台灣地區解嚴後的歷任領導人，對釣魚島主張各異，最極端的是李登輝，他竟然聲稱釣魚島屬於日本;馬英九是保釣運動大將，對主權維護最積極，任內議定《台日漁業協議》;陳水扁曾登彭佳嶼宣示釣魚島主權，執政之初，派3艘軍艦繞釣魚島海域;蔡英文則重申釣魚島主權。以4位領導人保釣作為而論，馬英九時代，上下一心，終獲簽訂台日漁業協定。裏子面子兼顧，獲最大進展。
解嚴以來(1988年以後)，4位領導人因出身背景與政黨不同，加上須考量美日等外部環境影響，對釣魚島主權有不同主張與表現。李登輝在所著《餘生》中説“釣魚島列嶼不歸屬台灣”，引起朝野譁然。蔣經國在1988年驟逝，時任副領導人李登輝轉正，當時台海空軍活動侷限於以釣魚島及與那國島和台灣的“中線”以西，漁民在釣魚島附近作業時，不斷受到日本政府驅趕。李登輝卸任後，2002年卻明確主張釣魚島屬於日本，他聲稱，歷史上沒有任何事實證明釣魚島屬於中國，日本已長期實質佔有釣魚島，主權屬於日本是國際法的現實，最近中日又沒戰爭，為何主權會變中國的?
陳水扁在2005年8月10日曾親自帶領媒體參訪彭佳嶼，並在島上主持“海疆屏障”揭碑儀式，展現維護北方海域秩序決心，還重申釣魚島主權屬於台灣。
陳水扁8年任內，釣魚島海域僅有零星爭議，因此扁除了一貫宣示釣魚島主權以外，也主張依循國際法慣例，以溝通談判解決爭端，並主張漁權問題與主權爭議應脱鈎處理，他是“台美日價值同盟”戰略觀，台灣與日本已經維持多年友好關係，加入釣魚島主權爭議將嚴重破壞台日關係，對台灣極為不利，因此陳水扁只向日本爭取漁權共享。
台灣在60年代掀起保釣運動，馬英九是重要成員。他在1986年於台灣政大法律研究所任教期間出版《從新海洋法，論釣魚島列嶼與東海劃界問題》，後來他在哈佛的博士論文《怒海油爭:東海海牀劃界及外人投資之法律問題》，都談釣魚島主權。馬也和扁一樣，到彭佳嶼宣示主權，並就《東海和平倡議》發表政策談話。2013年，台日簽署漁業協議，釣魚島主權未讓，資源共享，是其任內重大政績。協議為解決釣魚島漁業糾紛，除重新劃定台日漁民作業區域及雙方執法權限外，為達到“主權不能讓步，資源可以共享”原則，在協議中加入“免責條款”，確定雙方落實協議的行為，不影響各自在海洋法問題的立場。
至於蔡英文，石垣市將釣魚島列嶼更名為“登野城尖閣”，相對於大陸派出海警驅逐日本漁船，以及宜蘭地方抗議的大動作，蔡英文回應一貫冷處理，僅由蔡辦重申釣魚島列嶼是“固有領土”，“在野黨”與漁民盼蔡當局勿讓“維護主權”淪為口頭宣示。
綜合台灣媒體報道