44天之後，納卡戰爭終於宣告了結束，在俄羅斯的介入下，雙方坐到了談判桌前簽署了協議，但是單從協議的內容上看，也是亞美尼亞方面的慘敗，甚至説是“無條件投降”都不為過。
亞美尼亞將要分三批將納卡以外的佔據阿塞拜疆領土，Kalbajar，Lachin（拉欽），Aghdam歸還阿塞拜疆。亞美尼亞在納卡的佔領軍也得撤出，俄羅斯派出的維和部隊將進駐維持秩序。納卡共和國也基本上被掃進歷史了。
亞美尼亞民眾燒掉自己的房屋後離開
阿塞拜疆一舉收回了丟失30年的納戈爾諾卡拉巴赫，以及被亞美尼亞侵佔的全部其他領土，洗刷國恥。長達44天高烈度的戰爭讓亞美尼亞這個人口僅有300萬人的小國其中幾千名高素質的，愛國的年輕人死於戰場，亞美尼亞下一代國防，經濟建設人才死傷殆盡。
在這場戰爭中，亞美尼亞的國防體系被徹底摧毀，防空系統，重武器，裝甲部隊基本被摧毀了一遍，在很長的一段時間內亞美尼亞無法再對阿塞拜疆形成威脅，甚至如果沒有俄羅斯的庇護，都要面對亡國滅族的危險。
面對如此恥辱的停戰協議，亞美尼亞的民眾自然不會滿意。憤怒的民眾走上街頭，甚至直接攻克了位於最大城市埃裏温的政府大樓，並且在大街上打砸搶，表達自己的憤怒。
而曾經讓自己妻子參軍的亞美尼亞總理如今也不敢再公開露面面對民眾，而是躲進的俄羅斯的軍營裏避難，因為他明白，如果他繼續呆在官邸裏，沒有誰能夠保證憤怒的民眾會做出什麼，並且在亞美尼亞的歷史上，就有這麼一個血淋淋的例子。
1999年10月27日，以烏納尼揚為首的3名恐怖分子走進了亞美尼亞議會，他們是亞美尼亞極端民族主義組織“卡拉巴赫運動”成員。他們對當局感到失望，這三個民族主義激進分子聲稱，要用極端手段“讓世界震撼”，以“喚醒全世界的亞美尼亞人”，“捍衞亞美尼亞人民的利益”。
當時亞美尼亞總理瓦茲根·薩爾基相和議長傑米爾強正在議會作證，烏納尼揚等人走到前排離總理僅2米處，拿出自動槍向大廳內與會者掃射，當場造成多人受傷。
瓦茲根·薩爾基相
瓦茲根·薩爾基相和傑米爾強遇刺身亡。同時遇刺身亡的還有副議長巴赫什揚，副議長米羅揚，政府負責日常事務的部長彼得羅相，國家科學院院士、議員科塔尼揚等。
有着血淋淋的例子在前頭，現在的亞美尼亞總理估計根本不敢面對憤怒的亞美尼亞民眾。