2月26日，大陸宣佈一個消息，蔡當局急得跳腳。據海峽導報2月26日報道，海關總署當天宣佈，為防範植物疫情風險，自3月1日起暫停台灣鳳梨輸入大陸。此舉是正常的生物安全防範舉措，科學合理，符合大陸相關法律法規和標準。然而，海關的這一紙通知還是在島內引發激烈反應，民進黨當局迅速將事情“政治化操作”，宣稱這是大陸“隨便找理由打壓台灣鳳梨”。
蔡英文辦公室發言人張惇涵26日聲稱，大陸此舉並非善意行為，台灣銷往大陸的鳳梨檢驗合格率高達99.79%。同一天，蔡英文在臉書上發文呼籲“挺農民，一起吃鳳梨”。此外，蔡英文還安撫台灣省的農民稱，請農民朋友放心，台灣產的鳳梨中，約1成銷往大陸，針對這些部分，台農委會除了繼續爭取應有貿易權益，也已啓動專案機制，揚言要投入10億元台幣經費降低衝擊。並採取相關措施，其中包括加強美國、日本、新加坡等國際市場的營銷活動，目標要出口3萬噸鳳梨。
與此同時，民進黨發言人簡舒培同日表示，台灣鳳梨年產量約42萬噸，2020年約有4.6萬噸外銷，其中輸往大陸的約有4.2萬噸。大陸在產季前突襲禁止台灣鳳梨進口，是想對台施行經貿威脅。台農委會主委陳吉仲則稱，他25日傍晚收到了大陸暫停進口台灣鳳梨的消息，對此表示“無法接受及十分遺憾”。陳吉仲補充稱，大陸方面以台灣鳳梨裏有有害生物為由停止輸入，是“錯誤並且不符合國際規範”，農委會已通過雙方協議平台要求陸方取消禁令，並持續通過各種管道與大陸進行溝通。並且，陳吉仲還叫囂，兩岸雙方都有加入WTO，在向WTO申訴之前，雙方必須先談，台方希望能用WTO的規範來洽談，目前還在等大陸回應。
對於大陸暫停台灣鳳梨輸入的原因，國台辦發言人馬曉光26日開門見山的強調，大陸海關多次從台灣地區輸入大陸的鳳梨中截獲檢疫性有害生物。這些有害生物一旦傳入，將對大陸農業生產和生態安全造成嚴重威脅。為從源頭上防範植物疫情風險，海關總署做出了上述決定。另據海關總署的通知顯示，2020年以來，大陸海關多次從台灣地區輸大陸鳳梨中檢出大洋臀紋粉蚧、新鳳梨灰粉蚧、菝葜黑圓盾蚧等檢疫性有害生物。