改革很多是留守政府做的，相當激進，當然這裏面有權力鬥爭的影子。
使節團回來後，對此十分不滿，指責留守政府的改革。不久，大久保利通便掌握了實權，對改革進行了修正，因此和原留守政府產生了爭執。留守政府的首腦西鄉隆盛與其説是激進的改革者，毋寧説是還具有相當強烈的封建意識的政治家。他看到大量被政府的新政策所拋棄的武士，情緒激昂，充滿了反抗的味道，一方面是出於同情，另一方面又想轉移矛盾，就提出了武力征服朝鮮的計劃，這被稱作徵韓論。
以大久保利通為首的實權派持反對意見，認為內政優先，沒有必要引起對外爭端。應該指出的是，大久保也並非是和平主義者，他在後來中國台灣問題上實行的也是強硬的對外政策，雖然當時轉移國內矛盾是他的主要動機。徵韓論是明治政府權力鬥爭激化的導火索，1 873年10月，天皇救裁，推翻徵韓論，西鄉隆盛終於敗給了對手。他和留守政府的主要成員（其中有板垣退助、後藤象二郎、江藤新平、副島種臣等參議）都下野了。
但佐賀的士族抱着徵韓論不放，前參議江藤新平（1 834一1874年）於1 874年舉兵造反，被政府鎮壓，這便是佐賀之亂。新的政府成員對政治制度進行了改變。原來那些當參議的下級武士們兼任各省卿，成為各個行政部門的首腦，正院的閣議由他們來運作。這在日本歷史上被稱作有司專制。即純粹的官僚專權。明治維新是一場真正的社會大變革。在這風雲激盪的年代受損失最大的當屬武士們，特別是中下層武士，高人一等的身份失去了，經濟特權也沒有了，他們自然非常不滿。
1876年由於發佈了“廢刀令”，失去特權的武士們接連造反，有熊本的“神風連之亂”，秋月藩（在今福岡縣）的“秋月之亂”，山口縣的“荻之亂”等，均被政府鎮壓。這時，徵韓論的倡導者西鄉隆盛被他們認為是自己的代表。回到薩摩藩（今鹿兒島）的西鄉也確實抵制政府，養兵蓄鋭，儼然獨立王國。西鄉隆盛在武士們的擁戴下，終於在1877年2月起兵包圍了熊本城，是為西南戰爭。
號稱有四萬普力強勁、劍術高超的薩摩武士卻抵擋不住政府的新式軍隊，而這些軍隊中的士兵正是武士們看不起的農民。9月，政府將其鎮壓下去，西鄉自殺身亡，西南戰爭以武士的可恥失敗而告結束。西鄉隆盛和武士們失敗了，但日本人很欣賞和欽佩西鄉，稱之為“大西鄉”。認為他有人情味，講義氣，這是針對後來的官驚政府的嚴酷來説的，再説日本人很喜歡失敗的英雄。
西南戰爭及其結束後的一段時間裏，政府的全部實權由大久保利通操縱，直到1 878年他被武士暗殺。這段時期被稱作是大久保利通專制時期，有些像英國的克倫威爾專政。日本的政治體制被人們看作是個謎，因為常常找不到負責人，譬如在第二次世界大戰中，德國的戰犯首腦是希特勒，意大利是墨索里尼，日本卻很難找出這樣的人物，即使是東條英機也沒有希特勒和墨索里尼那樣的權威和權勢。
因此，大久保利通專制是日本歷史上唯一的一次個人專權，這很耐人尋味。雖然是當時的政治、經濟、社會形式或偶然的機遇造成了日本歷史上絕無僅有的個人獨裁，但認為權力決策中心的模糊是日本政治的特色或傳統的看法並不能説是絕對正確的。大久保利通死後，政府的權力由伊藤博文（1841一1909年）、山縣有朋(1838一1922年）、松方正義（1835一1924年）、大喂重信（1838一1922年）等參議掌握。
他們是繼大久保利通、西鄉隆盛、木户孝允後的明治維新進程中的第二代參與者和領導人。在封建反動的另一面則是激進的自由主義。1 874年1月徵韓派的板垣退助（1 837一1919年）、江藤新平等提出建立民選議院的建白書（建議書）。板垣本人的動機可能是出於對有司專制（即官府專制）的反對，他的立場也是站在士族一邊的，但不管動機如何，能提出這樣的建議説明當時日本確實有成立西方式議會的社會思潮。